NTTS của huyện bắt đầu từ năm 1985 khi huyện có chủ trương di dân ra biển. Từ đó các hộ đến lập nghiệp, ngoài việc trồng lúa,nuôi cá nước ngọt các hộ đã tiến hành quai đầm nuôi tôm, cua. Ban đầu diện tích nuôi trồng thuỷ sản là 208 ha do 90 hộ nuôi với hình thức các hộ hợp tác với nhau để nuôi trồng khoảng 3 - 4 hộ chung một đầm. Việc nuôi trồng thuỷ sản thời gian đầu mang tính tự phát, chưa có sự hỗ trợ của chính quyền về chính sách và vốn sản xuất, hình thức nuôi trồng các hộ còn manh mún, hiệu quả nuôi chưa cao do chưa am hiểu về kỹ thuật, hơn nữa điều kiện thời tiết không thuận lợi bão lũ thường xảy ra gây thiệt hại lớn cho các hộ nuôi trồng. Từ những năm 1995 trở lại đây do chính sách mở cửa hội nhập của nhà nước vào nền kinh tế thế giới đã tạo điều kiện phát triển cho ngành NTTS nói chung và huyện Cẩm Xuyên nói riêng phát triển mạnh mẽ. Ngoài sự bồi đắp không ngừng của ba con sông là sông Hội, sông Rác và sông Phủ đã có hàng trăm ha đất bãi bồi được sử dụng nuôi thả, một số diện tích bãi sậy được khai thác,ngoài ra có Cẩm Xuyên còn được tưới tiêu bởi hệ thống kêng đập hồ Kẻ Gổ nên thuận tiện cho nuôi cá nước ngọt, diện tích trồng lúa được chuyển đổi vào NTTS, hệ thống rừng phòng hộ được đưa ra xa biển hơn thay vào đó là hệ thống đầm NTTS được hình thành cả trong đê và ngoài đê. Chỉ trong vài năm phong trào nuôi trồng của huyện tăng nhanh cả về diện tích và sản lượng. Đến năm 2009 diện tích NTTS toàn huyện đạt 4232,62 ha. Hiện nay hầu như là mỗi hộ một đầm, có hộ đến hai đầm với hình thức nuôi trước đây là nuôi QCCT và những năm gần đây đã tiến lên các hình thức nuôi BTC và TC. Sản phẩm nuôi trồng chính là tôm sú, tôm he, và cá nước ngọt các hộ đã có sự đầu tư lớn về cả quy mô nuôi và hình thức nuôi. Ngoài ra, một số hộ nuôi kết hợp cả tôm sú và cua biển. Tuy nhiên hình thức nuôi kết hợp này hiệu quả không cao, thường thích
hợp với những hộ kiêm ngành nghề, quy mô nhỏ, thời gian mới nuôi và phương thức nuôi QCCT.
