Thực hiện Nghị quyết số 38/NQ-CP của Chính phủ, trong giai đoạn 1991 - 1995, cải cách thủ tục hành chính kết hợp với rà soát hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, rà soát, sắp xếp lại chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của các Sở, ngành trực thuộc Ủy ban nhân dân thành phố.
Giai đoạn 1996 - 2000, chủ yếu cải cách một bước bộ máy hành chính theo Nghị quyết Trung ương 8 khóa VII và cải cách một bước nền hành chính nhà nước, nghị quyết Trung ương 3 khóa VIII về cải cách nền hành chính, thể hiện tập trung trong Chương trình 06/CTr-TU ngày 06/3/1997 của Thành ủy về cải cách hành chính giai đoạn 1997 - 2000. Trong giai đoạn này, cải cách hành chính được triển khai trên ba lĩnh vực: Cải cách thể chế hành chính, cải cách bộ máy hành chính, xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức. Giai đoạn này, tiếp tục cải cách thủ tục hành chính nhằm đảm bảo tính pháp lý, hiệu quả, minh bạch và công bằng trong khi giải quyết công việc hành chính, loại bỏ những thủ tục rườm rà, chồng chéo, gây phiền nhiễu cho nhân dân. Xác định thủ tục hành chính là một trong những khâu yếu nhất của nền hành chính nhà nước, thành phố Hà Nội coi cải cách thủ tục hành chính là một trong những nhiệm vụ trọng tâm hàng đầu trong tiến trình cải cách hành chính. Cuối năm 1996, thành phố Hà Nội áp dụng thí điểm mô hình "Một cửa" trong việc giải quyết các công việc của tổ chức, công dân. Quy chế "Một cửa" lần đầu tiên được tổ chức thí điểm tại Ủy ban nhân dân quận Ba Đình và Ủy ban nhân dân huyện Gia Lâm theo hướng tổ chức tại mỗi quận, huyện một trung tâm "Một đầu mối". Khác với Thành phố Hồ Chí Minh, tại Hà Nội, các đơn vị thí điểm không đề xuất ngay mô hình "một cửa, một dấu" mà đề xuất mô hình "một cửa, tiến tới một dấu". Sau khi sơ kết mô hình thí điểm ở Ba Đình và Gia Lâm, ngày 13/3/1997, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội đã có Quyết định số 1040/QĐ-UB nhân rộng mô hình "Một cửa" đối với tất cả quận, huyện, sở, ban, ngành.
Thực hiện Quyết định 181/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, sau khi thực hiện thí điểm mô hình "Một cửa" đối với một số xã, phường từ tháng 7/2004, bắt đầu từ ngày 01/01/2005, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội tiến hành thực hiện đồng loạt mô hình "Một cửa" đối với một số xã, phường, thị trấn. Rút kinh nghiệm trong quá trình chỉ đạo thực hiện mô hình tập trung một đầu mối từ những năm trước, thành phố Hà Nội đã chỉ đạo thực hiện đồng bộ giữa các ngành, các cấp, liên thông từ các sở đến Ủy ban nhân
dân các quận, huyện, Ủy ban nhân dân các xã, phường, thị trấn; kết hợp chặt chẽ giữa cải cách thủ tục hành chính với tin học hóa quy trình tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính và chuyên môn hóa công chức tiếp nhận hồ sơ hành chính, chấm dứt tình trạng các phòng chuyên môn cử cán bộ tiếp nhận hồ sơ hành chính.
Tính đến nay, 100% Ủy ban nhân dân các xã, phường, thị trấn trên địa bàn thành phố Hà Nội đang thực hiện quy chế "Một cửa". Nhìn chung, Ủy ban nhân dân các xã, phường, thị trấn đã có nhiều cố gắng trong việc đầu tư, cải tạo trụ sở và trang thiết bị vật chất, thực hiện nghiêm túc quy chế "Một cửa", công khai phí, lệ phí và thời gian giải quyết, đảm bảo nhanh chóng, chính xác, đúng hẹn. Triển khai ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động chỉ đạo, điều hành của hệ thống hành chính nhà nước, nhiều Ủy ban nhân dân xã, phường đã tự chủ động trang bị phần mềm tiếp nhận hồ sơ hành chính. Đặc biệt, trong tất cả các quận, huyện hiện nay, Ủy ban nhân dân quận Cầu Giấy là quận đầu tiên đã chủ động đầu tư kinh phí xây dùng mạng tin học diện rộng trên địa bàn 8 phường thuộc sự quản lý của mình, cụ thể tất cả các phường này đều kết nối với cổng giao tiếp điện tử của quận Cầu Giấy, tại bộ phận tiếp nhận hồ sơ hành chính mỗi phường đều được quận trang bị và quản lý bằng phần mềm tiếp nhận hồ sơ hành chính, hàng tháng gửi báo cáo lên quận thông qua mạng điện tử. Nhìn chung, việc ứng dụng công nghệ tin học này đã đáp ứng được nhu cầu công việc, giảm được số lượng lớn giấy tờ, đảm bảo công tác lưu trữ, tìm kiếm thông tin thuận lợi, dễ dàng.
Song song với việc thực hiện quy chế "Một cửa" trong công tác tiếp nhận và trả kết quả hồ sơ hành chính, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội đã chỉ đạo Sở Nội vụ phối hợp với các sở, Ủy ban nhân dân các quận, huyện tiến hành rà soát lại toàn bộ danh mục thủ tục hành chính. Kết quả là số lượng thủ tục hành chính tổng hợp từ báo cáo của các đơn vị tăng từ 478 thủ tục hành chính lên 594 thủ tục hành chính [30, tr. 7]. Trong 594 thủ tục hành chính này có 67 thủ tục hành chính thuộc thẩm quyền giải quyết của Ủy ban nhân dân
cấp xã. Hiện nay, Sở Nội vụ đã và đang phối hợp với các sở, Ủy ban nhân dân các quận, huyện tiến hành thẩm định, chuẩn hóa cơ sở pháp lý của các thủ tục hành chính này.