Một số cấp ủy, tổ chức đảng trong doanh nghiệp chưa nhận thức sâu sắc chức năng, nhiệm vụ của tổ chức cơ sở đảng trong doanh nghiệp theo quy định của Ban Bí thư Trung ương Đảng. Vì vậy, chưa xác định rõ ràng và cụ thể nội dung, vai trò và phương thức lãnh đạo của cấp ủy, tổ chức đảng đối với các hoạt động của doanh nghiệp. Công tác tuyên truyền chủ trương đường lối của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước đến cán bộ, công nhân lao động và chủ doanh nghiệp ngoài nhà nước còn nhiều hạn chế; nhiều chủ trương, chính sách, các văn bản pháp quy của chính phú, của các bộ, ngành có liên quan đến hoạt động của tổ chức đảng, đoàn thể chưa dược triển khai đầy đủ và kịp thời.
Nội dung, phương thức hoạt động của các tổ chức đoàn thể còn hình thức, chậm được đổi mới, hiệu quả không cao; chưa chú trọng tới công tác sơ kết, tổng kết, xây dựng mô hình điểm; tỷ lệ tập hợp đoàn viên, hội viên thấp. Mô hình tổ chức đoàn thể, nhất là công đoàn ở nhiều doanh nghiệp không thống nhất với tổ chức đảng và các đoàn thể khác, vì vậy công tác lãnh đạo hoặc phối hợp lãnh đạo giữa tổ chức đảng với tổ chức các đoàn thể gặp nhiều khó khăn
Quy chế làm việc của cấp ủy, tổ chức đảng ở nhiều doanh nghiệp tuy đã được ban hành nhưng chất lượng thấp, chưa bám sát chức năng, nhiệm vụ của tổ chức cơ sở đảng trong các doanh nghiệp ngoài nhà nước theo quy định của Ban Bí thư Trung ương Đảng, cá biệt có một số cấp ủy chưa xây dựng được quy chế làm việc. Hầu hết các cấp ủy chưa xây dựng được quy chế phối hợp với hội đồng quản trị, giám đốc doanh nghiệp và các đoàn thể quần chúng trong doanh nghiệp. Việc duy trì và thực hiện quy chế làm việc không nghiêm túc; nề nếp, nội dung và chất lượng sinh hoạt đảng, thực hiện tự phê bình và phê bình còn yếu; tình trạng sinh hoạt cấp ủy, sinh hoạt chi bộ không đúng quy định của Điều lệ Đảng ở một số tổ chức đảng còn diễn ra khá phổ biến, nhiều chi bộ 3 tháng, 4 tháng mới họp một kỳ, chất lượng sinh hoạt chi bộ còn yếu. Thực tế qua khảo sát cho thấy, nhìn chung vai trò lãnh đạo của một số tổ chức đảng còn phụ thuộc rất lớn vào ý thức chính trị, tinh thần cách mạng, thái độ tự giác của chủ doanh nghiệp và đảng viên giữ các cương vị lãnh đạo trong hội đồng quản trị, ban giám đốc hoặc các cương vị quan trọng khác trong doanh nghiệp.
Số lượng tổ chức đảng, đảng viên trong các doanh nghiệp ngoài nhà nước còn quá mỏng; vai trò của tổ chức đảng và năng lực lãnh đạo của một số tổ chức đảng còn nhiều
bất cập, chưa đáp ứng yêu cầu cả trước mắt và lâu dài sự lãnh đạo của Đảng trong khu vực kinh tế quan trọng này. Việc phát triển đảng viên, xây dựng và củng cố tổ chức đảng trong doanh nghiệp ngoài nhà nước còn gặp nhiều khó khăn nên kết quả rất hạn chế; nhiều doanh nghiệp có đủ điều kiện theo quy định nhưng vẫn chưa thành lập được tổ chức đảng. Một số đảng viên làm việc trên một năm trong các doanh nghiệp vẫn sinh hoạt đảng tại nơi cư trú (do doanh nghiệp chưa có tổ chức đảng hoặc đã có tổ chức đảng nhưng vì nhiều lý do khác nhau nên đảng viên không muốn chuyển sinh hoạt đảng về doanh nghiệp) nhưng các cấp ủy chưa có biện pháp lãnh đạo, chỉ đạo kịp thời và có hiệu quả.
Một số cấp uỷ, tổ chức cơ sở đảng chưa thực sự quan tâm đến công tác phát triển đảng viên mới, chưa chú trọng tới công tác tạo nguồn, bồi dưỡng đối với quần chúng ưu tú như: chưa xây dựng được kế hoạch tạo nguồn đối tượng cảm tình đảng hàng năm; việc phân công đảng viên theo dõi, giúp đỡ quần chúng thiếu cụ thể; còn có nhiều lúng túng trong phương pháp tổ chức thực hiện ngay cả ở cấp ủy cấp trên của tổ chức cơ sở đảng; chưa thực hiện tốt việc rà soát, bổ sung nguồn đối tượng cảm tình đảng, do đó có cấp uỷ không nắm được tổng số nguồn đối tượng cảm tình đảng; chưa xây dựng được hệ thống hồ sơ sổ sách của chi bộ, đảng bộ để quản lý chặt chẽ và khoa học về công tác phát triển đảng viên. Vì vậy, việc xây dựng kế hoạch, chỉ tiêu kết nạp đảng viên nhiều khi không sát tình hình thực tiễn của cơ sở, hiệu quả công tác phát triển đảng viên trong các doanh nghiệp ngoài nhà nước còn thấp.
Công tác thẩm tra, xác minh và thực hiện các quy trình, thủ tục kết nạp người vào Đảng, chuyển đảng chính thức đối với đảng viên dự bị có nơi thực hiện thiếu chặt chẽ, chưa bảo đảm theo đúng quy định hướng dẫn của Điều lệ Đảng. Việc lấy ý kiến của các tổ chức đoàn thể nơi công tác, nơi cư trú và người có liên quan đến yếu tố nước ngoài còn nhiều lúng túng, thực hiện không thống nhất. Do đó, một số hồ sơ kết nạp đảng và chuyển đảng chính thức phải làm đi làm lại nhiều lần, ảnh hưởng đến tiến độ và hiệu quả công tác phát triển đảng viên của các tổ chức đảng.