Mỹ sẽ tiếp tục có vị trí đặc biệt trong chính sách đối ngoại của Nhật, cả trên khía cạnh chính trị, kinh tế và an ninh. Về chính trị, Nhật coi Mỹ vừa là đồng minh chiến lƣợc, vừa là chỗ dựa quan trọng để Nhật mở rộng và khẳng định vai trò nƣớc lớn tại khu vực và trên thế giới, nhất là trong bối cảnh Trung Quốc đang gia tăng ảnh hƣởng tại châu Á. Về an ninh, Mỹ là chỗ dựa quan trọng nhất đối với Nhật, cung cấp “ô hạt nhân” “ô an ninh” cho Nhật. Mỹ có
tiếng nói quan trọng trong trƣờng hợp Nhật muốn sửa đổi hiến pháp hoà bình để thay đổi Cục Phòng vệ trở thành Bộ Quốc phòng. Về kinh tế, Nhật và Mỹ là 2 nền kinh tế lớn thứ nhất và thứ hai thế giới, với tổng GDP chiếm 46% GDP của thế giới. Kinh tế Mỹ có vai trò quan trọng đối với sự phục hồi và phát triển của kinh tế Nhật do Nhật cần Mỹ về thị trƣờng, công nghệ và vốn đầu tƣ. Mỹ là bạn hàng lớn của Nhất là địa điểm đầu tƣ hàng đầu của các công ty Nhật với số vốn là 150 tỷ đô la (cho đến 2003).
Từ cuối thập niên 1990, Nhật đã đặt mục tiêu thu hút FDI từ các nƣớc và ban hành một số chính sách mở rộng thị trƣờng, nới lỏng luật lệ theo hƣớng trên. Theo đó, đầu tƣ nƣớc ngoài vào Nhật đã tăng đáng kể. Một số công ty nƣớc ngoài đã bắt đầu đặt trụ sở mạng lƣới châu Á tại Nhật Bản, một số khác nhƣ Cisco System và AMD cũng thành lập trung tâm nghiên cứu (R&D) tại Nhật Bản. Đặc biệt, từ 2001, khi Nhật và Mỹ thực hiện Sáng kiến Đầu tƣ Nhật - Mỹ, dòng vốn FDI đã tăng mạnh, đạt 2% GDP với tổng số FDI đến 2005 là 109 tỷ đô la. Năm 2004, lần đầu tiên kể từ 1961, FDI vào Nhật (37 tỷ đô la) đã vƣợt FDI của Nhật đầu tƣ ra nƣớc ngoài.
Tuy ma sát kinh tế giữa Nhật và Mỹ đã giảm đáng kể trong những năm vừa qua (do hai bên đã thiết lập đƣợc cơ chế liên chính phủ giải quyết tranh chấp từ 2001) nhƣng cả hai nƣớc tiếp tục bất đồng trên các vấn đề nhƣ trợ cấp nông nghiệp, tỷ giá đồng yên, cạnh tranh các mặt hàng điện tử...
Quan hệ kinh tế Nhật - Mỹ không chỉ giới hạn trong khía cạnh song phƣơng, mà còn bao trùm các vấn đề khu vực và toàn cầu. Hiện hai nƣớc có nhu cầu hợp tác giải quyết các vấn đề song phƣơng nhƣ: chính sách kinh tế vĩ mô, cải cách luật lệ và thể chế, tái cơ cấu công ty và hệ thống tài chính, đầu tƣ trực tiếp nƣớc ngoài, mở cửa thị trƣờng... Các vấn đề khu vực liên quan đến xu thế kinh tế tại khu vực CA - TBD, đến hợp tác trong khối APEC. Các vấn
đề toàn cầu liên quan đến vòng đàm phán Doha của WTO, đến xu hƣớng của các thể chế tài chính nhƣ WB, IMF mà cả Nhật và Mỹ đều là các thành viên chủ chốt. Do đó, chính sách nhất quán của Nhật vẫn là thúc đẩy quan hệ kinh tế với Mỹ vì nhu cầu của chính nền kinh tế Nhật và vì lợi ích của Nhật tại các diễn đàn khu vực và quốc tế.