UBND huyện Bình Tân được thành lập và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/01/2008, UBND huyện hoạt động theo Luật tổ chức Hội đồng nhân dân và ủy ban nhân dân ngày 26/11/2003 của Quốc hội.
UBND huyện Bình Tân có 12 cơ quan trực thuộc gồm Văn phòng Hội đồng nhân dân & Ủy ban nhân dân (HĐND&UBND), phòng Tư pháp, phòng Nội vụ, phòng Tài chính & kế hoạch, phòng Văn hóa & thông tin, phòng Tài nguyên & Môi trường, phòng Nông nghiệp & phát triển nông thôn, phòng Giáo dục & đào tạo, phòng Y tế, phòng Lao động – Thương binh & xã hội, phòng Hạ tầng & Kinh tế, Thanh tra. Ngoài các cơ quan kể trên UBND huyện còn có các đơn vị trực thuộc gồm Ban Quản lý dự Đầu tư và Xây dựng, Đài truyền thanh huyện. Các cơ quan, đơn vị có nhiệm vụ tham mưu cho UBND huyện về chức năng quản lý nhà nước thuộc các lĩnh vực do cơ quan, đơn vị quản lý, phụ trách.
Riêng Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả không phải là cơ quan, hay đơn vị trực thuộc UBND huyện nhưng được Chủ tịch UBND huyện thành lập và giao cho Văn phòng HĐND&UBND quản lý về mặt nhà nước mặc dù Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của huyện được phụ trách bởi nhiều chuyên viên của các cơ quan huyện như văn phòng HĐND&UBND, phòng Tư pháp, phòng Tài chính & kế hoạch, Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất trực thuộc phòng Tài nguyên & môi trường... nhưng các chuyên viên tại Bộ phận này chịu sự chỉ đạo chung của Phó Chánh văn phòng HĐND&UBND huyện. UBND huyện Bình Tân đã có kế hoạch xây dựng cơ chế một cửa liên thông hiện đại (mức độ 3 và 4) nhằm giúp cho người dân không phải “Đi nhiều cửa, đóng nhiều dấu”, tất cả các hồ sơ đều được tiếp nhận tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả và có đầy đủ chuyên viên phụ trách các lĩnh vực để tiếp nhận hồ sơ và giải thích những thắc mắc của người dân đến làm hồ sơ.