Từ năm 1802, nhà Nguyễn được thiết lập mặc dự cú nhiều cố gắng đề ra nhiều biện phỏp để củng cố vương triều và phỏt triển đất nước song vẫn khụng ngăn cản được chế độ phong kiến nước ta ngày càng lao sõu vào con đường khủng hoảng và suy vong trầm trọng. Với hàng loạt cỏc chớnh sỏch khụng phự hợp về cỏc mặt - nhất là kinh tế, nhà Nguyễn cản trở kinh tế hàng hoỏ phỏt triển và thị trường trong nước mở rộng, những điều kiện tối cần thiết cho xó hội Việt Nam hồi đú thoỏt khỏi sự kỡm hóm của chế độ phong kiến để chuyển vào quỹ đạo tư bản chủ nghĩa. Trong hoàn cảnh chung như vậy, cỏc tỉnh lỵ của nước ta - trong đú cú tỉnh lỵ Thanh Hoỏ - đến giữa thế kỷ XIX vẫn khụng sao đi vào con đường đụ thị hoỏ theo hướng tư bản chủ nghĩa được mà vẫn chỡm đắm trong màn đờm của chế độ phong kiến suy tàn, chủ yếu vẫn là một đơn vị hành chớnh cai trị.
Đỳng vào lỳc đú, chủ nghĩa tư bản Phỏp trờn bước đường bành trướng thế lực đó nổ sỳng phỏt động chiến tranh xõm lược Việt Nam (1-9-1858). Triệt để khai thỏc ưu thế về tàu chiến, vũ khớ và đạn dược, lợi dụng tỡnh hỡnh khủng hoảng về kinh tế, chớnh trị, xó hội ở nước ta từ nửa sau thế kỷ XIX, thực dõn Phỏp lần lượt chiếm gọn toàn bộ 6 tỉnh Nam Kỡ (1867), sau đú thừa thắng tung quõn đi đỏnh chiếm nhiều nơi khỏc. Chỳng chà đạp lờn nhiệt tỡnh yờu nước của nhõn dõn hai miền Bắc - Trung, trước sự tấn cụng dồn dập của thực dõn Phỏp triều đỡnh Huế khiếp đảm vội vó ký liờn tiếp 2 bản hiệp ước năm 1883, 1884 - thực chất đõy là 2 bản hàng ước - xỏc nhận quyền đụ hộ lõu dài của tư bản Phỏp ở nước ta.
Như vậy, sau 26 năm tiến cụng xõm lược và bỡnh định (1858 - 1884), thực dõn Phỏp đó hoàn thành quỏ trỡnh xõm lược cả ba nước trờn bỏn đảo Đụng Dương. Ở Việt Nam theo điều khoản của hiệp ước Patơnốt (1884) thỡ từ Bỡnh Thuận trở ra đến Thanh Hoỏ thuộc quyền quản lý của nhà Nguyễn, song khõm sứ Trung Kỡ lại trực tiếp can thiệp vào cụng việc của cỏc vua nhà Nguyễn.
Nhằm truy bắt vua Hàm Nghi và Tụn Thất Thuyết, ngay sau vụ phản biến kinh thành Phỏp cho đàn ỏp dó man những người tham gia, ủng hộ Tụn Thất Thuyết và Trần Xuõn Soạn. Phỏp cho quõn truy đuổi vua Hàm Nghi và tấn cụng sơn phũng Quảng Trị. Chỳng dừng lại ở đú, Phỏp huy động tàu chiến đi từ Huế ra Quảng Bỡnh, Hà Tĩnh, Nghệ An để truy đuổi vua Hàm Nghi và Tụn Thất Thuyết, dập tắt phong trào khỏng chiến của nhõn dõn đang diễn ra theo lời hiệu triệu Cần Vương. Mặt khỏc, chỳng củng cố quõn đội, đưa đạo quõn từ Bắc Kỡ vào Ninh Bỡnh, Thanh Hoỏ tạo thành hai gọng kỡm chiến lược hũng thực hiện kế sỏch nhanh chúng dập tắt mọi sự phản khỏng của nhõn dõn.
Ở Thanh Hoỏ, ngay trong đội ngũ quan lại cú sự phõn hoỏ sõu sắc. Tổng đốc Thanh Hoỏ Nguyễn Thuật, Án sỏt Vương Duy Trinh ngay từ đầu đó cú ý định đầu hàng, hợp tỏc với Phỏp. Trong khi Bố chỏnh Nguyễn Khoa Luận và một số đồng sự lại tỡm mọi cỏch để huy động nhõn dõn đào hầm hố, xõy dựng cụng sự để chống Phỏp. Tuy cú nhiều nỗ lực, song từ giữa thỏng 11 khi binh đoàn Bắc Kỡ do Thiếu tỏ Mi - nhụ chỉ huy kộo từ Ninh Bỡnh vào Thanh Hoỏ đó khụng gặp mấy khú khăn vỡ sự khỏng cự ở đõy diễn ra khỏ yếu ớt.Thờm vào đú, Phỏp lại cho tăng cường viện binh và giao cho Trung tỏ Boa-le-vơ (Boileve) trực tiếp chỉ huy vào đúng quõn ở Thanh Hoỏ nhằm đối phú với phong trào khỏng chiến của nhõn dõn đang diễn ra quyết liệt ở đõy [43,tr 33]
Ở phớa Nam, Phỏp cho quõn đổ bộ chiếm thành Hà Tĩnh, thành Nghệ An, sau đú đỏnh rộng ra cỏc huyện đồng bằng và trung du miền nỳi.
Bất chấp khú khăn, với tinh thần yờu nước nhõn dõn Thanh Hoỏ trong những thỏng cuối năm 1885 đó sắm sửa vũ khớ, tớch trữ lương thảo, động viờn
chồng con tham gia phong troà vũ trang chống Phỏp do cỏc văn thõn sĩ phu yờu nước tổ chức, lónh đạo.
Sự kiện cú tiếng vang lớn và quan trọng thời kỳ này là cuộc tiến cụng của nghĩa quõn toàn tỉnh vào thành Thanh Hoỏ đờm 11 rạng sỏng ngày 12 thỏng 3 năm 1886. Từ chiều hụm 11, lợi dụng ngày hụm sau cú chợ tỉnh (mồng 7/2 năm Bớnh Tuất), 300 nghĩa quõn huyện Tĩnh Gia do Nguyễn Phương chỉ huy cải trang làm người đi chợ, giấu vũ khớ (dao găm, kiếm..) vào đũn ống, hay giắt vào cỏc gỏnh chiếu, gỏnh mớa,v.v... kộo vào tỉnh lỵ. Đồng thời cỏc cỏnh quõn của Tống Duy Tõn và Cao Điển cũng từ Vĩnh Lộc kộo xuống, của Tụn Thất Hàm từ Nụng Cống và của Đỗ Đức Mậu từ Quảng Xương kộo ra, của Hà Văn Mao từ Thọ Xuõn kộo về.Trong khi đú, Nguyễn Đụn Tiết đưa quõn từ Hoằng Hoỏ lờn để chặn giặc bờn tả ngạn sụng Mó, trờn con đường từ Hàm Rồng ra Bắc.
Vào lỳc nửa đờm 11/3, quõn cảm tử bớ mật xụng vào hai cửa Tiền (phớa Nam) và cửa Tả (phớa Đụng) thành tỉnh, giết chết lớnh gỏc, rồi nhanh chúng đột nhập vào thành đỏnh chiếm cỏc nơi. Lớnh Phỏp đúng trong thành đang ngủ say đột ngột bị dựng dậy hoảng hốt cầm sỳng chạy ra, một số tờn bị nghĩa quõn tiờu diệt tại chỗ. Cỏc cụng sở của địch cựng lỳc bị tiến cụng, Chỏnh văn phũng toà sứ là Pi - ve (Pivert) và Trung uý Phơ - răng - cơ (Franck) ngay từ đầu trỳng đạn bị thương. trờn đà thắng thế, nghĩa quõn đó đỏnh lựi cả bọn Phỏp và bọn nguỵ kộo tới cứu nguy cho chủ, nhiều tờn bị chết, một số bỏ chạy tỏn loạn, số cũn lại rỳt vào đồn cú thủ. Lửa chỏy rực trời, trỗng mừ khua vang, tiếng nghĩa quõn reo hũ dậy đất. Nhưng giặc Phỏp cú ưu thế về vũ khớ, cố bỏm lấy cụng sự, nghĩa quõn khụng sao tiờu diệt được bọn chỳng. Đến lỳc trời gần sỏng, liệu thế khụng thể kộo dài cuộc chiến đấu, nghĩa quõn chủ động rỳt quõn, Tống Duy Tõn và Cao Điển lờn Yờn Định, Nguyễn Phương và Tụn Thất Hàm về Nụng Cống.
Nghĩa quõn Thanh Hoỏ tuy khụng chiếm được thành tỉnh, nhưng đó tiờu diệt được một lực lượng địch ngay tại sào huyệt của chỳng, gõy cho chỳng
nhiều tổn thất và hoang mang. Quan trọng hơn là cuộc phối hợp quõn sự cú tổ chức lần này đó đỏnh dấu một bước phỏt triển đỏng kể của lực lượng yờu nước trong tỉnh và cú tỏc dụng to lớn trong việc cổ vũ, phỏt động phong trào toàn tỉnh lờn một trỡnh độ đấu tranh mới. Cựng việc mạo hiểm đỏnh ỳp thành tỉnh, nghĩa quõn trong đờm hụm đú cũn đột phỏ huyện lỵ Đụng Sơn cũng đúng trong tỉnh lỵ.
Bị một đũn choỏng vỏng, giặc Phỏp và bố lũ tay sai hoảng vớa kinh hồn, phải cấp tốc xin quõn vào tăng cường. Tờn Thiếu tỏ Tờ- ri - ụng (Terillon) tức tốc đưa quõn từ Nam Định vào ứng cứu cho đồng bọn. Một cuộc hành quõn càn quột lớn kộo dài hơn thỏng trời (từ ngày 15/3 đến 26/4 năm 1886) trờn một vựng rộng lớn tỉnh Thanh Hoỏ, lan rộng ra cỏc vựng thuộc tỉnh Hoà Bỡnh giỏp giới Thanh Hoỏ. Đõy là chiến dịch càn quột lớn nhất của địch ở Thanh Hoỏ vào đầu năm 1886. Nghĩa quõn cũng chặn đỏnh địch trong nhiều trận lớn, tiờu diệt lực lược bỡnh định của chỳng trờn đường hành quõn chiếm đúng.
Như vậy từ năm 1886, phong trào yờu nước ở Thanh Hoỏ ngày càng phỏt triển mạnh nhưng nhỡn chung vẫn cũn mang tớnh chất tự phỏt, địa phương, nếu cú sự phối hợp cũng chỉ là nhất thời mà thụi. Nhằm đẩy mạnh thờm một bước phong trào trong tỉnh, những người cầm đầu cỏc phong trào địa phương đều nhận thấy cần sớn thống nhất lực lượng dưới sự chỉ huy chung, biến Thanh Hoỏ thành một căn cứ vững chắc khụng riờng của tỉnh nhà mà cũn cho phong trào chung của cả nước. Căn cứ Ba Đỡnh được xõy dựng gấp rỳt ở huyện Nga Sơn, cỏch tỉnh lỵ Thanh Hoỏ 40 km về phớa Đụng Bắc nhằm bảo vệ “cửa ngừ”miền trung và làm bàn đạp toả ra đỏnh địch ở đồng bằng. Hệ thống cứ điểm Mó Cao cũng được xõy dựng trờn miền đồi nỳi phớa Tõy hai huyện Yờn Định (ngày nay thuộc đất huyện Thiệu Yờn) và Thọ Xuõn để bảo vệ mặt sau của căn cứ Ba Đỡnh, khi cần thiết nghĩa quõn Ba Đỡnh cú thể rỳt về Mó Cao để bảo toàn lực lượng và tiếp tục chiến đấu...
Nhưng trước sự tấn cụng dồn dập và ỏc liệt của kẻ thự cú ưu thế ỏp đảo về quõn số và vũ khớ, Ba Đỡnh và Mó Cao lần lượt rơi vào tay giặc Phỏp
(thỏng 1 và 2 năm 1887). Phỏp điờn cuồng khủng bố trắng trờn toàn vựng, hàng ngày tung quõn đi lựng sục khắp nơi bắt được ai là đưa đi giết hại, khụng phõn biệt nghĩa quõn với dõn chỳng. Ngay tại tỉnh lỵ Thanh Hoỏ, chiều chiều dõn làng sở tại Thọ Hạc, kể cả người già yếu, đều bị xớch tay điệu ra phớa Nam ngoài thành, viờn quan binh ngưũi Phỏp đến hạ lệnh quẳng dần từng người xuống sụng, thấy mỗi người chỡm xuỗng nước thỡ lại vỗ tay vui cười, người nào cũn ngoi ngúp vựng vẫy thỡ bắn luụn cho chết. Cứ như vậy trong suốt 3 - 4 thỏng, nước sụng Bố Vệ đỏ ngầu như chậu mỏu, khụng cũn ai dỏm qua lại lối này [16,số2,tr 4]. Nhưng nhõn dõn Thanh Hoỏ - trong đú cú nhõn dõn tỉnh lỵ - đõu chịu khuất phục, cũn kiờn trỡ khỏng chiến một thời gian dài về sau dưới ngọn cờ nghĩa tung bay hiờn ngang trờn nỳi rừng Hựng Lĩnh (Vĩnh Lộc). Tống Duy Tõn bị tờn phản bội Cao Ngọc Lễ dẫn đường cho bọn Phỏp đột nhập căn cứ bắt sống đem về chộm ở tỉnh lỵ ngày 5/10/1892. Khởi nghĩa Hựng Lĩnh thất bại.
Tỉnh lỵ Thanh Hoỏ trở thành nơi đúng quõn của Phỏp và phong kiến tay sai, nhưng cũng chớnh đõy là nơi đó chứng kiến cuộc tập kớch tỏo bạo của những nghĩa quõn giàu lũng quả cảm, khỏt vọng độc lập. Họ chiến đấu, hy sinh và cựng cỏc thế hệ cha anh tụ đậm trang sử vàng về truyền thống yờu nước giống như cuộc tập kớch thành Hà Tĩnh, nghĩa quõn khụng chiếm giữ được thành và phải rỳt lui, song tinh thần xả thõn của họ cũn sống mói trong lũng nhõn dõn Thanh Hoỏ núi riờng và dõn tộc núi chung.
Mặc dự cuối cựng bị thất bại nhưng phong trào đấu tranh của nhõn dõn Thanh Hoỏ núi chung và tỉnh lỵ Thanh Hoỏ núi riờng đó gõy cho kẻ thự nhiều tổn thất về người và vũ khớ, gúp phần cựng phong trào cả nước làm cho đế quốc Phỏp suốt một thời gian dài khụng thể ổn định được bộ mỏy thống trị để bắt tay vào khai thỏc, búc lột kinh tế. Mục đớch chớnh của bất cứ tờn đế quốc nào khi đi xõm chiếm thuộc địa đều dựng chớnh trị làm thủ đoạn cũn mục đớch là kinh tế.
Từ cuối năm 1885 đến đầu năm 1886 lịch sử Thanh Hoỏ - trong đú cú lịch sử tỉnh lỵ - nằm trong lịch sử chung cả nước bắt đầu chuyển vào một thời kỳ mới: thời kỳ phỏt triển trong chế độ thuộc địa nửa phong kiến.