Hải quan Nhật Bản được coi là một trong những cơ quan Hải quan tiên tiến nhất trên thế giới, do đó, nghiên cứu những kinh nghiệm của Nhật Bản trong quá trình quản lý công tác kiểm tra sau thông quan là rất quan trọng.
Về tổ chức bộ máy, các bộ phận KTSTQ của hải quan Nhật Bản trực thuộc hải quan các vùng, bộ phận KTSTQ gồm có 3 phòng là: Phòng Kiểm soát, Phòng Kiểm tra tại doanh nghiệp và Phòng Thông tin. Phòng Kiểm soát có chức năng điều chỉnh và trao đổi thông tin về hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp cho tất cả các đơn vị KTSTQ. Phòng Kiểm tra tại doanh nghiệp thực hiện kiểm toán doanh nghiệp và những tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động XNK. Phòng Thông tin có nhiệm vụ thu thập, xử lý, phân tích và cung cấp các thông tin cần thiết để hỗ trợ cho Phòng Kiểm tra thực hiện kiểm toán tại doanh nghiệp.
Hải quan Nhật Bản thành lập và duy trì một hệ thống hỗ trợ KTSTQ sử dụng dữ liệu tương tác từ các đơn vị KTSTQ, các đơn vị thông quan hàng hóa và cơ sở dữ liệu tình báo hải quan. Trong quá trình thông quan, hải quan Nhật Bản áp dụng hệ thống thông quan tự động, hệ thống thông quan này tạo nên một cơ sở dữ liệu dùng chung cho các cơ quan hải quan, doanh nghiệp và bên thứ ba với thẩm quyền truy cập không hạn chế. Từ hệ thống thông quan tự động, cộng thêm các thông tin thu thập được từ các bộ phận như điều tra, thuế, trị giá, thông quan và KTSTQ, thông tin được thu thập và tích hợp vào hệ thống cơ sở dữ liệu tình báo hải quan là cơ sở cho việc lựa chọn đối tượng KTSTQ và cung cấp thông tin phục vụ KTSTQ.
Theo quy định tại Điều 105 Luật Hải quan Nhật Bản, công chức hải quan kiểm tra bất kỳ chứng từ, sổ sách kế toán lưu giữ liên quan đến hàng hóa XNK trong
KTSTQ yêu cầu có kiến thức, kỹ năng tổng hợp về ba lĩnh vực đó là kiến thức chung, kiến thức về nghiệp vụ hải quan và hiểu biết cơ chế hoạt động của doanh nghiệp. Cán bộ làm KTSTQ có trình độ cao giúp công tác quản lý KTSTQ hiệu quả, hiệu lực hơn. Việc lựa chọn đối tượng KTSTQ được dựa trên nền tảng CNTT hiện đại kết hợp với hệ thống tiêu chí QLRR đầy đủ, chi tiết.
Điểm nổi bật mô hình quản lý KTSTQ của Nhật Bản là mô hình tổ chức KTSTQ được bố trí theo mô hình dọc, có cấp Trung ương và cấp vùng. Bên cạnh đó, bộ máy được chia thành 3 phòng nghiệp vụ để hỗ trợ lẫn nhau. Mô hình quản lý KTSTQ như vậy giúp Hải quan Nhật Bản có thể quản lý KTSTQ theo cả chiều dọc và chiều ngang. Việc lựa chọn đối tượng KTSTQ (thực chất là lập kế hoạch KTSTQ) được dựa trên nền tảng CNTT hiện đại kết hợp với hệ thống tiêu chí QLRR đầy đủ, chi tiết. Cán bộ làm KTSTQ có trình độ cao giúp công tác quản lý KTSTQ hiệu quả, hiệu lực hơn.
Như vậy, hệ thống công cụ hỗ trợ có hiệu quả nhất và mang đặc trưng nhất của Hải quan Nhật Bản là hệ thống quản lý rủi ro được thực thi trên một nền tảng công nghệ thông tin hoàn hảo. Thêm vào đó, Hải quan Nhật Bản cũng có một số thẩm quyền trong lĩnh vực điều tra xác minh, đồng thời nghiệp vụ kiểm toán cũng được Hải quan Nhật Bản hết sức coi trọng, như một nhân tố quyết định sự thành công của kiểm tra sau thông quan.