2.2.3.1. Rủi ro về chứng từ hàng hóa
Đối với hàng dược phẩm khi làm thủ tục Hải quan sẽ được phân luồng vàng hoặc luồng đỏ nếu Hải quan thấy cần kiểm tra thực tế hàng hóa, như vậy tối thiểu Hải quan cần kiểm tra bộ chứng từ gốc chứ không thể chỉ dựa vào tờ khai trên hệ thống mà đồng ý thông quan cho lô hàng dược phẩm. Để nhanh chóng và thuận lợi cho thủ tục Hải quan nhưng vẫn phải đảm bảo tránh các trường hợp nhập thuốc giả nên cơ quan Hải quan rất chặt chẽ trong quá trình kiểm tra bộ chứng từ nhập khẩu. Vì vậy, công ty cần đảm bảo sự chính xác, thống nhất và hợp pháp của bộ chứng từ hàng hóa.
Trong các trường hợp vận đơn đường biển là vận đơn ký hậu nhưng trên vận đơn lại không có ký hậu của ngân hàng người hưởng thụ để trao quyền sở hữu hàng hóa cho nhà nhập khẩu nên công ty không thể làm thủ tục Hải quan và thông quan cho lô hàng. Công ty đã phải nhờ nhà xuất khẩu trao đổi với hãng vận chuyển để chấp nhận vận đơn không ký hậu và cung cấp lệnh lấy hàng cho công ty. Nhưng có trường hợp, hãng vận chuyển không chấp nhận điều này nên công ty đã phải mất thêm thời gian gửi trả vận đơn cho nhà xuất khẩu để xin ký hậu của ngân hàng và chờ vận đơn hoàn chỉnh gửi lại cho mình. Việc này làm phát sinh thêm phí lưu kho cho lô hàng của công ty.
Có một số trường hợp chứng từ hàng hóa mà nhà cung cấp phát hành không khớp với Giấy phép nhập khẩu của mặt hàng đó thì cũng không được Hải quan chấp nhận. Ví dụ có hai thuốc cùng hoạt chất đều được đăng ký
dưới tên Ictit nhưng một loại là dạng si-rô và một loại là dạng viên. Trong Giấy phép nhập khẩu của hai thuốc này vào Việt Nam đều chỉ ghi tên thuốc là Ictit nhưng số đăng ký của hai thuốc là khác nhau, vì thế trong mọi chứng từ hàng hóa của hai hàng này đều chỉ được ghi tên thuốc là Ictit. Tuy nhiên nhà cung cấp muốn rõ ràng nên trong chứng từ hàng hóa họ ghi tên thuốc kèm theo dạng bào chế như Ictit syrup hoặc Ictit tablet nên nhân viên bộ phận nhập khẩu của công ty buộc phải yêu cầu nhà cung cấp sửa lại tên thuốc trong các chứng từ hàng hóa. Một sự cố khác là trong Giấy phép nhập khẩu dược phẩm đăng ký địa chỉ nhà máy sản xuất của nhà cung cấp nhưng trong chứng từ hàng hóa, nhà cung cấp lại để địa chỉ của văn phòng đại diện và hai địa chỉ này không trùng nhau nên Hải quan cũng không chấp nhận bộ chứng từ đó và công ty phải trình giấy tờ pháp lý để chứng minh hai địa chỉ đó là của một công ty.
2.2.3.2. Sự bất đồng trong chọn mã HS cho sản phẩm
Đã có rất nhiều trường hợp tranh luận về việc mặt hàng này thì sẽ bị áp mã HS nào bởi mã HS khác nhau có thể có mức thuế nhập khẩu khác nhau.
Công ty có nhập khẩu thuốc chứa hoạt chất Ambroxol hydrochloride có thể được dùng trong điều trị ho vì có tác dụng làm giãn phế quản. Nếu là thuốc chữa ho thì sẽ được áp mã 3004 9059 và chịu thuế nhập khẩu 3%. Nhưng công ty căn cứ theo tờ hướng dẫn sử dụng của thuốc đó đã được Cục quản lý dược duyệt chỉ ghi tác dụng làm giãn phế quản chứ không nói dùng để chữa ho nên công ty không khai theo mã 3004 9059 mà khai mã 3004 9099 với thuế nhập khẩu 0%. Về phía Hải quan, doanh nghiệp khai theo mã HS nào thì sẽ đồng ý theo mã đó để thủ tục Hải quan được giải quyết nhanh chóng nhưng khi kiểm tra sau thông quan thì cơ quan Hải quan có thể sẽ rà soát lại mã HS nào là đúng. Khi kiểm tra sau thông quan lô hàng này của công ty, cơ quan Hải quan xác định sản phẩm đó phải khai theo mã 3004 9059 mới đúng nên công ty đã bị truy thu tiền thuế nhập khẩu và tiền phạt chậm nộp thuế. Lô hàng đó trị giá 20,000 USD và công ty phải nộp thêm tiền thuế là 14,301,000 đồng và tiền phạt là 9,500,000 đồng.
Trường hợp thuốc chứa một số thành phần như thuốc đông dược nhưng đã đăng ký và được Cục Quản lý Dược chấp nhận là thuốc tân dược. Khi khai Hải quan, công ty khai là thuốc tân dược theo mã 3004 9099 và không phải chịu thuế nhập khẩu nhưng Hải quan nói rằng thuốc đó phải khai theo mã 3004 9098 của thuốc đông dược và chịu thuế nhập khẩu 5%. Công ty đã phải mất thêm thời gian làm công văn đề nghị Cục Quản lý Dược xác nhận đấy là thuốc tân dược để Hải quan chấp nhận tờ khai hải quan và cho thông quan hàng hóa. Không chỉ mất công sức và thời gian, công ty đã phải chịu thêm khoản phí lưu kho của lô hàng từ khi hàng về Việt Nam đến khi lấy được hàng ra khỏi cảng hoặc sân bay đối với các trường hợp có sự bất đồng với cơ quan Hải quan.
2.2.3.3. Hải quan áp giá nhập khẩu
Dù không xảy ra nhiều nhưng đây cũng là một rủi ro mà công ty DOHA đã gặp phải. Khi làm thủ tục Hải quan, cán bộ Hải quan sẽ đối chiếu giá nhập khẩu của hàng hóa trong tờ khai hải quan của công ty với giá nhập khẩu của các mặt khác cùng hoạt chất trong hệ thống dữ liệu của Hải quan. Do từng có nhiều mặt hàng tương tự được nhập với giá cao hơn nên cán bộ Hải quan áp giá đấy cho mặt hàng của công ty và yêu cầu công ty nộp thuế theo giá đó. Để tránh phải chịu áp giá cao, công ty đã trả chi phí để xin được tham vấn giá và giải thích giá của công ty kê khai là hợp lý và chính xác.
Thực tế của ngành dược phẩm là có rất nhiều mặt hàng có cùng hoạt chất nhưng nước sản xuất khác nhau, nhà sản xuất khác nhau sẽ có giá khác nhau hoặc ngoài hoạt chất đấy còn có thêm một số thành phần khác thì giá sẽ cao hơn hoặc tùy vào năng lực của mỗi doanh nghiệp mà thỏa thuận được mức giá khác nhau với nhà cung cấp. Dù mục đích của việc so sánh giá là để tránh tình trạng gian lận trốn tránh nghĩa vụ nộp thuế nhưng nó cũng làm ảnh hưởng đến các doanh nghiệp nhập khẩu làm ăn chính đáng.