Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế là tiền đề để ngƣời nộp thuế có thể đƣợc hƣởng nhiều chính sách ƣu đãi nhƣ ân hạn thuế, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa… Pháp luật quản lý thuế quy định ngƣời nộp thuế có quyền yêu cầu cơ quan hải quan xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế. Trên thực tế, có những trƣờng hợp ngƣời nộp thuế đã thanh toán đủ, đúng hạn số thuế phải nộp, nhƣng do lỗi truyền nhận thông tin giữa Kho bạc và Hải quan không kịp thời, hay do quy đổi tỷ giá thiếu chính xác, doanh nghiệp đã bị hệ thống tự động xác định không chấp hành tốt pháp luật.
- Quyền khiếu nại, khởi kiện.
Ngƣời nộp thuế có quyền khiếu nại với cơ quan hải quan về việc xem xét lại quyết định hành chính của cơ quan hải quan, hành vi hành chính của công
chức hải quan khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vi đó trái pháp luật, xâm phạm quyền và lợi ích hợp pháp của mình.
Quan hệ pháp luật thuế về bản chất là quan hệ pháp luật hành chính, do vậy, khi phát sinh tranh chấp, ngƣời nộp thuế có thể khởi kiện theo quy định của pháp luật về thủ tục giải quyết các vụ án hành chính.
- Quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức hải quan và tổ chức, cá nhân khác.
Pháp luật đã có quy định về các biện pháp bảo vệ ngƣời tố cáo. Tuy nhiên, rất ít doanh nghiệp thƣờng xuyên làm thủ tục hải quan tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức hải quan. Ngƣợc lại, một số doanh nghiệp vì thiếu hiểu biết hoặc vì động cơ nào đó lại có hành vi cố ý tố cáo sai sự thật.
Nhìn chung, pháp luật quản lý thuế đã hiện thực hóa và quy định rõ ràng các quyền cơ bản của ngƣời nộp thuế trong quá trình làm thủ tục thuế liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu. Tuy vậy, còn một số quyền mà khi hội nhập sâu nền kinh tế quốc tế, theo thông lệ ngƣời nộp thuế phải có nhƣng chƣa đƣợc pháp luật quản lý thuế đề cập nhƣ: quyền đƣợc áp dụng nguyên tắc có lợi khi Nhà nƣớc thay đổi chính sách thuế gây thiệt hại cho doanh nghiệp; giảm trách nhiệm pháp lý trong trƣờng hợp doanh nghiệp vi phạm do thực hiện hành vi đã đƣợc hƣớng dẫn bởi cơ quan hải quan, công chức hải quan…
2.1.1.2 Nghĩa vụ của ngƣời nộp thuế
Bên cạnh việc đƣợc hƣởng quyền, ngƣời nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu đồng thời phải thực hiện nghĩa vụ theo quy định của pháp luật hải quan, pháp luật thuế. Các nghĩa vụ đó đƣợc đảm bảo thực hiện bằng biện pháp khuyến khích tuân thủ hoặc cƣỡng chế Nhà nƣớc.
Một số nghĩa vụ cơ bản của ngƣời nộp thuế[1 Điều 7]: