* Nguyên nhân chủ quan:
Bộ máy hiện nay vẫn còn nhiều cán bộ mà trước đây được tuyển dụng theo dạng ưu tiên như phối hợp với các chính sách xã hội khác cụ thể như ưu tiên cho bộ đội phục viên, thương bệnh binh...Do đó đối với số cán bộ này hiện nay tuổi đời thì
đã cao, mà trình độ lại không cao nhất là trình độ về tin học và ngoại ngữ nên khó đáp ứng được các yêu cầu trong công tác hiện nay, nhất là trong công tác hiện đại hóa ngành thuế theo mục tiêu của ngành đề ra.
Cơ sở vật chất phục vụ công tác quản lý thuế còn thiếu.
Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ các chương trình ứng dụng tin học vào công tác quản lý được thay bằng chương trình mới hoặc được nâng cấp chỉ có bộ phận được thay đổi ứng dụng và bộ phận có liên quan mới được tập huấn. Nên khi cán bộ công chức được luân phiên công việc phải mất nhiều thời gian mới đáp ứng được ứng dụng tin học theo chức năng, công việc. Vì vậy, mặc dù đơn vị có xây dựng kế hoạch luân chuyển, luân phiên công việc nhưng khi thực hiện chưa đạt kế hoạch đề ra, bởi lý do nêu trên.
Trình độ của một số cán bộ thuế còn thấp, ý thức trách nhiệm của một bộ phận cán bộ thuế chưa cao; một số cán bộ thuế, nhất là ở những địa bàn khó khăn, phức tạp, một số cán bộ tuổi cao,... chưa sẳn sàng với những thay đổi khi tái cơ cấu bộ máy tổ chức, cơ chế tiền lương của ngành thuế chưa thu hút được nguồn nhân lực cao. Vì thế trong điều kiện nhân lực của ngành thuế hiện nay khó đáp ứng được yêu cầu hiện đại hoá công tác quản lý thuế.
Một trong những thách thức lớn đối với Chi cục Thuế là nguồn nhân lực hiện nay phải đáp ứng được các mặt công tác với số lượng người nộp thuế phát triển nhanh từng ngày, chính sách thuế lại thường xuyên được bổ sung, thay đổi trong khi đó chủ trương của ngành thuế lại hạn chế việc tăng biên chế cho đơn vị.
Số lượng công chức có độ tuổi trên 50 tăng nhanh dẫn đến số lượng công chức đến tuổi hưu trí rất lớn nhất là đối với nữ công chức vì tuổi nghỉ hưu của nữ công chức theo luật lao động sớm hơn nam công chức là 5 năm, trong khi số lao động trẻ mới tuyển vào rất thấp, không tương ứng để thay thế. Mặt khác do nhân sự cấp tỉnh cũng thiếu cán bộ nên thường điều động cán bộ có trình độ từ các chi cục về, nhất là nguồn nhân sự của Chi cục Thuế Biên Hòa thường xuyên bị điều động bổ sung cho Cục do địa bàn gần Cục Thuế hơn. Do đó nhân sự của Chi cục Thuế Biên Hòa đã thiếu lại càng thiếu nhiều hơn.
Ngoài ra do tính chất công việc ngày một đòi hỏi trình độ cán bộ ngày càng cao, nhưng khi tuyển dụng lại do cơ quan thuế cấp tỉnh thực hiện xét hồ sơ và trong
quá trình xét duyệt hồ sơ tuyển dụng cơ quan cấp trên chưa nghiên cứu đầy đủ nhu cầu nhân sự của cấp dưới nên số lượng công chức xét tuyển trước đây không đáp ứng được yêu cầu này dẫn đến tình trạng thiếu cán bộ có trình độ đại học nhưng lại thừa cán bộ có trình độ trung cấp.
*Nguyên nhân khách quan:
Ý thức tuân thủ pháp luật của đối tượng nộp thuế rất thấp.Hiện nay còn nhiều doanh nghiệp chưa ý thức tốt việc " tự khai, tự nộp" theo quy định của pháp luật.
Chính sách thuế, phương pháp tính thuế GTGT đối với hộ kinh doanh cá thể còn phức tạp, vừa tạo sơ hở trong quản lý thuế, vừa lãng phí, vừa không tạo điều kiện cho hộ kinh doanh tự xác định được nghĩa vụ thuế…
Chính sách thuế vẫn cần phải lồng ghép hợp lý các chính sách xã hội để thực hiện điều tiết vĩ mô nền kinh tế.
Do số lượng công ty doanh nghiệp phát sinh nhiều, Nguồn thu thuế nhỏ, lẽ, phân tán, đồng thời số dự toán năm sau cao hơn năm trước, mà lực lượng cán bộ nhân viên còn quá mỏng nên chưa đáp ứng được trọn vẹn các yêu cầu trong công tác.
Việc kiểm tra nghiên cứu hồ sơ báo cáo thuế của doanh nghiệp phục vụ cho công tác thanh tra-kiểm tra còn gặp khó khăn do hồ sơ, báo cáo của doanh nghiệp ngày càng đơn giản, gọn nhẹ (do thực hiện mục tiêu của ngành thuế là giảm thiểu việc gây phiền hà cho người nộp thuế) nên thiếu dữ liệu để khai thác thông tin và phân tích .
Nói chung phương thức quản lý, trình độ quản lý thuế, năng lực cán bộ của một bộ phận cán bộ chưa theo kịp với việc chuyển đổi mô hình quản lý thuế theo chức năng. Nguồn lực cán bộ hạn chế, thiếu cơ chế khuyến khích và huy động nguồn lực có chất lượng cao. Việc đào tạo cán bộ, công chức thuế chưa có tính hệ thống và chiến lược dài hạn, chưa đáp ứng sự thay đổi và phát triển của ngành