Nền kinh tế Việt Nam đã có sự chuyển đổi quan trọng từ cơ chế kế hoạch tập trung quan liêu, bao cấp sang cơ chế thị trường theo định hướng xã hội chủ nghĩa với nhiều thành phần kinh tế. Sự chuyển đổi này có ý nghĩa và tác động rất quan trọng đến sự lựa chọn và hình thành mô hình phát triển mới của nước ta trong đó có hệ thống y tế. Công nghiệp hoá phát triển mạnh nên các bệnh liên quan đến điều kiện lao động gia tăng, đặc biệt
trong các xí nghiệp vừa và nhỏ. Tai nạn giao thông tăng nhanh do cơ sở hạ tầng giao thông và ý thức của người dân tham gia giao thông chưa tốt. Bên cạnh đó, ô nhiễm môi trường, tệ nạn xã hội cũng đang ảnh hưởng xấu đến sức khoẻ nhân dân và các tác nhân ảnh hưởng tới sức khoẻ ngày càng gia tăng. Ô nhiễm chất thải công nghiệp, chất thải sinh hoạt là nguyên nhân gây nhiều bệnh tật. Các tệ nạn xã hội như nghiện, chích ma tuý, mại dâm là nguyên nhân gia tăng bệnh AIDS...
Hậu quả tiêu cực của nền kinh tế thị trường là phân hoá giàu nghèo, thất nghiệp, dân trí thấp, dẫn đến công tác y tế dự phòng chưa được nhận thức đúng mức đã góp phần làm gia tăng bệnh tật, đồng thời cũng gây nhiều khó khăn cho công tác y tế dự phòng.
Trong thời gian qua, mô hình bệnh tật ở nước ta đang có sự thay đổi, từ mô hình chủ yếu là bệnh nhiễm trùng gây dịch sang mô hình hỗn hợp, đan xen giữa các bệnh lây và không lây. Một số các bệnh lây như tiêu chảy, viêm đường hô hấp cấp tính, sốt xuất huyết, sốt rét, lao, đặc biệt là HIV/AIDS... vẫn còn là vấn đề cần phải quan tâm. Như vậy có thể thấy rằng gánh nặng bệnh tật của nước ta còn rất nặng nề vì cùng một lúc phải giải quyết cả mô hình bệnh tật của các nước đang phát triển và mô hình bệnh tật của các nước phát triển. Bên cạnh đó, toàn cầu hoá đã đem lại nhiều lợi ích cho công tác chăm sóc sức khoẻ nhân dân. Những lợi ích này là sự trao đổi, hợp tác quốc tế, phổ biến công nghệ và kiến thức mới về phòng, điều trị bệnh. Tăng trao đổi thương mại và đầu tư nước ngoài, tự do hoá cũng có thể tăng phát triển khu vực kinh tế và như vậy có thể là tăng đầu tư vào y tế. Tuy nhiên, toàn cầu hoá cũng tạo ra nhiều nguy cơ cho sức khoẻ. Sự gia tăng du lịch, giao lưu quốc tế làm tăng sự lan truyền của các bệnh truyền nhiễm...
Như vậy, có thể thấy các yếu tố tự nhiên, môi trường, dân số, kinh tế, xã hội nêu trên là một thách thức lớn đối với y tế dự phòng, đòi hỏi đội ngũ
viên chức y tế dự phòng phải được đổi mới, nâng cao chất lượng để đáp ứng yêu cầu công tác phòng, chống dịch bệnh.