Thứ nhất, do quy định của văn bản quy phạm pháp luật về quy hoạch xây dựng còn bất cập, hạn chế:
- Quy định về trình tự, thủ tục về lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch xây dựng, đặc biệt, thủ tục điều chỉnh quy hoạch xây dựng như thủ tục lập quy hoạch mới là rất phức tạp và mất nhiều thời gian. Việc quy định phải lập hai loại quy hoạch chi tiết xây dựng là quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/2000 và quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 là cứng và không cần thiết đối với một số trường hợp.
- Nghị định số 29/2007/NĐ-CP của Chính phủ về quy chế quản lý kiến trúc đô thị còn thiếu một số quy định, đặc biệt là quy định về kinh phí cho việc lập, thẩm định, công bố và tổ chức thực hiện Quy chế quản lý kiến trúc đô thị dẫn đến khó triển khai thực hiện ở địa phương.
Thứ hai, nguyên nhân từ phía chính quyền Thành phố:
- Chính quyền Thành phố chưa tập trung đúng mức nguồn lực cho công tác này. Kinh phí dành cho công tác lập quy hoạch và thực hiện quy hoạch còn hạn chế dẫn đến quy hoạch thiếu, quy hoạch đã được công bố nhưng không có khả năng tài chính để thực hiện quy hoạch hoặc thực hiện không đồng bộ.
- Phương pháp lập quy hoạch còn yếu và mang tính cục bộ. Vấn đề cốt lõi là việc lập quy hoạch xây dựng đô thị (khía cạnh phát triển về hạ tầng kỹ thuật và kiến trúc Thành phố) chưa kết hợp được với kế hoạch (hay quy hoạch phát triển kinh tế- xã hội của Thành phố). Vai trò của quy hoạch xây dựng mới chỉ là thực hiện kế hoạch: xây dựng bao nhiêu căn nhà, bao nhiêu nhà máy, mở bao nhiêu km đường, xây dựng bao nhiêu cây cầu.... Quy hoạch mới chỉ tạo dựng hình ảnh bề ngoài của đô thị mà chưa lồng ghép với các mục tiêu kinh tế- xã hội vào các đồ án quy hoạch. Điều này cũng dẫn đến hình ảnh Thành phố bị biến dạng, chắp vá so với ý đồ thiết kế do không gắn liền với kế hoạch vốn. Mặt khác, về tổ chức chính quyền thì công tác quy hoạch xây dựng và công tác kế hoạch đầu tư thuộc hai hệ thống cơ quan quản lý khác nhau và chưa có sự phối hợp chặt chẽ.
- Đội ngũ công chức quản lý về quy hoạch xây dựng, đặc biệt là ở cấp quận, huyện chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế.
- Năng lực của chính quyền đô thị, cơ quan chuyên môn quản lý quy hoạch xây dựng còn yếu, không có điều kiện bồi dưỡng và nâng cao trình độ, kỹ năng quản lý.
- Tổ chức, biên chế dành cho công chức thực hiện công tác quản lý quy hoạch xây dựng còn hạn chế, đặc biệt là bộ máy kiểm tra thực hiện quy hoạch xây dựng.
- Việc lấy ý kiến của các chuyên gia, nhân dân, phản biện xã hội còn hạn chế. - Các chính sách, quy định của Nhà nước và Thành phố chưa giải quyết được đầy đủ quyền lợi, các khó khăn đa dạng trong cuộc sống của người dân, chưa có chính sách khuyến khích người dân thực hiện quy hoạch để có một đô thị đẹp (thí dụ: giá đền bù chưa ngang bằng với giá đất thị trường nên việc thu hồi đất của các hộ dân hết sức khó khăn, phức tạp...);
- Công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng không dứt điểm, kéo dài, do phương án đền bù không thoả đáng hoặc đòi hỏi của dân không hợp lý.
Thứ ba, nguyên nhân từ phía chủ đầu tư:
- Đất đã được chính quyền địa phương giao cho chủ đầu tư nhưng chủ đầu tư không triển khai thực hiện hoặc kéo dài thời gian thực hiện do không có năng lực tài chính để thực hiện dự án.
- Năng lực quản lý của Chủ đầu tư còn yếu, nhất là các đơn vị được giao giải phóng mặt bằng mới chỉ quan tâm đến giải phóng mặt bằng trong phạm vi chỉ giới đường đỏ, điều tra xã hội học chưa kỹ, chưa quan tâm đến bộ mặt kiến trúc đô thị sau giải phóng mặt bằng.
Thứ tư, nguyên nhân từ phía tư vấn. Lực lượng tư vấn trong nước vẫn còn thiếu và yếu về năng lực chuyên môn dẫn đến chất lượng đồ án quy hoạch chưa cao.
Thứ năm, nguyên nhân từ phía người dân. Ý thức của một số người dân trong việc chấp hành quy hoạch, các quy định, tôn trọng, đóng góp cho cảnh quan, vẻ đẹp và an toàn chung của Thành phố còn hạn chế.