Qua nghiên cứu kinh nghiệm thực tiễn quản lý KTSTQ của một số nước tiên tiến trên thế giới, những nội dung có thể rút ra làm bài học kinh nghiệm cho việc vận dụng tại Việt Nam là:
Thứ nhất: Qua nghiên cứu mô hình quản lý KTSTQ của Nhật Bản, Trung Quốc, chúng ta có thể nhận thấy việc lập kế hoạch KTSTQ để lựa chọn đối tượng KTSTQ cơ bản đều dựa trên nền tảng CNTT hiện đại kết hợp với hệ thống tiêu chí quản lý rủi ro đầy đủ, chi tiết. Do đó, việc áp dụng hệ thống quản lý rủi ro vào trong hoạt động nghiệp vụ của Hải quan Việt Nam nói chung và quản lý KTSTQ nói riêng là phù hợp với xu hướng và yêu cầu quản lý hiện đại. Tuy nhiên, việc đánh giá rủi ro cần phải trên cơ sở hệ thống CNTT hiện đại, đồng thời phải xây dựng được hệ thống các tiêu chí quản lý rủi ro tổng hợp và thống nhất như loại hình doanh nghiệp, loại hình XNK, mã HS, tiêu chí chấp hành tốt pháp luật và chưa chấp hành tốt pháp luật,… để làm cơ sở phân loại doanh nghiệp khi lựa chọn đối tượng KTSTQ.
Thứ hai: Hầu hết các nước có hoạt động KTSTQ hiệu quả đều dựa trên mô hình tổ chức bộ máy KTSTQ theo mô hình dọc từ cấp Trung ương đến Hải quan các địa phương. Đồng thời, trong bộ máy KTSTQ chia theo chức năng nhiệm vụ từng bộ phận để hỗ trợ cho nhau trong quá trình KTSTQ (mô hình Hải quan Nhật Bản, Hải quan Trung Quốc).
Thứ ba: Hoạt động nghiệp vụ hải quan cần cải cách, hiện đại hóa toàn diện theo hướng sử dụng đồng bộ hệ thống công nghệ thông tin và áp dụng quản lý rủi ro, từ đó cho phép hầu hết các công việc được tiến hành một cách tự động hóa, từ đó vừa giảm chi phí vừa nâng cao hiệu quả của KTSTQ. Xây dựng trung tâm xử lý và phân tích thông tin trực tuyến với khả năng tích hợp toàn bộ các dữ liệu từ các đơn vị chức năng như dữ liệu thông quan, thuế, tỷ giá, giao dịch ngoại tệ, tình trạng thuế nội địa, chống buôn lậu, gian lận thương mại để phục vụ việc phân tích thông tin một cách chính xác, kịp thời và hiệu quả (mô hình Hải quan Nhật Bản).
Thứ tư: Các hình thức KTSTQ chia thành kiểm tra theo kế hoạch, theo tình huống và kiểm tra toàn diện (doanh nghiệp tự đánh giá) theo mô hình Hải quan Mỹ. Tuy nhiên, trong điều kiện Việt Nam hiện nay chưa thể áp dụng hình thức kiểm tra toàn diện hay kiểm toán tuân thủ, trong đó cho phép doanh nghiệp tự đánh giá việc tuân thủ chấp hành các quy định của pháp luật vì Hải quan Việt Nam chưa xây dựng
được các bộ tiêu chí làm cơ sở cho việc tự đánh giá của các doanh nghiệp và chưa xây dựng được cơ chế kiểm tra các báo cáo tự đánh giá của doanh nghiệp.
(Theo Hoàng Trung Dũng (2017), "Kinh nghiệm quản lý kiểm tra sau thông quan của một số nước trên thế giới và bài học cho Hải quan Việt Nam", Tapchicongthuong.vn).