Luồng hàng hải trong vùng chủ yếu qua hai nhánh của sông Cửu Long qua Việt Nam là Sông Tiền và Sông Hậu, là cửa ngõ chắnh thông ra biểnĐông củacả vùng.
Luồng Sông Hậu là luồngcấpđặc biệt và cấp I, có độ dài 211 km từcửaĐịnh An đến Biên giới Campuchia: trong đó đoạntừCửaĐịnh An đến Tân Châu (An Giang) là cấp đặc biệt; từ đoạn ngã ba Tân Châu đến biên giới Campuchia là cấp I. Ngoài ra, luồng có thể thông qua tuyến sông Vàm Nao sang sông Tiềnđi Campuchia.
Luồng có thiếtkế tự nhiên không đồngnhất, bị hẹptại khu vực cửaĐịnh An. Cụ thể, đoạn từ phao Ộ0Ợ đến phao Ộ14Ợ tại khu vực cửa Định An: có bề rộng thiết kế B=100 m, độ sâu thiếtkế H=(-3,4 m) Ờ (-3,8m) cho tàu 3000 DWT đầy tải và 5000 DWT giảm tải lợi dụng mực nước thủy triều ra vào luồng. Tuyến luồng này diễn biến phức tạp,tồn tại nhiều cồn cát di chuyển theo mùa, hàng nămđều phải duy tu nạo vét và dịch chuyển phao để tận dụng độ sâu luồng tự nhiên cho tàu hành hải. Đoạntừ phao sốỘ14Ợ vào CảngCần Thơđến hếtluồng có bề rộngthiếtkế B>=200 m, độ sâu tương đối lớn H>=(-10 m), cho phép tàu 20.000 DWT hoặc lớn hơn tận dụngđộ sâu tự nhiên để hành hải.Đoạn luồng này khá ổn định và hàng năm không phảinạo vét duy tu.
Luồng Sông Tiền là luồng cấp I, có độ dài 222 Km từ cửa Tiểu đến Biên giới Campuchia. Luồng có thiết kế không đồng nhất, có bề rộng thiết kế B=80, độ sâu thiếtkế khá cạn (-2 m) - (-3,1m), chỉ cho phép tàu 5000 tấnlưu thông trên tuyến.
Đoạn luồng từ biên giới Campuchia về Phnom Penh có độ dài khoảng 102km. Tương tự như Luồng Sông Tiền, đoạn này của sông Mekong có mớn nước không đồng nhất, có nhiều chỗ bị cạn dưới (- 3 m) gây ảnh hưởng đến việc đưa phương tiệnthủylớn vào khai thác tuyến.