Trung tâm cần đẩy mạnh liên kết, hợp tác với Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Phú Yên trong hoạt động tổ chức các hội nghị, sự kiện; với các công ty du lịch lữ hành trong sản phẩm du lịch.
Trong thành phố Tuy Hòa, phát triển tuyến gắn với Trung tâm giải trí sinh thái Thuận Thảo trong thời gian một ngày: Tháp Nhạn – Sông Đà Rằng – Làng hoa Bình Ngọc; Chùa Hồ Sơn – Chùa Bảo Lâm – Chùa Bảo Tịnh – Nhà thờ Tuy Hòa; Đảo Hòn Chùa – Bãi Long Thủy – Bãi biển Tuy Hòa. Các tuyến này phục vụ khách tham quan, tìm hiểu các di tích, danh thắng trên địa bàn thành phố; tham quan các cơ sở sản xuất hàng thủ công mỹ nghệ; thưởng thức các chương
trình văn hóa văn nghệ, dân ca bài chòi, hò khoan, hò bá trạo, biểu diễn nhạc cụ dân tộc: kèn đá, đàn đá, trống đôi – cồng ba – chiêng năm,...
Trong tỉnh Phú Yên, phát triển tuyến gắn với Trung tâm giải trí sinh thái Thuận Thảo thời gian từ hai ngày trở lên. Các tuyến này mang tính tổng hợp về lịch sử, văn hóa và sinh thái.
- Tuyến phía Bắc: Bãi biển Long Thủy – Đền thờ Lê Thành Phương – Đầm Ô Loan – Gành Đá Đĩa – Nhà thờ Mằng Lăng – Thành An Thổ - Chùa Đá Trắng – Làng nghề nước mắm Gành Đỏ - Vịnh Xuân Đài.
- Tuyến phía Nam: Tuy Hòa – Núi Đá Bia – Di tích lịch sử tàu Không số Vũng Rô – Bãi Môn – Mũi Điện.
- Tuyến du lịch dọc hạ lưu sông Ba bằng đường thủy
Trong nội thành, liên kết với khu du lịch Gió Chiều nằm ở cửa Đà Diễn – nơi sông Ba hòa mình vào biển Đông – và khu du lịch sinh thái Sao Việt nằm gần bãi Long Thủy ở phía Bắc thành phố thực hiện tour Đảo Hòn Chùa – Bãi Long Thủy – Bãi biển Tuy Hòa. Trong tour này, Trung tâm tiến hành liên kết chặt chẽ với 2 khu về tổ chức quản lý, hỗ trợ sản phẩm, tuyến và cả nhân lực; chủ động về phương tiện vận chuyển khách và cơ sở lưu trú.
Trong nội tỉnh, tuyến phía Nam, Trung tâm tiến hành liên kết với khu du lịch Vũng Rô, hỗ trợ nhau toàn diện về sản phẩm du lịch, nguồn nhân lực, tổ chức quản lý, phương tiện và cơ sở lưu trú. Tuyến phía Bắc, tuyến dọc hạ lưu sông Ba bằng đường thủy, Trung tâm liên kết với các điểm du lịch để hỗ trợ về sản phẩm, còn lại các yếu tố đều chủ động.
- Liên kết với làng hoa Bình Ngọc và các điểm du lịch nội thành phát triển các tour du lịch sinh thái và văn hóa.
- Liên kết với các địa phương lân cận để cùng phát triển. Hai hướng liên kết khả quan nhất cho Trung tâm trong giai đoạn này là hướng về phía Tây với “Con đường du lịch xanh Tây Nguyên” và hướng về phía Bắc gắn với “Du lịch
văn hóa”. Qua đó sẽ giúp mở rộng thị trường đồng thời quảng bá hình ảnh của Trung tâm.