Xét theo cơ cấu chuyên môn có thể thấy các đơn vị thuộc Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam thiên về nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu lý thuyết thì số Công nghệ Việt Nam thiên về nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu lý thuyết thì số lượng cán bộ, công chức, viên chức có trình độ cao chiếm một tỷ lệ lớn. Ví dụ như Viện Toán học cán bộ có học vị chiếm 86,3%, cán bộ có học hàm giáo sư, phó giáo sư chiếm 45,2%. Ngược lại, ở các đơn vị nghiên cứu, triển khai và phát triển công nghệ thì tỷ lệ này thấp hơn, thường là từ 20-50%. Ngay cả một số đơn vị nằm trong hướng khoa học, công nghệ trọng điểm, tỷ lệ cán bộ khoa học có trình độ cao cũng chỉ chiếm trên dưới 40%, so với nhu cầu phát triển hiện nay là chưa đáp ứng được. (Xin xem thêm bảng Tổng hợp tiềm lực cán bộ khoa học, công nghệ của Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam ở Phụ lục 3).
Lực lượng công chức, viên chức có trình độ cao của Viện cũng có hiện tượng phân bố không đồng đều, chủ yếu tập trung làm việc ở các cơ sở tại Hà tượng phân bố không đồng đều, chủ yếu tập trung làm việc ở các cơ sở tại Hà Nội. Ở các đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện Khoa học và Công nghệ tại Thành phố Hồ Chí Minh, Nha Trang, Đà Lạt số lượng cán bộ khoa học là công chức, viên chức có trình độ sau đại học chiếm một tỷ lệ rất khiêm tốn. Ví dụ ở ngành khoa học vật liệu thì Viện Khoa học vật liệu tại Hà Nội có số lượng cán bộ có học vị là 59, cán bộ có học hàm giáo sư, phó giáo sư là 21, trong khi đó tại Viện Khoa học vật liệu ứng dụng tại TP. Hồ Chí Minh tương ứng là 24 và 4; Viện Nghiên cứu và ứng dụng công nghệ Nha Trang là 19 và 2.