NHPT Việt Nam được thành lập trờn cơ sở tổ chức lại Quỹ Hỗ trợ Phỏt triển. Quỹ Hỗ trợ phỏt triển là một tổ chức tài chớnh Nhà nước, được Chớnh phủ thành lập theo Nghị định số 50/1999/NĐ-CP ngày 6/7/1999 để thực hiện chớnh sỏch hỗ trợ ĐTPT của Nhà nước thụng qua một số hoạt động như cho vay, thu nợ cỏc dự ỏn đầu tư; bảo lónh vay vốn đối với cỏc chủ đầu tư; tỏi bảo lónh và nhận tỏi bảo lónh đối với cỏc quỹ đầu tư; hỗ trợ lói suất sau đầu tư đối với cỏc dự ỏn ưu đói của cỏc thành phần kinh tế thuộc một số ngành, lĩnh vực, chương trỡnh kinh tế lớn của Nhà nước và cỏc vựng khú khăn cần khuyến khớch đầu tư... Thụng qua hoạt động của Quỹ Hỗ trợ phỏt triển, chớnh sỏch tớn dụng ĐTPT và tớn dụng xuất khẩu của Chớnh phủ đó đi vào cuộc sống, gúp phần thỳc đẩy sự phỏt triển của những ngành kinh tế trọng điểm, những sản phẩm trọng điểm, những vựng miền khú khăn, địa bàn khú khăn. Từ nguồn vốn điều lệ 5.000 tỷ đồng ban đầu do NSNN cấp, đến thỏng 4 năm 2006 Quỹ Hỗ trợ phỏt triển đó huy động thờm được 47.000 tỷ đồng, nõng tổng huy động nguồn vốn bằng Việt nam đồng của Quỹ lờn 52.000 tỷ đồng, gấp 7,5 lần so với đầu năm 2000. Quỹ Hỗ trợ phỏt triển đó cho vay vốn để đầu tư trờn 6.600 dự ỏn, trong đú cú 90 dự ỏn nhúm A với tổng số vốn theo Hợp đồng tớn dụng đó ký khoảng 170.000 tỷ đồng, đó giải ngõn trờn 105.000 tỷ đồng, dư nợ trờn 87.000 tỷ đồng… Những kết quả đạt được của Quỹ Hỗ trợ phỏt triển trong thời gian qua đó khẳng định chủ trương đỳng đắn của Chớnh phủ về chớnh sỏch tớn dụng ĐTPT và tớn dụng xuất khẩu, khẳng định vai trũ của Quỹ Hỗ trợ phỏt triển là cụng cụ của Chớnh phủ gúp phần thỳc đẩy đầu tư, thỳc đẩy xuất khẩu, thỳc đẩy tăng trưởng kinh tế. Tuy nhiờn, tớn dụng ĐTPT và tớn dụng xuất khẩu của Nhà nước qua Quỹ Hỗ trợ phỏt triển cũng đó bộc lộ một số tồn tại làm hạn chế hiệu quả tớn dụng của Nhà nước như tớnh tự chủ, tự chịu trỏch nhiệm thấp, chưa minh bạch trong hoạt động...
Để khắc phục những tồn tại, vướng mắc trong hoạt động của hệ thống Quỹ Hỗ trợ phỏt triển, ngày 19/5/2006, Thủ tướng Chớnh phủ đó ký Quyết định thành lập NHPT Việt Nam trờn cơ sở tổ chức lại Quỹ Hỗ trợ Phỏt triển và Quyết định phờ duyệt Điều lệ tổ chức hoạt động của NHPT Việt Nam. Theo Quyết định này NHPT Việt Nam cú tư cỏch phỏp nhõn, cú vốn điều lệ, cú con dấu, được mở tài khoản tại Ngõn hàng Nhà nước, Kho bạc Nhà nước, cỏc ngõn hàng thương mại trong nước và ngoài nước, được tham gia hệ thống thanh toỏn với cỏc ngõn hàng và cung cấp dịch vụ thanh toỏn theo quy định của phỏp luật. NHPT Việt Nam kế thừa mọi
quyền lợi, trỏch nhiệm từ Quỹ Hỗ trợ phỏt triển. Hoạt động của NHPT Việt Nam khụng vỡ mục đớch lợi nhuận, tỷ lệ dự trữ bắt buộc bằng 0%, khụng phải tham gia bảo hiểm tiền gửi, được Chớnh phủ bảo đảm khả năng thanh toỏn, được miễn nộp thuế và cỏc khoản nộp NSNN theo quy định của phỏp luật.