Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác ban hành văn bản quy phạm pháp luật về đầu tư xây dựng của chính quyền Thành phố Hà Nội trong những năm qua vẫn còn những tồn tại, khiếm khuyết, chưa đáp ứng thật tốt yêu cầu đòi hỏi của thực tiễn, yêu cầu quản lý nhà nước bằng pháp luật. Cụ thể:
Thứ nhất, còn có những văn bản được ban hành có dấu hiệu không đúng quy định về thể thức pháp luật. Qua nghiên cứu các văn bản quy phạm pháp luật về đầu tư xây dựng được ban hành nêu trên còn có những văn bản là văn bản cá biệt được ban hành dưới hình thức văn bản quy phạm pháp luật, có những văn bản sai về cách ký hiệu văn bản. Mặc dù, các lỗi sai về thể thức, kỹ thuật trình bày văn bản không ảnh hưởng lớn tới nội dung quản lý nhà nước mà văn bản điều chỉnh, song việc ban hành văn bản sai thể thức, kỹ thuật trình bày sẽ dẫn tới tuỳ tiện trong quá trình xây dựng, soạn thảo, sự thiếu thống nhất, thiếu đồng bộ trong hệ thống pháp luật.
Thứ hai, còn có những văn bản được ban hành có dấu hiệu sai về nội dung. Qua nghiên cứu các văn bản quy phạm pháp luật về đầu tư xây dựng được ban hành nêu trên còn văn bản sai về viện dẫn căn cứ pháp lý ban hành văn bản, có những văn bản có nội
dung không phù hợp với văn bản quy phạm pháp luật của cơ quan nhà nước cấp trên. Những lỗi sai này ảnh hưởng rất lớn đến hiệu quả quản lý, ảnh hưởng đến sự thống nhất của hệ thống pháp luật, đặc biệt là lỗi sai ban hành văn bản có nội dung không phù hợp với quy định của pháp luật.
Thứ ba, còn có những văn bản chậm được ban hành, không kịp thời điều chỉnh những vấn đề nảy sinh trong thực tế, ảnh hưởng không nhỏ đến công tác đầu tư xây dựng tại địa phương. Có những văn bản của cấp trên đã ban hành nhưng sau 1, 2 năm mới có văn bản hướng dẫn cụ thể của địa phương.