Tuy đạt được những thành công quan trọng, Song hoạt động xuất khẩu gạo của Cần Thơ vẫn còn bộc lộ một số hạn chế:
Một là, chất lượng gạo tuy đã được cải thiện nhưng vẫn chưa đáp ứng tốt yêu cầu của thị trường.
Do chất lượng gạo sản xuất còn thấp, dẫn đến khả năng cạnh tranh trên thị trường yếu, nên việc đáp ứng yêu cầu tiêu chuẩn xuất khẩu không cao. Hàng năm, sản lượng lúa sản xuất của Cần Thơ đạt trên 1 triệu tấn/năm, nhưng chất lượng gạo Cần Thơ chưa cao. Hạt gạo Cần Thơ vẫn còn tồn tại nhiều nhược điểm như: độ trắng không đồng đều, tỷ lệ thóc cao, lẫn nhiều tạp chất, nhất là gạo vụ hè thu thường có độ ẩm cao trên 15%, tỷ lệ bạc bụng nhiều và không đồng đều, vào mùa mưa tỷ lệ hạt hỏng, biến màu thường cao hơn. Điều kiện đóng gói, bao bì, kỹ thuật bảo quản chưa tốt làm giảm chất lượng gạo xuất khẩu. Xét ở mặt bằng chung của cả nước, gạo xuất khẩu của của Cần Thơ nói riêng và Việt Nam nói chung vẫn chưa đạt tiêu chuẩn quốc tế.
Hai là, xuất khẩu gạo của Cần Thơ vẫn còn thiên về khối lượng xuất khẩu mà chưa quan tâm nhiều đến giá trị xuất khẩu.
Các doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu gạo ở Cần Thơ dường như vẫn đang loay hoay làm sao để ký nhiều hợp đồng xuất khẩu gạo, mua được nhiều lúa để xuất khẩu mà chưa tập trung đầu tư để nâng cao giá trị xuất khẩu. Cho đến nay, chưa có doanh nghiệp nào liên kết với cơ sở nghiên cứu, với nông dân để đưa giống mới, tiến bộ khoa học kỹ thuật, kỹ thuật canh tác để có thể sản xuất ra loại lúa có chất lượng cao, để bán được giá. Chính vì vậy, trong những năm gần đây, kim ngạch xuất khẩu gạo của Cần Thơ tăng chủ yếu do tăng khối lượng nhiều hơn do tăng giá. Nhiều doanh nghiệp vẫn cho rằng, giá trị kim ngạch tăng thêm trong nhiều trường hợp do tác động của giá gạo thế giới liên tục tăng, còn giá trị gạo Việt Nam xuất khẩu vẫn chưa được cải thiện nhiều. Tình hình này khiến cho thu nhập người trồng lúa chậm được cải thiện. Nếu vấn đề này không được giải quyết, trong tương lai, rất có thể người nông dân sẽ bỏ trồng lúa do thu nhập từ trồng lúa thường thấp hơn so với thu nhập từ việc trồng các cây nông nghiệp khác hoặc so với ngành nghề khác.
Các doanh nghiệp Cần Thơ chưa xây dựng được mạng lưới bạn hàng lớn, thâm nhập sâu vào các thị trường có sức mua cao. Bên cạnh đó, các doanh nghiệp chưa tạo điều kiện thuận lợi để mở rộng thị trường và khách hàng, nhất là thị trường Châu Phi. Hiện nay, gạo Cần Thơ xuất khẩu sang Châu Phi chiếm tỷ trọng 16,55%, chủ yếu là xuất khẩu gián tiếp thông qua thương nhân nước ngoài. Hiếm có doanh nghiệp nào xuất khẩu được trực tiếp cho khách hàng. Hai lý do chính khiến doanh nghiệp không thể bán gạo trực tiếp vào Châu Phi là phương thức thanh tóan còn nhiều rủi ro và tình hình chính trị không ổn định. Thông thường, khách hàng Châu Phi chỉ chấp nhận ký hợp đồng với phương thức thanh toán là giao tiền khi hàng đến nơi, không chấp nhận phương thức L/C đã phổ biến hiện nay. Hơn nữa, tuy nhu cầu gạo nhiều nhưng khách hàng Châu Phi thường đặt hàng khối lượng nhỏ lẻ, cao nhất cũng chỉ là 2.000-3.000 tấn. Một tàu gạo tải trọng hơn 10.000 tấn, cước vận chuyển đến Châu Phi 35-40 USD/ tấn nhưng nếu bán lẻ thì doanh nghiệp không thể thực hiện được.
Bốn là, hoạt động xuất gạo ở Cần Thơ còn ở tình trạng phân tán, chưa được quản lý chặt chẽ.
Các doanh nghiệp kinh doanh gạo xuất khẩu chưa xây dựng được hệ thống thu mua lúa, trong đó, có sự liên kết phối hợp chặt chẽ với nhau để đảm bảo cho doanh nghiệp chủ động nguồn hàng xuất khẩu. Giữa các doanh nghiệp và tư thương, nông dân cũng chưa tạo ra được mối liên hệ hợp tác chặt chẽ để bảo đảm tiêu thụ lúa gạo cho nông dân và lượng gạo xuất khẩu cho các doanh nghiệp.
Hệ thống xay xát, chế biến gạo xuất khẩu ở Cần Thơ chưa được tổ chức lại một cách chặt chẽ. Nhiều cơ sở xay xát, chế biến nhỏ lẻ, công nghệ xay xát, đánh bóng lạc hậu. Chất lượng gạo xuất khẩu cung ứng cho các doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu không đồng đều do chúng được sản xuất, chế biến từ các doanh nghiệp xay xát nhỏ này, theo đó ảnh hưởng tới khối lượng, chất lượng và giá cả gạo xuất khẩu của Cần Thơ.
Năm là, hoạt động kinh doanh của các các doanh nghiệp xuất khẩu gạo của Cần Thơ chưa linh hoạt.
Mặc dù, các doanh nghiệp xuất khẩu gạo Cần Thơ đã có những điều kiện và kinh nghiệm kinh doanh thuận lợi hơn một số doanh nghiệp ở các tỉnh của đồng bằng sông Cửu Long, tuy nhiên nhiều doanh nghiệp Cần Thơ vẫn không khỏi lúng túng mỗi khi thị trường có nhiều biến động. Có một thực tế, trở thành kinh nghiệm khi xuất khẩu gạo
được khẳng định trong nhiều năm qua là: cứ vào thời điểm cuối năm trước, đầu năm sau, các nhà nhập khẩu gạo tích cực tìm mua gạo với số lượng lớn, đặt hàng sớm thì năm đó giá gạo thị trường thế giới ngày càng tăng, kéo theo giá gạo trong nước cũng tăng. Tuy nhiên, do nhiều doanh nghiệp không nắm chắc thông tin, không phân tích được diễn biến thị trường lúa gạo thế giới nên đã vội vàng ký kết hợp đồng xuất khẩu với số lượng khá lớn. Mặc dù, thời điểm ký kết, nhiều doanh nghiệp đã ký với giá khá cao và nghĩ rằng đã cầm chắc phần lãi vì theo suy đoán thông thường vào vụ thu hoạch lúa Đông Xuân, là vụ lúa chính trong năm với sản lượng gạo cao nhất thì giá lúa gạo thường giảm trong chính vụ.