Cải tạo ao nuôi là khâu đầu tiên của quá trình nuôi và đóng vai trò quan trọng vào sự thành công của vụ nuôi. Cải tạo ao nuôi đúng quy trình góp phần hạn chế nguy cơ lây nhiễm mầm bệnh vào ao nuôi, hạn chế tác hại của bùn đáy, tạo môi trường thuận lợi cho hệ sinh vật cũng như tôm nuôi trong ao sinh trưởng và phát triển ổn định. Quy trình cải tạo ao tùy theo từng hình thức nuôi và loại đất ao (có hay không phủ bạt đáy). Về cơ bản, sau mỗi vụ nuôi, ao được tháo cạn nước hết mức có thể, sau đó tùy điều kiện cụ thể có thể tiến hành theo phương pháp dọn bùn khô hay dọn bùn ướt. Tiếp theo, ao được phơi nắng, cày bừa (dùng trâu hay máy cày) và nèn đáy cho chặt (100%). Thời gian phơi đáy có thể từ 3 – 15 ngày tùy điều kiện cụ thể. Trong đó, thời gian phơi ao phổ biến là 5 – 10 ngày .Cày đáy và phơi đáy là biện pháp kỹ thuật đơn giản nhưng có tác dụng rất lớn trong việc tiêu diệt tác nhân gây bệnh, tăng cường
quá trình khoáng hóa của đất, hạn chế tác hại của bùn đáy và khí độc. Sau đó, bón vôi (100%) và diệt tạp để loại bỏ mầm bệnh bằng các loại hóa chất thông dụng như chlorin, vôi và iodine. Bước tiếp theo là cấp nước vào ao, diệt tạp, bón vôi trong khoảng thời gian từ 3 – 5 ngày. Bước cuối cùng là bón phân và gây màu nước.
Với ao có lót bạt, quy trình cải tạo như sau: Sau mỗi vụ nuôi tiến hành tháo cạn nước trong ao, sau đó, gom chất bẩn trên nền đáy thành từng đống nhỏ rồi đổ ra ngoài. Tiếp theo, dùng máy bơm nước xịt rửa, kết hợp với chổi, bàn chải chà rửa sạch toàn bộ đáy và bờ ao. Với ao lót bạt có phủ cát: Trường hợp ao mới xây dựng hoặc thay bạt mới, sau khi trải bạt xong, tiến hành rải cát với độ dày từ 5 - 10 cm. Tiếp theo, tiến hành cấp nước vào ngâm khoảng 1 - 2 ngày rồi thải nước ra ngoài. Do ao nuôi phủ bạt không bị ảnh hưởng bởi pH đất, sau khi cấp nước vào ao mới tiến hành bón vôi, gây màu nước và thả giống. Trường hợp cải tạo ao sau vụ nuôi, việc cải tạo ao chỉ cần tiến hành tháo cạn nước, dùng trang gom bùn lại thành đống trước khi đổ ra ngoài.