Công tác quy hoạch cán bộ, viên chức liên quan chặt chẽ đến tất cả các khâu công tác cán bộ như đánh giá, lựa chọn, bố trí, sử dụng và chính sách đãi ngộ. Có làm tốt công tác quy hoạch cán bộ, viên chức mới từng bước nâng cao chất lượng, số lượng, cơ cấu đội ngũ viên chức, đảm bảo tính liên tục, kế thừa và phát triển, tạo nguồn cán bộ dồi dào, đáp ứng yêu cầu bố trí, sử dụng, tránh tình trạng hẫng hụt, bị động, chắp vá.
Tuy nhiên việc tổ chức thực hiện còn nhiều yếu kém bởi vì còn có những nhận thức khác nhau về công tác quy hoạch. Đa số cho rằng quy hoạch là dự kiến sắp xếp cán bộ vào các vị trí cán bộ lãnh đạo, không thấy được quy hoạch là làm những việc gì , làm thế nào, để làm gì... Vì vậy, ở
hầu hết các đơn vị trong ngành y tế chưa tổ chức xây dựng quy hoạch cán bộ, viên chức một cách cơ bản, hệ thống, dẫn đến sự hẫng hụt về đội ngũ cán bộ kế cận, chất lượng cán bộ khi được bổ nhiệm, bố trí, sắp xếp chưa được nâng cao. Tình trạng bổ nhiệm xong mới đào tạo, bồi dưỡng hoàn chỉnh tiêu chuẩn cán bộ, viên chức còn khá phổ biến.
Lý do là công tác quy hoạch của ngành y tế chưa được cụ thể hoá thành quy định của ngành mà vẫn dựa trên các văn bản của Đảng như Nghị quyết số 42-NQ/TW ngày 30/11/2004 của Ban Chấp hành Trung ương, Hướng dẫn số 47-HD/BTCTW ngày 24/5/2005 về công tác quy hoạch cán bộ lãnh đạo, quản lý thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước.
Đối với công tác thi tuyển viên chức trong ngành y tế được thực hiện theo hai hình thức thi tuyển và xét tuyển. Việc việc thi tuyển viên chức được thực hiện theo Quyết định số 49/2005/QĐ-BYT ngày 30/12/2005 của Bộ Y tế, việc xét tuyển được thực hiện theo Quyết định số 32/2006/QĐ- BYT ngày 05/10/2006 của Bộ Y tế. Việc thi tuyển và xét tuyển theo hai văn bản này được áp dụng đối với các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ Y tế. Đối với các trung tâm hệ y tế dự phòng tuyến tỉnh và trung tâm y tế dự phòng tuyến huyện việc thi tuyển được thực hiện theo quy định của Sở Nội vụ và Uỷ ban Nhân dân tỉnh. Việc thi tuyển viên chức mới chỉ áp dụng chủ yếu đối với đối tượng là sinh viên đại học mới ra trường, vào các vị trí công việc ở ngạch thấp, mà chưa áp dụng đối với các vị trí, chức danh ở ngạch cao đang cần người. Thường thì đối với các vị trí công việc ở ngạch cao, nếu thiếu người thì hoặc là đưa những người tại chỗ đang thực hiện những công việc tương tự lên, hoặc điều động những người từ nơi khác đến. Tuy nhiên do không thi tuyển nên có tình trạng đã là viên chức nhà nước là có thể điều chuyển từ công việc này sang công việc khác, từ bộ phận này sang bộ phận khác mà không cần biết có thể đảm nhận được
công việc đó hay không, điều này xảy ra rất phổ biến ở các Trung tâm hệ dự phòng tuyến tỉnh và tuyến huyện.
Nội dung thi tuyển cũng chưa đáp ứng được yêu cầu của việc tuyển dụng, bố trí viên chức. Có nhiều cơ quan trực thuộc Bộ Y tế tổ chức thi tuyển cho nhiều đối tượng làm ở các bộ phận, lĩnh vực khác nhau trong một cuộc thi, chung một nội dung. Hoặc mỗi địa phương, mỗi cấp tự đặt cho mình những nội dung thi tuyển riêng. Có đơn vị, địa phương đặt ra nội dung thi tuyển quá cao hoặc có nơi lại xác định nội dung thi tuyển quá dễ dãi, khiến cho việc thi tuyển không còn ý nghĩa thực tế.