Tuy đạt được những kết quả đáng khích lệ nhưng trong thời gian qua quá trình phát triển loại hình du lịch sông nước ở Thành phố Cần Thơ vẫn còn tồn tại một số hạn chế nhất định, chưa tương xứng với vị trí, tiềm năng và lợi thế soanhs của địa phương là trung tâm đô thị miền sông nước của vùng ĐBSCL.
- Chưa phát huy, khai thác hết lợi thế, tiềm năng du lịch sông nước của thành phố; hệ thống sản phẩm, dịch vụ du lịch tuy có phát triển, song chất lượng chưa cao, chưa đủ sức hấp dẫn và đáp ứng nhu cầu ngày càng cao của du khách. Các loại hình vui chơi giải trí về đêm còn nghèo nàn. Phát triển sản phẩm du lịch chưa được thực
hiện đồng đều giữa các địa phương, đầu tư còn mang tính tự phát, nhỏ lẻ và trùng lắp. Công tác khai thác phát huy giá trị các di tích lịch sử - văn hóa gắn với phát triển du lịch sông nước còn hạn chế.
- Theo khảo sát thực tế thì phần lớn du khách đã được thuyết phục bởi những gì thiên nhiên ban tặng cho Thành phố Cần Thơ có một tiềm năng du lịch khá phong phú và độc đáo cho loại hình du lịch sông nước. Tuy nhiên, sản phẩm để phục vụ cho phát triển du lịch sông nước ở Cần Thơ vẫn còn đơn điệu, chưa đa dạng, chưa thật sự tạo được cú hích để níu chân du khách lưu trú nhiều ngày hơn. Vì vậy, tỷ lệ khả năng sẽ quay trở lại của du khách đối với Cần Thơ nhìn chung vẫn còn ít, chưa tạo ấn tượng để hình ảnh du lịch sông nước Cần Thơ được trở thành một tác phẩm độc đáo và sinh động trong mỗi du khách.
- Nguồn nhân lực còn bị hạn chế cả về số lượng lẫn chất lượng, tỷ lệ chưa qua đào tạo cơ bản còn khá cao, trình độ ngoại ngữ chưa đáp ứng được yêu cầu. Các hộ kinh doanh cá thể về du lịch hầu hết chưa được đào tạo qua trường lớp về du lịch, do vậy cách thức phục vụ khách chưa đảm bảo.
- Hạ tầng bến bãi ở một số điểm du lịch ven sông còn chật hẹp, kém chất lượng hoặc chỉ được làm bằng ván, cây gỗ nhỏ gây khó khăn và kém an toàn cho việc di chuyển lên xuống tàu thuyền của du khách. Các phương tiện vận chuyển trên sông chưa hiện đại, tiếng máy lớn gây ô nhiễm tiếng ồn. Đối với các phương tiện như ghe hoặc xuồng ba lá không có mái che sẽ rất khó khăn khi vận chuyển du khách tham quan, trải nghiệm vào mùa mưa. Vào mùa khô, một số điểm du lịch nằm trong các kênh rạch nhỏ ít hoạt động do lưu lượng nước thấp nên thuyền ghe sẽ rất khó để di chuyển ra vào những nơi đó.
- Quá trình điều động, phân phối của nhà điều hành còn chậm trễ gây mất thời gian. Số lượng phương tiện tàu, thuyền phục vụ cho du lịch còn ít nên rất nhiều du khách phải chờ đợi dẫn đến sự chán nản. Những đội tàu cứu hộ còn ít và chưa được triển khai mạnh mẽ.
- Công tác xúc tiến quảng bá du lịch chưa huy động được đông đảo Doanh nghiệp cùng tham gia, hiệu quả mang lại chưa cao. Việc triển khai các công trình du lịch còn chậm so với yêu cầu. Bước đầu tuy thu hút được sự quan tâm của các nhà đầu tư nhưng số dự án du lịch triển khai thực tế còn rất ít.
- Môi trường trên sông và ven sông còn ô nhiễm, đặc biệt là ở khu vực chợ nổi đã gây ảnh hưởng lớn đến vẽ mỹ quan trên sông, rất dễ phát sinh ra các dịch bệnh gây ảnh hưởng đến sức khỏe của cả nhân viên phục vụ và du khách, từ đó khả năng để du khách quay trở lại tham quan trải nghiệm về sông nước sẽ không cao.