Kế hoạch phát triển kinh tế xã hội tỉnh Phú Yên giai đoạn 2006 – 2020 dựa trên các nguyên tắc đảm bảo phát triển bền vững nhằm đáp ứng những yêu cầu của hiện tại nhưng không gây trở ngại cho việc đáp ứng nhu cầu của các thế hệ mai sau. Đối với Phú Yên trong giai đoạn hiện nay, trước hết phải đẩy mạnh phát triển kinh tế xã hội, trong đó việc tăng trưởng kinh tế là rất quan trọng, có phát triển mạnh kinh tế xã hội thì mới đủ điều kiện bảo vệ và cải thiện môi trường một cách hiệu quả nhất.
Tiếp tục duy trì phát triển kinh tế tốc độ cao và bền vững, tạo sự chuyển biến về chất lượng trong quá trình phát triển kinh tế xã hội. Phấn đấu đến năm 2020, Phú Yên cơ bản trở thành một tỉnh công nghiệp và dịch vụ. Đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế, cơ cấu lao động theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa với cơ cấu: Công nghiệp – Dịch vụ – Nông nghiệp. Trong đó, du lịch và dịch vụ là ngành kinh tế quan trọng trong quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế.
Từng bước nâng cao hiệu quả và sức cạnh tranh nền kinh tế. Đẩy mạnh ứng dụng tiến bộ khoa học và nâng cao trình độ khoa học công nghệ trong ngành sản xuất. Nâng cao chất lượng giáo dục đào tạo và chất lượng nguồn nhân lực. Khai thác có hiệu quả quan hệ kinh tế đối ngoại. Xây dựng hệ thống kết cấu hạ tầng thuận lợi, đảm bảo yêu cầu phát triển. Nâng cao đời sống vật chất và tinh thần cho nhân dân. Tiếp tục thực hiện xóa đói giảm nghèo, tạo việc làm cho người
lao động. Giữ vững chính trị, trật tự an toàn xã hội, phát triển kinh tế gắn với quốc phòng, an ninh và bảo vệ môi trường.
Xây dựng thành phố Tuy Hòa trở thành đô thị sinh thái; có những nét đặc trưng riêng với chức năng là trung tâm chính trị, kinh tế, văn hóa, khoa học kĩ thuật, du lịch, dịch vụ, đầu mối giao thông, giao lưu trong tỉnh đồng thời là đầu mối giao thông lớn của khu vực Duyên hải Nam Trung bộ và Tây Nguyên.