Với nguồn lực chung còn hạn chế hoạt động KTSTQ chỉ có thể thực hiện với một số doanh nghiệp trong tổng số các doanh nghiệp làm thủ tục hải quan trên địa bàn, vấn đề là làm sao để xác định được các mặt hàng, doanh nghiệp có rủi ro cao để tiến hành kiểm tra nhằm phát hiện được vi phạm. Đó chính là áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro.
Quan tâm đầu tư và trang bị đúng mức đến hệ thống thông tin và cơ sở dữ liệu phục vụ KTSTQ mà trọng tâm là thông tin liên quan đến các đối tượng KTSTQ, thông tin liên quan đến hàng hóa XNK và các thông tin khác liên quan đến hoạt động KTSTQ. Các thông tin này phải được cập nhật thường xuyên và có hệ thống từ các đơn vị trong ngành Hải quan, trong ngành Tài chính, từ các cơ quan quản lý nhà nước, tổ chức, cá nhân trong nước và thông tin từ nước ngoài.
Tiếp tục xây dựng và hoàn thiện các phần mềm chương trình quản lý, phục vụ cho yêu cầu quản lý và hoạt động KTSTQ. Tập trung đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ pháp luật doanh nghiệp; xác định và kiểm tra đối với những doanh nghiệp, loại hình và mặt hàng trọng điểm (rủi ro cao), trong đó chú trọng kiểm tra về giá, định mức hàng gia công và sản xuất - xuất khẩu, mã số hàng hoá, xuất xứ, các ưu đãi về thuế khác. Tiến tới xây dựng hệ thống lựa chọn đối tượng kiểm tra tự động, dựa trên hệ thống cơ sở dữ liệu và công nghệ thông tin tiên tiến; tăng cường ứng dụng kỹ thuật quản lý rủi ro trong mô hình nghiệp vụ KTSTQ.
Ngành Hải quan đang từng bước thực hiện việc chuyển công tác quản lý theo từng tờ khai, mặt hàng sang quản lý theo quá trình chấp hành pháp luật Hải quan của doanh nghiệp. Về lâu dài, ngành Hải quan cần phải có một hệ thống dữ liệu thông tin riêng, thống nhất, không những chỉ quản lý về nhân thân doanh nghiệp XNK mà còn phải nắm bắt được đầy đủ các thông tin về hàng hóa XNK (đối với hàng hóa nhập khẩu kể từ khi được đưa lên tàu, hành trình chuyên chở cho đến khi cập cảng và mạng lưới
trình giao dịch, trao đổi mua bán xuất qua cầu tầu ra nước ngoài). Để thực hiện được, khâu quan trọng nhất là cần phối hợp xây dựng cơ sở dữ liệu với các đơn vị quản lý khác.
Kỹ thuật quản lý rủi ro được áp dụng trong cả quy trình nghiệp vụ KTSTQ và cả trong việc quản lý, tổ chức thực hiện. Công chức KTSTQ có năng lực, được đào tạo và có kinh nghiệm phù hợp là tiền đề cho phép lực lượng KTSTQ xác định được những rủi ro bản chất trong những tình huống nhất định.