- Cẩm Xuyên là một huyện có tiềm năng về diện tích NTTS khá lớn, khoảng trên 4200 ha, trong đó mới chỉ đưa vào sử dụng 2215 ha chiếm khoảng 48,8% tổng diện tích mặt nước có khả năng nuôi trồng. Điều này gây lãng phí nguồn tài nguyên của huyện.
- Quy mô sản xuất nuôi trồng của huyện còn nhỏ lẻ, các hình thức nuôi trồng còn mang tính tự phát. Với quy mô hình thức sản xuất như vậy chưa tương xứng với tiềm năng vốn có của vùng. Do vậy nhiều vấn đề nảy sinh cần giải quyết như dịch bệnh xuất hiện, năng xuất chưa cao dẫn đến hiệu quả nuôi trồng thấp.
- Thị trường tiêu thụ sản phẩm sản xuất của các hộ chưa ổn định, giá bán thấp hơn giá thị trường ở vùng khác do bị tư thương ép giá. Điều đó gây ảnh hưởng tới tâm lý người nuôi trồng khi họ đang muốn mở rộng quy mô sản xuất.
- Lực lượng lao động tham gia nuôi trồng ở các hộ hầu hết chưa qua đào tạo, họ chỉ học theo kinh nghiệm của những người làm trước, mỗi năm cũng chỉ đi tập huấn kỹ thuật nuôi thuỷ sản được một, hai lần dẫn đến thiếu hiểu biết về kỹ thuật nuôi cũng như quản lý và tổ chức sản xuất.
- Chủ trương phát triển NTTS của huyện là tiếp tục mở rộng quy mô, đi sâu vào hình thức nuôi trồng, tăng cường đầu tư cơ sở hạ tầng, trang thiết bị kỹ thuật phục vụ cho NTTS, tiếp tục đầu tư vốn cho các hộ để họ mở rộng diện tích nuôi trồng và họ có khả năng đi sâu vào phương thức nuôi BTC và thâm canh.