Quy trình tổ chức thực hiện KTSTQ của hải quan Mỹ được tiến hành thông qua ba giai đoạn: (i) Giai đoạn đầu tiên là đánh giá sự phù hợp của hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp so với pháp luật liên quan đến hoạt động XNK; (ii) Giai đoạn 2: Nếu bản tự đánh giá của doanh nghiệp được cơ quan hải quan chấp nhận thì quá trình KTSTQ sẽ kết thúc mà không chuyển sang giai đoạn thứ hai. Nếu cơ quan hải quan không chấp nhận việc tự đánh giá của doanh nghiệp thì sẽ tiến hành giai đoạn hai của KTSTQ; (iii) Giai đoạn 3: Sau khi giai đoạn hai kết thúc, cơ quan hải quan sẽ đưa ra các khuyến cáo để doanh nghiệp cải thiện hệ thống kiểm soát nội bộ.
Cụ thể, khi tiến hành KTSTQ đối với một doanh nghiệp, đầu tiên, cơ quan hải quan sẽ lấy mẫu và kết quả thử nghiệm hàng hóa nhập khẩu; đồng thời kiểm tra các giao dịch tài chính để đánh giá việc khai báo hàng hóa nhập khẩu, các nghiệp vụ thanh toán của doanh nghiệp có đúng quy định pháp luật hay không. Ở giai đoạn hai, doanh nghiệp sẽ phải gửi cho cơ quan hải quan bản tự đánh giá sự chính xác trong khai báo, thanh toán lô hàng nhập khẩu. Nếu cơ quan hải quan chấp nhận bản tự đánh giá của doanh nghiệp thì sẽ kết thúc quá trình KTSTQ. Nếu cơ quan hải quan nhận thấy còn có khác biệt giữa bản tự đánh giá về hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp với thông tin, cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan, cơ quan hải quan sẽ đưa ra các khuyến cáo để doanh nghiệp cải thiện hệ thống kiểm soát nội bộ và tiến hành các biện pháp cải tiến. Bên cạnh đó, cơ quan hải quan cũng đánh giá lại khả năng tuân thủ của nhà nhập khẩu khi tiến hành các biện pháp cải tiến.
Qua đó có thể thấy, điểm nổi bật của mô hình quản lý KTSTQ của Mỹ đó là quy trình tổ chức thực hiện KTSTQ, cụ thể quy trình cơ bản dựa trên nền tảng quy định của pháp luật về việc doanh nghiệp tự khai báo, tự đánh giá, tự chịu trách nhiệm về thông tin hàng hóa xuất nhập khẩu đã khai báo với cơ quan hải quan. Việc thực hiện KTSTQ trên cơ sở sự tự giác tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp sẽ giúp cơ quan hải quan tiết kiệm tối đa nguồn lực, nhưng vẫn có thể quản lý toàn diện đối với doanh nghiệp.