Trong thời gian vừa qua với nhiều vụ kiện tụng, liên quan đến pháp luật đã cho thấy năng lực quản lý của lãnh đạo VNA còn rất nhiều bất cập.
Qua những vụ doạ có bom tại các sân bay Việt Nam đã chứng tỏ còn có nhiều lỗ hổng về an ninh hàng không. Theo điều 42 Chương trình an ninh hàng không quốc gia thì khi những hành khách say xỉn, tâm thần nặng,... sẽ không được đi lên máy bay. Nhưng thực tế thì nhà chức trách sân bay chỉ kiểm tra hành khách những yếu tố trên khi họ làm thủ tục bay còn khi họ đã vào phòng chờ có quầy bán đầy rẫy rượu bia thì tha hồ uống. Dư luận ở ngành HKVN, tổng công ty HKVN cũng như hành khách rất bất bình, phẫn nộ về hành vi vô trách nhiệm này.
Theo thống kê những vụ đình đám của năm 2006 thì những sai phạm của VNA là một trong những vụ đình đám nhất. Đó là việc công tác quản lý tài chính không rõ rang, Cấp phát vé, miễn giảm cước sai quy định, Thiếu minh bạch trong mua sắm, quản lý vật tư, phụ tùng,…
Công tác quản lý tài chính không rõ rang: Ngày 2 tháng 6, VN Express là báo điện tử đầu tiên phanh phui vụ Tổng Giám Đốc Nguyễn Xuân Hiển ký duyệt sai nguyên tắc, dùng tiền Vietnam Airlines đài thọ học phí cho con cán bộ cao cấp trong ngành tư pháp đi du học nước ngoài. Thông tin này đạt độ chính xác cao, vì chỉ ba ngày sau vào hôm 6/6 Vietnam Airlines loan báo thu hồi tiền đài thọ sai.
Tổng số tiền sử dụng sai khá lớn vì là đào tạo dài hạn 6 năm từ 2001 tới 2006 cho các xuất du học ở Nga, Ukraina và Hoa Kỳ không đúng đối tượng, tiêu chuẩn theo quy định. Tổng số kinh phí hỗ trợ lên tới 266.483 USD và 87 triệu đồng. Trong số này, chỉ có 9 học viên không phải là con cán bộ, nhân viên trong VNA. Nguyên tắc đặt ra là xét tuyển cho con viên chức cán bộ của Vietnam Airlines đi du học sau này về làm việc cho tổng công ty. Tuy nhiên trên thực tế có nhiều con cán bộ là thành phần học kém trượt đại học ở Việt Nam, cũng như có các quí tử của viên chức cao cao cấp ngoài ngành hàng không.
Trong 16 suất học bổng du học được mô tả là khuất tất, và có thể được hiểu là để mua chuộc cán bộ cấp cao, VN Express ghi nhận trong danh sách có con trai của đương kim bộ trưởng tư pháp Uông Chu Lưu, của ông Dương Thanh Biểu Phó viện trưởng viện kiểm sát nhân dân tối cao và con thiếu tướng Phương Minh Hoà, phó tư lệnh quân chủng phòng không không quân. Ngoài ra còn có quí tử của một viên chức quốc hội. Phần còn lại là cán bộ viên chức của Vietnam Airlines.
Qua kiểm tra công tác thanh, quyết toán chi phí của các đoàn đi công tác nước ngoài và tài chính cho thấy: công tác quản lý tài chính của VNA chưa rõ ràng, không chặt chẽ, thiếu các quy định cụ thể dẫn đến việc chi sai, không đúng đối tượng, chi trùng. Trách nhiệm của những sai sót này được xác định thuộc về HĐQT, lãnh đạo Tổng công ty, các đơn vị và cán bộ liên quan. Thủ tướng yêu cầu VNA phải chấn chỉnh ngay công tác quản lý tài chính, kế toán, tổ chức hạch toán theo đúng quy định và củng cố, sắp xếp lại đội ngũ cán bộ làm công tác tài chính; ban hành quy chế, quy định cụ thể về chi tiếp khách, chi giao dịch, đối ngoại, về quản lý giờ bay, thanh toán tiền bồi dưỡng giờ bay, khẩn trương thanh quyết toán các khoản công nợ và nợ tạm ứng, nhất là những khoản tồn đọng lâu ngày để thu hồi lại vốn cho VNA…
Cấp phát vé, miễn giảm cước sai quy định: VNA quản lý hoạt động của các
văn phòng chi nhánh, văn phòng đại diện vẫn chưa chặt chẽ. Chẳng hạn, việc cấp phát vé cho các đại lý vượt quá số tiền đặt cọc, bảo lãnh dễ dẫn đến rủi ro khi đại lý không có khả năng thanh toán, xử lý các khoản công nợ bán vé chưa được kịp thời. Tại các văn phòng khu vực trong nước còn tình trạng quản lý, cấp phát vé, chứng từ vận tải vượt quá số tiền đặt cọc, bảo lãnh; cấp phát vé khuyến mại không đúng quy định, chính sách khuyến mại của VNA. Qua đó, Thủ tướng yêu cầu VNA đánh giá, bổ sung, sửa đổi các quy trình điều hành hệ thống bán chứng từ vận tải theo hướng hiện đại hóa, phù hợp với từng thị trường, đẩy mạnh phân cấp, tự chịu trách
nhiệm trước pháp luật của các văn phòng chi nhánh, đại diện, văn phòng khu vực và các đơn vị. Tăng cường kiểm tra, kiểm soát nội bộ để chấm dứt tình trạng cấp phát, miễn giảm cước không đúng quy định.
Thiếu minh bạch trong mua sắm, quản lý vật tư, phụ tùng:Cuối năm 2000,
Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt cho phép VNA mua 4 máy bay Boeing B777. Vietnam Airlines mua 4 máy bay Boeing 777-200ER là loại tầm xa, nhưng lại thuyết phục chính phủ cho mua động cơ tầm trung. Trong cuộc họp báo ngày 6/6, ông Nguyễn Tấn Chấn người phát ngôn của Vietnam Airlines giải thích là mua động cơ tầm trung là vì chủ yếu khai thác các tuyến bay tầm ngắn và trung bình. Tuy vậy ông Chấn lúng túng không thể trả lời câu hỏi, tại sao lại mua 4 máy bay Boeing 777-200ER tầm xa, thay vì mua loại tầm trung để tiết kiệm chi phí.
Mặc dù dự án này đã hoàn thành, nhưng đến nay VNA vẫn chưa kiểm tra, đối chiếu việc thực hiện các hợp đồng cung cấp thiết bị và chưa hoàn thành thủ tục phê duyệt quyết toán, thanh lý và chấm dứt các hợp đồng. Do vậy, Thủ tướng yêu cầu VNA khẩn trương giải quyết dứt điểm các tồn đọng trong hợp đồng mua 4 máy bay này, thực hiện quyết toán và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt quyết toán dự án đầu tư mua sắm theo quy định của Nhà nước. Bên cạnh đó, Cục Hàng không Việt Nam cũng phải kiểm điểm, rút kinh nghiệm trong việc cấp đăng ký không thống nhất cho 4 máy bay B777.
Về việc thuê máy bay, VNA bị đánh giá là chưa có kinh nghiệm nên trong quá trình ký kết, thực hiện các hợp đồng còn nhiều hạn chế và chưa thống nhất. Cụ thể, VNA chưa thực hiện đúng một số nội dung của hợp đồng thuê máy bay đã được Cục Hàng không Việt Nam phê duyệt; trả chậm máy bay nên bị đối tác phạt, thay đổi địa điểm trả máy bay làm phát sinh thêm chi phí. Việc sửa chữa, bảo dưỡng động cơ máy bay còn nhiều thiếu sót, hạn chế dẫn đến tăng chi phí. Công tác mua sắm, quản lý vật tư phụ tùng máy bay còn chưa chặt chẽ, phát sinh một số sai phạm so với quy định của chính VNA, như: thẩm quyền phê duyệt, đơn hàng, lưu
giữ thông tin, mua vượt so với phân cấp, một số trang thiết bị phục vụ hành khách trên máy bay mất không rõ lý do. VNA chưa ban hành đầy đủ các quy định về mua sắm, quản lý phụ tùng dẫn đến bị động trong cung ứng và ảnh hưởng đến kế hoạch khai thác máy bay.
Vụ án dân sự từ năm 1995 ở Rome: Vụ án dân sự từ năm 1995 ở Rome l một luật sư kiện Vietnam Airlines về tiền công dịch vụ. Theo Vietnam Economy vụ kiện trải qua 10 năm, cùng với thời gian và sự thiếu trách nhiệm của một số cán bộ lãnh đạo Vietnam Airlines, số tiền đòi bồi thường ban đầu từ 90 ngàn đô la tăng lên 1 triệu 300 ngàn euro sau bản án sơ thẩm năm 2000.
Đến nay tăng hơn bốn lần lên tới 5 triệu 200 ngàn euro. Nguyên do là Vietnam Airlines không tham gia phân xử từ đầu, không tham dự các phiên toà. Khi bên nguyên đem thi hành bản án tại Pháp, uỷ ban đòi nợ và tịch biên của Pháp đã phong toả số tiền 1 triệu 300 ngàn euro của Vietnam Airlines vào năm 2004, thì lúc này ông Nguyễn Xuân Hiển mới báo cáo thủ tướng.
VN Airlines hai lần xin toà án Pháp huỷ bỏ quyết định phong toả tài sản, nhưng đều thất bại, lần sau cùng là vào ngày 9/3/2006 toà phúc thẩm Paris bác kháng án của Vietnam Airlines. Do tiền lãi tiền phạt và các chi phí phát sinh, Vietnam Airlines bị buộc phải chấp nhận chuyển cho đủ 5 triệu 200 ngàn euro vào tài sản phong toả ở Paris, nếu không sẽ áp dụng các biện pháp pháp lý đối với tài sản của Vietnam Airlines tại EU và Pháp.
Vẫn theo Vietnam Economy, lật lại hồ sơ vụ kiện tại thời điểm án sơ thẩm có hiệu lực, Vietnam Airlines đã cử một đoàn công tác sang Ý tìm cách giải quyết, tìm các đầu mối nhờ giúp đỡ. Khi nghe đoàn báo cáo, tổng giám đốc Nguyễn Xuân Hiển đã có nhận định không chuẩn xác thậm chí là sai lầm dẫn tới hậu quả ngày nay.
Và cuối cùng VNA thua kiện và phải bồi thường 5,2 triệu Euro chưa kể lãi suất tính từ tháng 11 năm 2003 đến nay.
Qua những vụ bê bối trên đã cho thấy sự yếu kém cũng như tinh thần vô trách nhiệm trong năng lực quản lý của VNA, làm xấu đi uy tín và ấn tượng của VNA trong lòngkhách hàngvà bạn bè, gây khó khăn cho VNA trong những bước đường hoạt động tiếp theo.