a. Tài nguyên biển
Dọc bờ biển Khánh Hòa có rất nhiều bãi tắm đẹp như bãi biển Nha Trang nằm ngay trung tâm thành phố; Bãi Tiên nằm về phía Bắc thành phố; Dốc Lết thuộc thị xã Ninh Hòa có chiều dài 4 km; Đại Lãnh thuộc huyện Vạn Ninh với chiều dài gần 3 km. Ngoài ra, dọc bờ biển còn tập trung nhiều đảo lớn, nhỏ có khả năng tổ chức du lịch, lặn biển, vui chơi giải trí trên các đảo. Đặc biệt, đảo Hòn Tre là đảo lớn, quanh năm có nhiều bãi tắm đẹp như bãi Trũ, bãi Tre, Bích Đầm,...
Về mặt sinh thái, vịnh Nha Trang là một trong những hình mẫu tự nhiên hiếm có của hệ thống vùng, vịnh trên thế giới bởi nó có hầu hết các hệ sinh thái điển hình, quý hiếm của vùng biển nhiệt đới. Đó là hệ sinh thái đất ngập nước, rạn san hô, rừng ngập mặn, thảm cỏ biển, hệ sinh thái cửa sông, hệ sinh thái đảo biển, hệ sinh thái bãi cát ven bờ. Đặc biệt, khu vực Hòn Mun của vịnh Nha Trang có đa dạng sinh học cao nhất với 350 loài san hô chiếm 40% san hô trên thế giới.
Trữ lượng hải sản thuộc vùng biển Khánh Hòa ước khoảng 150 nghìn tấn, trong đó chủ yếu là cá nổi với hơn 600 loài (70%). Khả năng cho phép hàng năm khoảng 70.000 tấn. Ngoài các hải sản như cá, động vật thân mềm, giáp xác, rong,… biển Khánh Hòa còn là nơi trú ngụ của chim yến, hàng năm cho phép khai thác khoảng 2.000 kg yến sào. Đây là một đặc sản quý mà không phải tỉnh nào trong cả nước cũng có thể có được. Nó không chỉ góp phần cho xuất khẩu mà còn là nguồn nguyên liệu quý cho công nghiệp chế biến dược liệu bổ dưỡng cao cấp.
Biển Khánh Hòa còn có ý nghĩa với việc sản xuất muối. Nước biển có nồng độ muối tương đối cao, thuận lợi cho việc sản xuất muối tập trung và các sản phẩm sau muối, nhất là muối công nghiệp.
b. Tài nguyên rừng
Diện tích rừng hiện có 186,5 nghìn ha, trữ lượng gỗ 18,5 triệu m3, trong đó 64,8% là rừng sản xuất, 34% rừng phòng hộ và 1,2% rừng đặc dụng. Rừng phòng hộ có 34%, song hầu hết là rừng giàu ở khu vực núi cao, đầu nguồn các huyện Khánh Vĩnh, Khánh Sơn và thị xã Ninh Hòa. Độ che phủ của rừng là 38,5%, lớn nhất là ở Khánh Vĩnh và Khánh Sơn. Ngoài ra, Khánh Hòa còn có khoảng 104 ha rừng ngập
mặn phân bổ rải rác ở các vùng ven bờ vịnh Vân Phong, đầm Nha Phu, cửa sông Vĩnh Trường, đầm Thủy Triều và vịnh Cam Ranh với khoảng 34 loài cây ngập mặn như: đước, đưng, bần trắng, mắm trắng, mắm biển…
Có thể nói, Khánh Hòa là một trong những trung tâm về đa dạng sinh học rừng, bao gồm nhiều thành phần di cư từ nhiều luồng khác nhau từ Bắc vào Nam, có cả các hệ thực vật Nam Trung Quốc, Indonesia, Malaysia, trong đó có nhiều loài bản địa quý hiếm. Theo số liệu của Viện Điều tra Quy hoạch (1996), cả tỉnh có 1.035 loài thực vật thuộc 559 chi và 161 họ. Riêng Hòn Bà có 595 loài xếp trong 401 chi và 120 họ chiếm tới 57% số lượng loài thực vật của cả tỉnh.
Sự phong phú về sinh học rừng Khánh Hòa còn đặc biệt được biết đến với sự đa dạng về nguồn gen, nổi bật trong đó là cây Dó bầu (Aquilaria crassna), loài cung cấp các sản phẩm trầm kỳ nổi tiếng trong và ngoài nước.
c. Tài nguyên khoáng sản
Khánh Hòa có nhiều loại khoáng sản như than bùn, cao lanh, đất sét, vàng sa khoáng, nước khoáng, sét chịu lửa, cát, san hô, đá granite... Trong đó, đáng chú ý nhất là cát trắng ở Cam Ranh, đáp ứng yêu cầu của sản xuất thủy tinh quang học, pha lê,... với trữ lượng 52,2 triệu m3; cát ở bán đảo Hòn Gốm, huyện Vạn Ninh khoảng 555 triệu m3, đá granite 2 tỷ tấn.
Nước khoáng với tổng lưu lượng khoảng 40 L/giây, khả năng khai thác 3.400 – 3.500 m3/ngày. Một số nơi đã đưa vào khai thác công nghiệp như nước khoáng Đảnh Thạnh (57 triệu L/năm).
Tóm lại, Khánh Hòa là địa phương có tiềm năng rất lớn để phát triển nghành Khai thác và Nuôi trồng Thủy sản. Tổng diện tích có thể nuôi trồng thủy sản 27.200 ha, trong đó gồm nuôi thủy sản nước ngọt 1.200 ha, nuôi thủy sản nước lợ là 5.000 ha, mặt nước lớn ven bờ 21.000 ha, kể cả các vịnh và 200 đảo. Mặc dù diện tích nước lợ ven bờ, diện tích vùng nước ngọt có thể nuôi trồng thủy sản không lớn, Khánh Hòa có tiềm năng rất lớn để phát triển nghề nuôi biển bao gồm nuôi trong các vịnh, các đảo và ngoài khơi. Ngoài ra tần suất bão nhỏ, chế độ mưa bão không phức tạp là những lợi thế quan trọng giúp Khánh Hòa phát triển nghề nuôi trồng thủy sản.