Trước hết cần hoàn thiện cơ chế kiểm soát và điều tiết ngành Hàng không dân dụng. Trong điều kiện cạnh tranh quốc tế gay gắt hiện nay, cần có chính sách bảo hộ các doanh nghiệp vận tải hàng không trong nước để các doanh nghiệp này có đủ khả năng khai thác bình đẳng và cùng có lợi với các hãng hàng không nước ngoài. Nhà nước phải kiểm soát và điều tiết thị trường vận chuyển hàng không thông qua điều tiết cung cầu, giá cước và khối lượng vận chuyển để một mặt bảo đảm lợi ích của khách hàng, mặt khác đẩy mạnh sự phát triển của các doanh nghiệp vận tải hàng không trong điều kiện cạnh tranh lành mạnh về chất lượng và tiếp thị, hạn chế cạnh tranh về giá cước vận chuyển. Tăng năng lực cạnh tranh, nâng cao chất lượng dịch vụ chiếm lĩnh thị phần, tối ưu hoá doanh thu, cơ cấu chi phí hợp lý đảm bảo kinh doanh có hiệu quả.
Phân cấp quản lý, tạo sự chủ động cho các nhân viên tại từng vị trí công tác (mở rộng quyền hạn về quyết định giá cước và tạo cho nhân viên sự chủ động trong việc ra quyết định, dám chịu trách nhiệm về quyết định của mình). Tuy nhiên đối với ngành hàng không việc tổ chức lại ngành cần được tiến hành thận trọng không được làm xáo trộn hoạt động hàng ngày của các đơn vị hàng không để tránh dẫn đến uy hiếp an toàn an ninh và giảm hiệu quả kinh doanh của các doanh nghiệp vận tải hàng không, các doanh nghiệp dịch vụ hàng không, cảng hàng không sân bay và quản lý bay.
Đổi mới cơ chế quản lý ngành hàng không dân dụng Việt Nam trong điều kiện nền kinh tế hàng hoá nhiều thành phần vận hành theo cơ chế thị trường có sự quản lý của nhà nước theo định hướng xã hội chủ nghĩa là một trong những nhiệm vụ trọng tâm hiện nay. Với cơ chế quản lý hợp lý ngành hàng không dân dụng Việt Nam sẽ hoạt động hiệu quả hơn tạo điều kiện cho ngành nâng cao năng lực cạnh tranh, dành thế chủ động để thu hút các nguồn hàng cũng như luồng khách, phục vụ nhu cầu cấp thiết của nền thương mại
đang được đánh giá là có tốc độ phát triển cao, năng động so với các nước trong khu vực cũng như trên trường quốc tế.
Cùng với sự đổi mới về cơ chế quản lý hoạt động vận tải hàng không nói