Thực tế cho thấy quy hoạch phát triển kinh tế biển nói chung và quy hoạch NTTS nói riêng đều là quy hoạch nhằm bảo vệ môi trường, nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế lâu dài mà không làm ảnh hưởng tới cuộc sống cộng đồng dân cư và các lĩnh vực kinh tế khác. Điều này có nghĩa là khi đưa một chiến lược phát triển kinh tế ngành thuỷ sản thì nó kèm theo hệ quả về môi trường. Do đó, đi đôi với việc phát triển kinh tế ngành thuỷ sản thì việc hoạch định các chính sách về môi tường và đánh giá về chất lượng về các mặt như: chất lượng môi trường nước do các hoạt động nuôi trồng gây ra, chất lượng môi trường do các hoạt động chế biến, bảo quản sản phẩm thuỷ sản và thương mại dịch vụ thuỷ sản gây ra (môi trường nước sạch sinh hoạt và các vùng lân cận, môi trường không khí,…). Song song với việc đánh giá chất lượng môi trường do các hoạt động sản xuất thuỷ sản gây ra, việc đánh giá tác động môi trường của ngành thuỷ sản là điều rất cần thiết phải thực hiện và đặt ra nhiệm vụ cần thiết hàng đầu khi muốn đưa ngành thuỷ sản phát triển bền vững. Do đó để làm được điều này xã cần:
- Xúc tiến quy hoạch chi tiết, xác định rõ địa chỉ các vùng nuôi, hình thức nuôi, phân rõ diện tích dùng cho cấp thoát nước và diện tích dùng cho nuôi trồng nhằm nâng cao hiệu quả đầu tư.
- Với diện tích dùng cho nuôi QCCT nên chia nhỏ các đầm với diện tích từ 1,2-1,5 ha/đầm để tạo thuận lợi cho phát triển sang hình thức nuôi BTC và TC.
- Với hệ thống cấp thoát nước thì nên quy hoạch theo từng khu vực nuôi trồng bảo đảm tất cả các đầm nuôi, ao nuôi đều có thể chủ động lấy nước và thoát nước, phòng trừ dịch bệnh, tránh được bão lũ gây thiệt hại cho người dân NTTS.
Tổ chức vùng nuôi tập trung gắn liền với việc tăng diện tích nuôi trồng. Chuyển cây trồng (cây lúa) năng suất thấp sang NTTS, cần mở rộng phương thức nuôi BTC và TC và giảm dần nuôi QCCT.