* Hạn chế về quy mô: Khu vực KTTN đa số là các doanh nghiệp nhỏ và vừa. Quy mô nhỏ làm cho doanh nghiệp khó tiếp cận với các nguồn vốn tín dụng chính thống từ các tổ chức Ngân hàng.
* Hạn chế về nguồn lực:
- Thiếu vốn phục vụ cho sản xuất kinh doanh: Sự phát triển của khu vực KTTN đã góp phần sử dụng tốt hơn nguồn vốn đầu tư trong xã hội. Tuy nhiên với tiềm năng phát triển của khu vực kinh tế này thì vốn là một vấn đề đang đặt ra cho kinh tế tư nhân. Thiếu vốn thể hiện ở tình trạng quy mô nhỏ của các cơ sở thuộc kinh tế tư nhân. Hầu hết các doanh nghiệp thuộc KTTN đều có quy mô nhỏ và vừa, bình quân vốn của mỗi doanh nghiệp đăng ký khoảng 1,5 tỷ đồng. Quy mô nhỏ tạo điều kiện cho khu vực KTTN dễ dàng thích ứng với sự thay đổi của thị trường…Tuy nhiên, vốn ít lại chính là rào cản chính cho doanh nghiệp khi muốn mở rộng sản xuất, đổi mới công nghệ.
- Chất lượng lao động còn thấp: Làm việc trong khu vực KTTN còn thiếu những lao động có trình độ chuyên môn cao, thiếu đội ngũ công nhân lành nghề. Trình độ học vấn của lao động trong khu vực tư nhân còn thấp, đa phần là lao động phổ thông. - Ý thức chấp hành pháp luật kém: Nhiều đơn vị KTTN chưa thực hiện tốt những quy định của pháp luật về lao động, hợp đồng lao động, chế độ bảo hiểm, tiền lương, tiền công, bảo hộ lao động, giờ làm việc đối với người lao động, không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ các quy định về sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ, báo cáo định kỳ…. Hiện tượng kinh doanh vi phạm pháp luật, không đăng ký kinh doanh, trốn lậu thuế, gian lận thương mại, kinh doanh trái phép vẫn còn diễn ra ở một bộ phận các cơ sở kinh tế tư nhân.
- Trình độ và khả năng đổi mới kỹ thuật, công nghệ thấp: Máy móc, thiết bị công nghệ của khu vực KTTN còn lạc hậu, chắp vá và chậm đổi mới. Nhiều cơ sở mới
thành lập nhưng vẫn còn sử dụng công nghệ lạc hậu đã thải ra từ nước ngoài.
* Thiếu vắng các cơ sở tư nhân trong các lĩnh vực quan trọng và có sự phân bổ không đều giữa các vùng miền trong nền kinh tế.
Trong những năm gần đây sự phát triển của khu vực KTTN cũng vẫn tập trung vào lĩnh vực dịch vụ, trong khi đó dịch vụ tập trung ở những nơi đông dân cư, chính điều này dẫn tới sự mất cân đối giữa các vùng trong quá trình phát triển.
* Khả năng tiếp cận thị trường yếu:
Khả năng cạnh tranh, tiếp cận thị trường của các DNTN Việt Nam còn thấp, đặc biệt là trong khâu tiếp thị, quảng bá thương hiệu, hình ảnh của sản phẩm và hình ảnh của doanh nghiệp.
* Hiệu quả kinh doanh còn có những hạn chế nhất định: