Chất thải trong nuôi trồng thủy sản là phân của các loài thủy sản tôm cá, các nguồn thức ăn dư thừa thối rữa bị phân hủy, các chất tồn dư của các loại vật tư sử dụng trong nuôi trồng như: hóa chất, kháng sinh…; các loại khoáng chất Diatomit, Dolomit,
lưu huỳnh lắng đọng, các thành phần chứa H2S, NH3, Nitơ, Phôtpho ... Đây là nguồn thải rất dễ phân hủy hữu cơ gây ô nhiễm môi trường, nguy cơ phát sinh và lây lan dịch bệnh. Mặt khác, môi trường ven biển nói chung và vùng nuôi nói riêng thường chịu tác động trực tiếp và gián tiếp các nguồn chất thải gây ô nhiễm trong sản xuất chế biến hải sản; các cơ sở sửa chữa tàu thuyền; nước thải sinh hoạt ở các khu dân cư và đô thị; dầu nhớt thải ra của các tàu thuyền khai thác;... cũng góp phần tác động đến chất lượng môi trường nước ảnh hưởng đến cả kinh tế và môi trường sinh thái.
Quy mô tác động môi trường phụ thuộc vào lượng chất thải phát sinh bởi các cơ sở nuôi trên biển, được quyết định bởi mật độ thả, số lượng, và các loại thức ăn, thành phần, kích thước thức ăn. Nếu nuôi ở mật độ hợp lý, các loại thức ăn có chất lượng. Mặt khác, dòng chảy thông thoáng thì lượng chất thải sẽ giảm rất nhiều.. Đặc biệt, nguồn chất thải này lan truyền rất nhanh, có thể gây ô nhiễm môi trường và dịch bệnh thủy sản phát sinh trong môi trường nước.
Để nâng cao năng lực, nhận thức cho nhân dân thì: Cần có sự quản lý cộng đồng của vùng nuôi (thành lập ban quản lý, ban hành qui chế...). Tạo điều kiện để người dân được tham gia và góp ý kiến trong quá trình xây dựng, cũng như thực hiện và đánh giá hoạt động nuôi trồng thủy sản. Đặc biệt, việc nâng cao năng lực quản lý môi trường, chuyển tải thông tin liên quan cho cán bộ quản lý, địa phương và người dân trở nên rất cần thiết. Gắn trách nhiệm của hộ gia đình, các cơ sở sản xuất kinh doanh, cơ sở nuôi trồng thủy sản vào quản lý môi trường. Thực hiện giải pháp này cần phải đẩy mạnh công tác tuyên truyền giáo dục môi trường đến tất cả người dân. Không ngừng nâng cao ý thức trách nhiệm bảo vệ môi trường của mọi công dân vì môi trường biển, vì lợi ích chung. Cần hướng tới nhiều biện pháp đồng bộ, nhằm giảm thiểu các tác động môi trường, sản xuất theo quy trình sạch. Chính quyền các cấp, người thực hành nuôi cần nhận thức đúng đắn về vấn đề này. Cần đi trước đón đầu các xu hướng phát triển, ngăn chặn kịp thời các rủi ro và tác động xấu do môi trường