Thứ nhất, liệu các ngân hàng quá lớn để đổi mới và thay đổi? Ngân hàng truyền thống có những thế mạnh riêng như quy mô vốn, khách hàng truyền thống và tiềm năng, kinh nghiệm quản lý trong lĩnh vực tài chính và cung cấp dịch vụ tiêu dùng tài chính, vay vốn và thẩm định khoản vay, chuyển tiền… Ngân hàng có mạng lưới hoạt động rộng lớn - đã và đang trong xu hướng áp dụng công nghệ số trong thanh toán, giao dịch với khách hàng theo hướng ngân hàng thông minh. Chắc chắn khi fintech triển khai các dịch vụ và hoạt động của ngân hàng, bên cạnh những lợi thế về công nghệ, doanh nghiệp fintech không thể tránh khỏi thách thức và bị ảnh hưởng ngược lại từ ngân hàng.
Thứ hai, yêu cầu về tuân thủ các quy định pháp luật. Việc ứng dụng rộng rãi và mạnh mẽ fintech đòi hỏi những thay đổi căn bản về môi trường pháp lý và chính sách của các cơ quan quản lý, như sự cởi mở, mức độ tạo điều kiện tiếp cận công nghệ, sản phẩm mới, khuyến khích cạnh tranh hay muốn đảm bảo an toàn. Việc một cơ chế pháp lý cứng nhắc, thiếu linh hoạt rất có thể trở thành trở ngại trong sự hợp tác giữa ngân hàng và doanh nghiệp fintech, làm giảm sự linh động và sáng tạo trong hoạt động ứng dụng công nghệ và tăng nguy cơ về các vấn đề rủi ro pháp lý cho ngân hàng…
Thứ ba, thách thức đến từ các hoạt động quản lý và quản trị điều hành, các quy định nội bộ, tư duy và nhận thức của con người, việc sử dụng và vận hành công nghệ tiên tiến trong lĩnh vực tài chính và hoạt động quản lý của các doanh nghiệp nói chung, trong hoạt động ngân hàng nói riêng. Một góc độ khác của sự phát triển fintech đó là còn tùy thuộc vào đặc điểm và mức độ phát triển của lĩnh vực ngân hàng, nhất là hệ điều hành, chương trình phần mềm, các bản thiết kế của fintech, tùy thuộc vào mức độ hợp tác chặt chẽ giữa các công ty công nghệ, viễn thông, môi trường kinh tế, khả năng đầu tư và mức độ sẵn sàng thay đổi, chấp nhận rủi ro của các ngân hàng.
Thứ tư, thách thức đến từ vấn đề quản trị rủi ro. Khi hợp tác ngân hàng, các doanh nghiệp fintech cần đáp ứng những yêu cầu về quản trị rủi ro nhất định do ngân hàng hoặc các tổ chức quốc tế yêu cầu. Do đó, việc không đảm bảo yêu cầu tuân thủ về quản trị rủi ro cũng khiến cho sự hợp tác giữa fintech và ngân hàng bị ảnh hưởng…
Thứ năm, thách thức đến từ khách hàng. Sự phát triển của fintech còn tùy thuộc đặc điểm của từng nhóm đối tượng khách hàng bán lẻ, cũng như những việc làm quen, sử dụng thành thạo của khách hàng về công nghệ tiên tiến trong các giao dịch tài chính, quản lý tài chính và hoạt động tài chính cũng là một thách thức lớn của doanh nghiệp fintech.
Mặc dù sự hợp tác là cần thiết, nhưng vẫn còn tồn tại một số thách thức trong quá trình hợp tác giữa các công ty tài chính truyền thống với các công ty Fintech. Những thách thức mà các doanh nghiệp truyền thống gặp phải khi làm việc với Fintech là: an ninh công nghệ thông tin; quy định không rõ ràng; và khác biệt về mô hình kinh doanh. Từ góc độ của mình, các công ty fintech cho rằng, khác biệt về quản trị, kinh doanh và văn hóa; quy trình hoạt động, vận hành và quy định pháp lý không rõ ràng là những thách thức hàng đầu khi làm việc với các doanh nghiệp dịch vụ tài chính truyền thống. Do đó, doanh nghiệp fintech cần có sự tìm hiểu về các quy định và pháp luật, quản lí rủi ro; sử dụng nền tảng xử lí và lưu trữ mới rẻ hơn và nhanh hơn nhằm đạt được sự hợp tác hiệu quả với ngân hàng.