Có 3 mốc quan trọng trong lịch sử hình thành và phát triển của NHNo&PTNT Việt Nam:
Giai đoạn 1988-1990
Đây là giai đoạn khó khăn của hoạt động thương mại - thị trường. Bộ máy hoạt động phụ thuộc vào NHNN và bộ máy nhân sự tiếp nhận từ Vụ Tín dụng Nông nghiệp NHNo và một số cán bộ của Vụ tín dụng Thương nghiệp, ngân hàng đầu tư và xây dựng, Vụ kế toán và một số đơn vị khác.
Giai đoạn 1991-1996
Với tên gọi mới, Ngân hàng nông nghiệp là ngân hàng thương mại đa năng, hoạt động chủ yếu trên lĩnh vực nông nghiệp nông thôn.
Ngày 30/07/1994, tại Quyết định số 160/QĐ-NHNN, Thống đốc NHNN chấp thuận mô hình đổi mới hệ thống quản lý của NHNo Việt nam.
Thành lập ngân hàng phục vụ người nghèo 1995. Đến 01/01/2003 Ngân hàng phục vụ người nghèo chính thức chuyển thành ngân hàng Chính sách xã hội.
Ngày 15/11/1996, Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam được đổi tên thành Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam.
Đánh giá chung: Đây là giai đoạn NHNo Việt nam tạo dựng nền móng vững chắc cho bước đường phát triển tiếp theo của mình. Tháng 07/1994, mô hình đổi mới hệ thống quản lý của Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam ra đời.
Giai đoạn 1997-đến nay:
Năm 1999, Luật NHNN và Luật các tổ chức tín dụng có hiệu lực thi hành, tạo hành lang pháp lý cho hoạt động ngân hàng.
Năm 2008 là năm ghi dấu chặng đường 20 năm xây dựng và trưởng thành của NHNo với sự hoàn thành toàn hệ thống chương trình IPCAS vào cuối năm 2008.
Trong năm 2009, NHNo&PTNT Việt nam đã hai lần đồng loạt giảm lãi suất cho vay đối với khách hàng. Phát triển công nghệ thông tin, mở rộng dự án IPCAS II, xây dựng nền tảng để ứng dụng các dịch vụ sản phẩm ngân hàng hiện đại, tạo cho NHNo ưu thế cạnh tranh so với các ngân hàng khác.
Tóm lại: 3 giai đoạn trong quá trình hình thành và phát triển của NHNo&PTNT Việt Nam được tổng kết như sau: