Điều 22.1 Hiệp định TRIPS quy định “chỉ dẫn địa lý là những chỉ dẫn về hàng hóa bắt nguồn từ lãnh thổ của một thành viên hoặc từ một khu vực hay địa phương thuộc lãnh thổ đó, có chất lượng uy tín hoặc đặc tính chủ yếu do xuất xứ địa lý quy định”. Như vậy chỉ dẫn địa lý là dấu hiệu dùng để chỉ sản phẩm có nguồn gốc từ khu vực, địa phương, vùng lãnh thổ hay quốc gia cụ thể. Chỉ dẫn địa lý có thể là xuất xứ địa lý, có thể là biểu tượng, hình ảnh, dấu hiệu đặc trưng chỉ dẫn nguồn gốc hoặc địa danh nhất định mà chất lượng hoặc đặc tính chủ yếu hàng hóa do xuất xứ địa lý quyết định.
Nếu nhãn hiệu dùng để phân biệt hàng hóa/dịch vụ của các chủ thể khác nhau thì chỉ dẫn địa lý dùng để thông tin về nguồn gốc, xuất xứ địa lý của sản phẩm đó. Cả hai đối tượng này đều là chỉ dẫn thương mại. Trên thực tế, một nhãn hiệu có thể bao gồm cả chỉ dẫn địa lý và tập hợp này được sử dụng như một loại nhãn hiệu. Liệu có sự xung đột quyền nào xảy ra trong trường hợp này không khi một chỉ dẫn địa lý được đăng ký sử dụng như một nhãn hiệu thông thường, điều này có nghĩa độc quyền sử dụng nhãn hiệu đó được trao cho chủ nhãn hiệu và các chủ thể khác đương nhiên không thể sử dụng trong khi một dấu hiệu là chỉ dẫn địa lý đáng ra phải được sử dụng cho tất cả các chủ thể có hàng hóa xuất xứ từ vùng địa lý đó. Pháp luật các nước quy định nguyên tắc giải quyết tranh chấp quyền đối với nhãn hiệu được xác lập trước và chỉ dẫn địa lý không giống nhau. Ở Hoa Kỳ, Canada, Trung Quốc bảo hộ chỉ dẫn địa lý thông qua nhãn hiệu chứng nhận, nhãn hiệu tập thể và như vậy họ áp dụng nguyên tắc ưu tiên cho nhãn hiệu đã đăng ký trước. Quy định này cũng phù hợp với bản chất của chỉ dẫn địa lý là dùng để chỉ dẫn về về nguồn gốc địa lý của sản phẩm và bất cứ ai cũng có thể sử dụng chỉ dẫn đó nếu hàng hóa của họ cung cấp xuất xứ từ khu vực địa lý đó và có danh tiếng, tính chất, chất lượng đặc thù do vùng địa lý đó quy định.
Chỉ dẫn địa lý thường được bảo hộ cho các sản phẩm rượu vang, rượu mạnh, các sản phẩm nông nghiệp hay thực phẩm. ở Việt Nam có một số chỉ dẫn địa lý đã được bảo hộ như bưởi Đoan Hùng, vải Thanh Hà, trước đây có một số chỉ dẫn địa lý được bảo hộ dưới dạng tên gọi xuất xứ như cà phê Buôn Mê Thuột, nước mắm Phú Quốc… Do chỉ dẫn địa lý giúp người tiêu dùng xác định nguồn gốc địa lý của sản phẩm có tính chất, chất lượng đặc thù quy định bởi nguồn gốc địa lý đó nên chỉ dẫn địa lý không thể cho bất kỳ ai độc quyền. Người sử dụng chỉ dẫn địa lý chỉ có quyền sử dụng – quyền gắn chỉ dẫn đó lên hàng hóa của mình. Mọi cá nhân, doanh nghiệp sinh sống hoặc có trụ sở kinh doanh hoặc sản xuất ở khu vực địa lý đó đều có quyền sử dụng chỉ dẫn địa lý với điều kiện tuân thủ các tiêu chuẩn nhất định. Nhãn hiệu thì giúp cho người tiêu dùng xác định nhà sản xuất, nhà cung cấp sản phẩm, dịch vụ. Nhãn hiệu khi được bảo hộ sẽ xác lập quyền độc quyền cho chủ sở hữu nhãn hiệu, người này có toàn quyền định đoạt cũng như ngăn cấm người khác sử dụng nhãn hiệu của mình. Xuất phát từ bản chất của chỉ dẫn địa lý và nhãn hiệu mà pháp luật quy định thời hạn bảo hộ cho hai đối tượng này cũng khác nhau. Chỉ dẫn địa lý sẽ được bảo hộ cho đến khi các điều kiện địa lý tạo nên danh tiếng, chất lượng, đặc tính của sản phẩm mang chỉ dẫn địa lý bị thay đổi làm cho mất đi các đặc trưng đó của sản phẩm. Nhãn hiệu thì được bảo hộ mỗi chu kỳ là mười năm và có thể gia hạn mãi mãi. Trường hợp chỉ dẫn địa lý đăng ký bảo hộ dưới dạng nhãn hiệu chứng nhận và nhãn hiệu tập thể thì sẽ phải tuân thủ các quy định chung dành cho nhãn hiệu.
Ở Việt Nam trước Luật SHTT 2005 có quy định việc cho phép sử dụng tên địa danh làm nhãn hiệu nếu được sự đồng ý của cơ quan có thẩm quyền của địa phương trong Nghị định 63/CP. Tuy nhiên quy định này đã không tính đến khả năng người tiêu dùng liên tưởng rằng nhãn hiệu chính là chỉ dẫn nơi sản xuất sản phẩm đó mà không phải là một dấu hiệu phân biệt hàng hóa, dịch vụ cùng loại, đồng thời chấp nhận bảo hộ tên địa danh đăng ký nhãn hiệu sẽ dẫn tới tình trạng mọi cá nhân, tổ chức tại địa phương có tên địa danh đáng lý đều có quyền sử dụng chỉ dẫn đó thì lại bị hạn chế bởi quyền độc quyền của người đã được bảo hộ
nhãn hiệu. Hạn chế này đã được khắc phục trong Luật SHTT 2005 bằng quy định không chấp nhận bảo hộ những nhãn hiệu là “dấu hiệu chỉ nguồn gốc địa lý của hàng hóa, dịch vụ, trừ trường hợp dấu hiệu đó đã được sử dụng và thừa nhận rộng rãi với danh nghĩa là một nhãn hiệu hoặc đăng ký dưới dạng nhãn hiệu tập thể hoặc nhãn hiệu chứng nhận”. [36]