Thị trường liên tục thay đổi và phát triển nên sự thay đổi trong quy định, chính sách quản lý về các hoạt động kinh doanh là điều tất yếu. Hoạt động nhập khẩu dược phẩm vừa phải tuân thủ các quy định về nhập khẩu và cũng phải đảm bảo thực hiện các quy định của ngành dược.
Hằng năm, biểu thuế xuất nhập khẩu sẽ được cập nhật và có sự thay đổi theo xu hướng phát triển của thị trường. Đối với ngành dược, các cơ quan chức năng muốn phát triển hơn nữa ngành công nghiệp dược trong nước nên một số hoạt chất mà trong nước có thể sản xuất được sẽ bị đánh thuế nhập khẩu cao hơn hoặc giai đoạn kiểm duyệt để cấp Giấy phép nhập khẩu cho dược phẩm cũng lâu hơn và khó khăn hơn.
Một vấn đề quan trọng khác trong hoạt động nhập khẩu dược phẩm là chất lượng của sản phẩm nhập khẩu. Giữa năm 2016, một số thuốc mà công ty DOHA nhập khẩu từ một nhà sản xuất ở Ấn Độ gặp vấn đề về chất lượng sản phẩm sau khi cơ quan chức năng tiến hành kiểm tra ngẫu nhiên. Vào thời điểm đó, một số doanh nghiệp nhập khẩu khác cũng có gặp vấn đề tương tự với một số thuốc của các nhà sản xuất khác ở Ấn Độ. Từ đó, Cục Quản lý Dược đã cho các nhà sản xuất này vào danh sách đen – Black list và sản phẩm của các nhà sản xuất này muốn được nhập khẩu vào Việt Nam phải tiến hành kiểm nghiệm trước để chứng minh sản phẩm đạt đủ tiêu chuẩn đã đăng ký.
Về vấn đề độc quyền trong phân phối thuốc, từ năm 2016 Cục Quản lý Dược có quy định hạn chế một công ty sẽ không được cấp nhiều Giấy phép nhập khẩu cho các thuốc có cùng một hoạt chất. Trước đây, công ty có thể đăng ký, nhập khẩu và phân phối nhiều thuốc có cùng hoạt chất, cùng hàm lượng nhưng từ năm 2016, Cục Quản lý Dược không cho phép một công ty được đăng ký nhiều loại thuốc với cùng một hoạt chất để tránh tình trạng độc quyền một mặt hàng nào đó bởi công ty đăng ký được thuốc nào thì sẽ là nhà phân phối độc quyền thuốc đó tại Việt Nam. Điều này đã làm phân tán nguồn lực của công ty bởi với mỗi mặt hàng thuốc khác nhau thì có
thị trường khác nhau nên các kênh phân phối và hình thức marketing cũng khác nhau.
Năm 2016 cũng là năm Cục Quản lý Dược thắt chặt trong quản lý giá thuốc bán buôn kê khai, Cục yêu cầu bệnh viện chỉ chấp nhận mua các thuốc đã có giá kê khai được duyệt trong quá trình xét duyệt đấu thầu và giá bán vào bệnh viện không được phép cao hơn giá đã kê khai. Quy định mới này đã làm một số mặt hàng của công ty trượt thầu vào bệnh viện, một kênh phân phối chủ lực và ổn định của công ty, do chưa có giá kê khai hợp lý được Cục chấp nhận.