Cơ quan hải quan, công chức hải quan, ngƣời đã từng là công chức hải quan phải giữ bí mật thông tin của ngƣời nộp thuế. Pháp luật quản lý thuế cũng quy định các trƣờng hợp cơ quan hải quan phải cung cấp hay đƣợc công khai thông tin của ngƣời nộp thuế. Ngoài những trƣờng hợp này, nếu khai thác thông tin không đúng quy định của pháp luật gây thiệt hại cho ngƣời nộp thuế, cơ quan hải quan có thể phải bồi thƣờng.
Thông tin của ngƣời nộp thuế đƣợc tập trung vào hệ thống dữ liệu của ngành Hải quan, bao gồm thông tin doanh nghiệp và lịch sử chấp hành pháp luật hải quan; thông tin liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu; thông tin thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Về nguyên tắc, việc phân quyền cập nhật cũng nhƣ kết xuất dữ liệu tại cơ quan hải quan đƣợc quy định hết sức chặt chẽ. Giữ bí mật thông tin của ngƣời nộp thuế là trách nhiệm của cơ quan hải quan, đồng thời cũng là giải pháp để hạn chế sự lợi dụng của doanh nghiệp trong việc tuân thủ nghĩa vụ thuế. Đã có trƣờng hợp công chức hải quan bị phát hiện cung cấp thông tin trên hệ thống quản lý giá tính thuế cho doanh nghiệp. Sau khi biết đƣợc mức giá hàng hóa cùng loại thấp nhất, yên tâm vì không bị so sánh khi tham vấn, doanh nghiệp đã làm giả chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan để trốn thuế. Doanh
nghiệp bị vi phạm không biết, nhƣng xét đến cùng họ đã phần nào bị ảnh hƣởng tới lợi thế cạnh tranh.
Ngƣợc lại, nếu thông tin của ngƣời nộp thuế không chính xác nhƣng đƣợc cập nhật vào hệ thống và khai thác phục vụ công tác quản lý thuế, có thể làm thay đổi chất lƣợng các phần việc nghiệp vụ của cơ quan hải quan, chẳng hạn nhƣ dữ liệu giá tính thuế, dữ liệu quản lý rủi ro...