Thẩm quyền, nhiệm vụ quyền hạn của Chính phủ chỉ có thể hoàn thành được tốt khi Chính phủ có một chế độ làm việc phù hợp. Chế độ làm việc thể hiện mối tương quan trong việc thực hiện quyền hành giữa thủ tướng – người đứng đầu Chính phủ với các bộ trưởng thành viên, và trách nhiệm của từng thành viên Chính phủ. Theo quy định chung của Hiến pháp, Chính phủ tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ.
Hiệu quả hoạt động của Chính phủ được bảo đảm bằng hiệu quả hoạt động của tập thể Chính phủ, của Thủ tướng Chính phủ và từng thành viên Chính phủ. Chính phủ thảo luận tập thể và quyết định theo đa số những vấn đề quan trọng được quy định tại Điều 19 của Luật này.
Thủ tướng lãnh đạo và điều hành hoạt động của Chính phủ, quyết định những vấn đề được Hiến pháp và pháp luật quy định thuộc thẩm quyền của mình. Bộ trưởng và Thủ trưởng cơ quan ngang bộ tham gia vào hoạt động của tập thể Chính phủ; lãnh đạo, quyết định và chịu trách nhiệm về ngành, lĩnh vực hoặc về công tác được giao phụ trách; tham dự các phiên họp của Quốc hội khi Quốc hội xem xét về những vấn đề có liên quan đến ngành, lĩnh vực hoặc về công tác được giao phụ trách.
Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước bằng pháp luật; sử dụng tổng hợp các biện pháp hành chính, kinh tế, tổ chức, tuyên truyền, giáo dục; phối hợp với Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ban chấp hành Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam và Ban chấp hành trung ương của đoàn thể nhân dân trong khi thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mình.
Chính phủ thảo luận tập thể và biểu quyết theo đa số những vấn đề quan trọng sau đây: 1. Chương trình hoạt động hàng năm của Chính phủ;
2. Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh hàng năm và cả nhiệm kỳ, các dự án luật, pháp lệnh và các dự án khác trình Quốc hội và Ủy ban thường vụ Quốc hội; các nghị quyết, nghị định của Chính phủ;
3. Dự án chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội dài hạn, năm năm, hàng năm, các công trình quan trọng; dự toán ngân sách nhà nước, dự kiến phân bổ ngân sách trung ương và mức bổ sung từ ngân sách trung ương cho ngân sách địa phương; tổng quyết toán ngân sách nhà nước hàng năm trình Quốc hội;
4. Đề án về chính sách dân tộc, chính sách tôn giáo trình Quốc hội;
5. Các chính sách cụ thể về phát triển kinh tế - xã hội, tài chính, tiền tệ, các vấn đề quan trọng về quốc phòng, an ninh, đối ngoại;
6. Các đề án trình Quốc hội về việc thành lập, sáp nhập, giải thể bộ, cơ quan ngang bộ; việc thành lập mới, nhập, chia, điều chỉnh địa giới tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, việc thành lập hoặc giải thể các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt; quyết định việc thành lập mới, nhập, chia, điều chỉnh địa giới các đơn vị hành chính dưới cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương;
7. Quyết định việc thành lập, sáp nhập, giải thể cơ quan thuộc Chính phủ;
8. Các báo cáo của Chính phủ trước Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội, Chủ tịch nước.(Điều 19 Luật Tổ chức Chính phủ).
Chính phủ làm việc theo chế độ kết hợp trách nhiệm của tập thể với việc đề cao quyền hạn và trách nhiệm cá nhân của Thủ tướng và của mỗi thành viên Chính phủ. Hình thức hoạt động của tập thể Chính phủ là phiên họp Chính phủ. Chính phủ họp thường kỳ mỗi tháng một lần. Thủ tướng triệu tập phiên họp bất thường của Chính phủ theo quyết định của mình hoặc theo yêu cầu của ít nhất một phần ba tổng số thành viên Chính phủ.
Thành viên Chính phủ có trách nhiệm tham dự đầy đủ các phiên họp của Chính phủ, nếu vắng mặt trong phiên họp hoặc vắng mặt một số thời gian của phiên họp thì phải được Thủ tướng đồng ý. Thủ tướng có thể cho phép thành viên Chính phủ vắng mặt và được cử người Phó dự phiên họp Chính phủ.
Khi cần thiết, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được mời tham dự các phiên họp của Chính phủ. Những người dự họp không phải là thành viên Chính phủ có quyền phát biểu ý kiến nhưng không có quyền biểu quyết.
Phiên họp của Chính phủ chỉ được tiến hành khi có ít nhất hai phần ba tổng số thành viên Chính phủ tham dự. Trong các phiên họp thảo luận các vấn đề quan trọng được quy định tại Điều 19 của Luật này, các quyết định của Chính phủ phải được quá nửa tổng số thành viên Chính phủ biểu quyết tán thành. Trong trường hợp biểu quyết ngang nhau thì thực hiện theo ý kiến mà Thủ tướng đã biểu quyết.
Các văn bản quy phạm pháp luật của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng và Thủ trưởng cơ quan ngang bộ phải được công bố theo thời hạn quy định và phải đăng trong Công báo nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, trừ văn bản có nội dung bí mật nhà nước.
Thủ tướng ủy nhiệm cho Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ thường xuyên thông báo cho các cơ quan thông tin đại chúng về nội dung phiên họp của Chính phủ và các quyết định của Chính phủ, của Thủ tướng.
Chính phủ mời Chủ tịch nước tham dự các phiên họp của Chính phủ; trình Chủ tịch nước quyết định các vấn đề thuộc thẩm quyền của Chủ tịch nước.
Chính phủ mời Chủ tịch Hội đồng dân tộc của Quốc hội dự các phiên họp của Chính phủ bàn thực hiện chính sách dân tộc.
Hàng quý, sáu tháng, Chính phủ gửi báo cáo công tác của Chính phủ đến Chủ tịch nước, Ủy ban thường vụ Quốc hội. Tại kỳ họp giữa năm của Quốc hội, Chính phủ gửi báo cáo công tác đến các đại biểu Quốc hội. Trong kỳ họp cuối năm của Quốc hội, Chính phủ báo cáo trước Quốc hội về công tác của Chính phủ.
Khi Ủy ban thường vụ Quốc hội, Hội đồng dân tộc và các Ủy ban của Quốc hội yêu cầu thì các thành viên của Chính phủ có trách nhiệm đến trình bày hoặc cung cấp các tài liệu cần thiết.
Thủ tướng Chính phủ hoặc thành viên của Chính phủ có trách nhiệm trả lời các kiến= nghị của Hội đồng dân tộc và các Ủy ban của Quốc hội trong thời hạn chậm nhất là mười lăm ngày, kể từ ngày nhận được kiến nghị.
Thủ tướng Chính phủ hoặc thành viên của Chính phủ có trách nhiệm trả lời chất vấn của đại biểu Quốc hội theo quy định của Luật tổ chức Quốc hội.
Chính phủ phối hợp với Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ban chấp hành Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và Ban chấp hành trung ương của đoàn thể nhân dân trong khi thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mình và tổ chức, chỉ đạo các phong trào nhân dân thực hiện các nhiệm vụ quan trọng về chính trị, kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh và đối ngoại.
Chính phủ cùng Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ban chấp hành Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và Ban chấp hành trung ương của đoàn thể nhân dân xây dựng quy chế cụ thể về mối quan hệ công tác.
Chính phủ mời Chủ tịch Đoàn Chủ tịch Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Chủ tịch Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và người đứng đầu Ban chấp hành trung ương của đoàn thể nhân dân dự các phiên họp của Chính phủ khi bàn về các vấn đề có liên quan; thường xuyên thông báo cho Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ban chấp hành Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và Ban chấp hành trung ương của đoàn thể nhân dân tình hình kinh tế - xã hội và các quyết định, chủ trương, công tác lớn của Chính phủ.
Khi xây dựng dự án luật, pháp lệnh và dự thảo nghị quyết, nghị định, Chính phủ gửi dự thảo văn bản để Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ban chấp hành Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và Ban chấp hành trung ương của đoàn thể nhân dân có liên quan để tham gia ý kiến.
Chính phủ tạo điều kiện thuận lợi để Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và các đoàn thể nhân dân tuyên truyền, phổ biến pháp luật trong nhân dân, động viên, tổ chức nhân dân tham gia xây dựng và củng cố chính quyền nhân dân, tổ chức thực hiện các chủ trương, chính sách, pháp luật của Nhà nước, giám sát hoạt động của cơ quan nhà nước, đại biểu dân cử, cán bộ, công chức và viên chức nhà nước Chính phủ và các thành viên Chính phủ có trách nhiệm nghiên cứu, giải quyết và trả lời các kiến nghị của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Tổng liên đoàn lao động Việt Nam và các đoàn thể nhân dân.
Chính phủ phối hợp với Tòa án nhân dân tối cao và Viện kiểm sát nhân dân tối cao trong việc đấu tranh phòng ngừa và chống các tội phạm, các vi phạm Hiến pháp và pháp luật, giữ vững kỷ cương, pháp luật nhà nước, nhằm thực hiện các mục tiêu kinh tế - xã hội và các chủ trương, chính sách của Nhà nước.
Chính phủ mời Chánh án Tòa án nhân dân tối cao và Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao dự các phiên họp của Chính phủ bàn về các vấn đề có liên quan.
Sự thành công của Chính phủ không những thể hiện ở cơ cấu tổ chức, mà còn ở cả phương thức hoạt động phù hợp với tình hình và nhiệm vụ của cách mạng. Phương thức hoạt động của Chính phủ cũng như các cơ quan nhà nước khác là sự biểu hiện các cách thức tổ chức để thực hiện nhiệm vụ quyền hạn của mình. Trong trường hợp của Chính phủ phương thức hoạt động không nhưng chỉ là cách thức hoạt động, mà còn là mức độ thể hiện mối tương quan trách nhiệm giữa Thủ tướng người đứng đầu Chính phủ với các thành viên của Chính phủ, trong việc thực hiện nhiệm vụ của Chính phủ.
Chế độ làm việc của Chính phủ thời kỳ đầu tiên mang nhiều dấu ấn của sự phối kết hợp giữa chế độ tổng thống và chế độ nội các. Theo quy định của Hiến pháp năm 1946: Chính phủ gồm có Chủ Tịch nước, Phó Chủ Tịch nước và Nội các. Nội các gồm có Thủ tướng, các Bộ trưởng và Thứ trưởng. Đó là hình thức hoạt động có sự kết hợp giữa chế độ thảo luận tập thể, chịu trách nhiệm chung và chế độ chịu trách nhiệm cá nhân của các thành viên Nội các và nhất là của người đứng đầu Chính phủ - Chủ Tịch nước trước Nghị viện nhân dân. Chính Chủ tịch Hồ Chí Minh đã nhiều lần nhận trách nhiệm hoạt động của Chính phủ về mình trước Nghị viện. Chính phủ thực sự là cơ quan hành chính cao nhất chỉ đạo trực tiếp các bộ và các địa phương. Với cách thức hoạt động này, công tác điều hành của Chính phủ đã được bảo đảm cho nền hành chính thống nhất, thông suốt có hiệu quả từ Trung ương xuống đến tận địa phương. Các quyết định của Chính phủ đều có thảo luận quyết định tập thể của các thành viên, và nhất là còn có sự tham gia của đại diện Thường trực Nghị viện trong điều kiện chiến tranh Quốc hội không có điều kiện cho việc tổ chức các kỳ họp của mình.
Với Hiến pháp năm 1959, và Hiến pháp năm 1980, Chính phủ được tổ chức theo mô hình hội đồng. Hoạt động của Chính phủ không theo mô hình nội các như của Hiến pháp 1946, mà làm việc theo tinh thần chế độ tập thể. Vai trò trách nhiệm cá nhân của người đứng đầu Chính phủ và các bộ trưởng với tư cách là thành viên của Chính phủ có phần bị hạn chế. Hội đồng Chính phủ của Hiến pháp năm 1959, Hội đồng Bộ trưởng của Hiến pháp năm 1980 phải chịu trách nhiệm tập thể trước Quốc hội, mà không phải từng thành viên của Chính phủ như trước đây của Hiến pháp năm 1946. Các phiên họp Thường vụ của Hội đồng Chính phủ, gồm Thủ tướng, các Phó Thủ tướng và Bộ trưởng Phủ Thủ tướng của Hiến pháp năm 1959, cũng của Chủ tịch, các Phó Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng của Hiến pháp năm 1980 dần trở thành một cấp trong hoạt động quản lý giữa người đứng đầu và các thành viên Chính phủ.
Theo Hiến pháp của thời kỳ đổi mới, Chính phủ không được gọi là Hội đồng Bộ trưởng như trước đây của các nước xã hội chủ nghĩa. Sự thay đổi này có mục đích không những đổi mới cả chế độ làm việc, mà còn tăng cường cả chế độ chịu trách nhiệm cá nhân của các thành viên và người đứng đầu Chính phủ. Chính phủ không còn chỉ đơn thuần làm việc theo chế độ tập thể, chịu trách nhiệm tập thể, mà có sự kết hợp giữa chế độ làm việc tập thể với chế độ chịu trách nhiệm cá nhân của người đứng đầu và của các thành viên Chính phủ trước Quốc hội. Với tư cách là người lãnh đạo Chính phủ, Thủ tướng có vị trí pháp lý độc lập hơn và phải chịu trách nhiệm cá nhân về toàn bộ hoạt động của Chính phủ trước Quốc hội. Hiến pháp năm 1992 dành một điều khoản riêng quy định trách nhiệm và quyền hạn của Thủ tướng Chính phủ. Là thành viên Chính phủ, các bộ trưởng không những vừa phải chịu trách nhiệm trước Thủ tướng và trước Quốc hội về lĩnh vực, ngành mà mình phụ trách, mà còn phải cùng các thành viên khác trong việc thảo luận các quyết định chung của Chính phủ và phải cùng các thành viên khác chịu trách nhiệm về hoạt động chung của Chính phủ. Nhưng trên thực tế các bộ trưởng vẫn hoạt động với tính cách cá nhân, chỉ nhấn mạnh vai trò là người đứng đầu ngành và lĩnh vực phụ trách, mà không thấy tính chịu trách nhiệm của mình trong hoạt động chung của Chính phủ, như là một chỉnh thể thống nhất.
Tuy cơ cấu tổ chức của Chính phủ đã được cải cách, kiện toàn một bước quan trọng theo hướng thu gọn đầu mối quản lý nhà nước vào các bộ, cơ quan ngang bộ của Chính phủ, song bộ máy của Chính phủ vẫn còn nhiều bộ, nhiều cơ quan ngang bộ và cơ quan thuộc Chính phủ. Các vấn đề của quốc gia vẫn như trước đây được giải quyết một cách cắt khúc theo các bộ ngành, mà không có sự phối kết hợp giữa các ban ngành trong hoạt động của Chính phủ. Nhiều bộ được cơ cấu lại theo phương thức quản lý đa ngành, đa lĩnh vực, nhưng vẫn chỉ là những con số cộng đơn thuần một cách cơ học từ các bộ đơn ngành, đơn lĩnh vực của những năm trước đây. So với nhu cầu của công cuộc đổi mới, cơ cấu tổ chức hoạt động của Chính phủ vẫn tỏ ra còn nhiều bất cập.
Vì vậy, cơ cấu tổ chức và phương thức hoạt động của Chính phủ đã được sắp xếp kiện toàn từng bước, nhưng vẫn còn nhiều tồn tại, hạn chế đòi hỏi cần tiếp tục thực hiện cải cách, hoàn thiện cơ cấu tổ chức và phương thức hoạt động của Chính phủ để ngày càng phù hợp hơn nữa, đáp ứng những đòi hỏi của công cuộc xây dựng và phát triển đất nước.