Hệ thống chính quyền cũ, chính quyền phong kiến dới thời kỳ Tokugawa đợc thay thế bằng một hệ thống chính quyền mới do Thiên Hoàng đứng đầu tạo ra sự thống nhất về chính trị cho đất nớc. Những cải tổ về mặt chính trị đều nhằm tập trung xây dựng một chính quyền theo chỉnh thể quân chủ lập hiến trong đó quyền lực của vua đợc đề cao. Việc cải tổ chính quyền theo kiểu quân chủ lập hiến đợc tiến hành dần dần và từng bớc.
Sau tuyên thề Duy tân, chính phủ Minh Trị đã điều hành bộ máy nông nghiệp theo thể chế chính trị kiểu Mỹ gồm 3 quyền phân lập: lập pháp, hành pháp và t pháp (nơi các chính phủ) điều hành. Tuy theo thể chế chính trị tam quân phần lập nhng trên thực tế quyền hành cao nhất thuộc về quý tộc và lãnh chúa phía Nam, sự phân biệt giữa hành pháp, lập pháp không rõ ràng lắm. Guồng máy Nhà nớc nh thế này tiếp tục hoạt động cho đến 1885 khi lập chế độ nội các.
Đặc biệt từ sau hiến pháp 1889, chế độ quân chủ lập hiến ở Nhật Bản càng đợc củng cố mạnh hơn, một chế độ quân chủ lập hiến dựa trên quyền lực tối cao của Thiên hoàng. Chủ quyền của Nhà nớc thuộc về Thiên hoàng, Thiên hoàng đợc xem nh là “thần thánh bất khả xâm phạm”. Theo hiến pháp, Quốc hội đế chế gồm 2 viện: Viện dân biểu (tơng đơng với Hạ nghị viện) do một số dân chúng có quyền bầu cử bầu ra, và viện quý tộc (tơng đơng với Thợng nghị viện) do Thiên hoàng chỉ định.
Nh vậy, thông qua một số cải cách về mặt chính quyền. Từ một Nhà nớc quân chủ chuyên chế với sự lộng hành của tớng quân Shogun, Nhật Bản dới thời
Minh trị. Đã dần dần củng cố và xây dựng một Nhà nớc theo thể chế quân chủ lập hiến. Tuy nhiên quyền lực của Thiên Hoàng là tối cao, quyền lực của quốc hội rất hạn chế. Quốc hội không có quyền quyết định mọi việc, chỉ có quyền thảo luận, bàn bạc, quyền quyết định dành cho Thiên Hoàng. Thiên hoàng có quyền đình chỉ quốc hội, giải tán và triệu tập Hạ nghị viện. Trong quá trình xây dựng củng cố thể chế Nhà nớc, Nhật Bản đã học hỏi rất nhiều ở các nớc (nh Anh, Mỹ) nhng không hoàn toàn theo khuân mẫu của các nớc đó mà xây dựng một thể chế Nhà nớc rất riêng mang những yếu tố truyền thống của ngời Nhật Bản. Ví dụ: Nếu nh các nớc phơng Tây quy định chủ quyền thuộc về nhân dân thì Nhật Bản quy định chủ quyền thuộc về nhà Vua. Vì điều này phù hợp với truyền thống từ bao đời nay của ngời Nhật Bản: “Thiên Hoàng muôn đời thống trị đại đế Nhật Bản”. Việc thiết lập một thể chế chính trị thống nhất, ổn định đã tạo điều kiện cho Nhật Bản phát triển mạnh về kinh tế. Và đa Nhật Bản phát triển thành cờng quốc t bản chủ nghĩa ngoài phơng Tây.