Trong khi vừa tập trung phát triển nền công nghiệp hiện đại, chính phủ Minh Trị đã vừa thực hiện u tiên phát triển ngành kinh tế nông nghiệp. Vào đầu kỷ nguyên Minh Trị, chính phủ gặp khó khăn trong vấn đề tài chính, nguồn thu chủ yếu dựa vào địa tô hàng năm, chiếm xấp xĩ 80% ngân sách quốc gia. Bên cạnh đó, quá trình công nghiệp hoá của Nhật Bản trong thời kỳ đầu chủ yếu dựa vào nguồn vốn trong nớc mà chỗ dựa quan trọng là nông nghiệp. Công nghiệp hoá của Nhật Bản đi từ nông nghiệp. Vì vậy, trong lĩnh vực nông nghiệp, chính phủ đã thực hiện khá nhiều những cải cách nhằm khuyến khích nông nghiệp phát triển.
Vấn đề ruộng đất: Cải cách ruộng đất lúc đầu nhằm hớng vào giải quyết về vấn đề tài chính và phát triển t bản chủ nghĩa ở nông thôn. Để thực hiện bớc đầu cải cách ruộng đất, chính phủ bãi bỏ các quy định hạn chế về sử dụng ruộng đất, công nhận quyền tự do trồng trọt mùa màng, chấp nhận cho tự do mua bán ruộng đất, tự do kinh doanh nông phẩm. Địa khoán đợc phát hành để làm chứng từ sở hữu (tức thẻ ruộng đất ). Ngời nông dân có quyền sở hữu những mảnh đất mà họ đợc thừa hởng do cha truyền con nối. Dù ngời nông dân vẫn còn cày cấy
trên ruộng đất đó nhng đã đem bán hoặc cầm cố thì vẫn không đợc quyền sở hữu.
Vấn đề thuế nông nghiệp: Theo quy định mới, ngời nộp thuế là chủ đất chứ không phải là ngời sản xuất. Trớc đó, địa tô đợc thu nạp hàng năm là sản phẩm (thóc lúa) nay đợc thay thuế bằng loại thuế thống nhất (bằng tiền). Chính phủ quyết định đánh thuế theo giá đất, tiền thuế tơng đơng 3% giá đất. Tỷ lệ này đợc áp dụng chung cho cả nớc.
Những cải cách trong lĩnh vực nông nghiệp (ruộng đất, thuế nông nghiệp hay đại tô) tuy vẫn còn một số tiêu cực nh: Do giá đất quá cao nên thuế có khi lên đến 50% hoa lợi mà ngời dân thu đợc. Do nhiều nông dân nổi dậy chống cải cách địa tô, những nông dân nghèo không có tiền mua đất hoặc phải bán đất làm tá điền nên ruộng đất dần dần rơi vào tay nông dân giàu hay những nhà t sản thành thị Nh… ng những cải cách đó đã mang lại một số kết quả rất đáng kể cho Nhật Bản lúc này. Nó đã góp phần giải quyết vấn đề tài chính. Sau cải cách địa tô, chính quyền trung ơng đã có đợc cơ sở tài chính vững chắc hơn, tạo điều kiện tốt cho quá trình công nghiệp hóa đất nớc. Đồng thời với những chính sách cải cánh kinh tế nông nghiệp linh động, hợp lý, chính phủ Minh Trị đã đa nền nông nghiệp Nhật Bản thoát khỏi tình trạng suy thoái ở cuối thời kỳ Tokugawa. Tốc độ tăng trởng của nông nghiệp trong thời kỳ này chừng 2% một năm. Cải cách ruộng đất đã đánh dấu cho sự phát triển của quan hệ sản xuất t bản ở nông thôn Nhật Bản. Giai cấp t sản, địa chủ mới dần dần đóng vai trò quan trọng và trở thành chỗ dựa vững chắc cho chính phủ ở nông thôn.