Hạn chế chủ yếu của con giống tôm thẻ chân trắng trong thời gian qua tại tỉnh Khánh Hòa đó là: chưa chủ động và còn thiếu công nghệ sản xuất giống sạch bệnh; việc giải quyết tôm bố mẹ cho sản xuất tôm giống vẫn còn bị động, chưa có giải pháp hiệu quả để đảm bảo chất lượng, số lượng và thời vụ sản xuất; giá cả tôm mẹ cao nên có một số cơ sở đã lạm dụng cho tôm tái phát dục, đẻ nhiều lần, làm cho chất lượng tôm giống không đảm bảo; công tác kiểm dịch và kiểm tra con giống còn nhiều bất cập nên vẫn còn một lượng tôm giống kém chất lượng, chưa đủ tuổi, hoặc tôm đã mang mầm bệnh bán ra thị trường...gây thiệt hại cho người nuôi; hệ thống sản xuất tôm giống chưa được qui hoạch hợp lý. Do đó, để đảm bảo nguồn giống ổn định vừa đảm bảo về số lượng vừa đảm bảo về chất lượng, song song với khuyến khích tuyên truyền, cải tiến công nghệ sản suất giống và nâng cao ý thức cho các chủ hộ sản xuất giống phải có các biện pháp chế tài xử phạt thích đáng với các cơ sở cung cấp giống kém chất lượng, sử dụng các kháng chất cấm nhằm trục lợi trước mắt, kiên quyết xử lý nghiêm các loại giống tôm chân trắng lưu hành trên địa bàn của tỉnh Khánh Hòa không có giấy kiểm dịch. Nếu có dấu hiệu nghi ngờ cần kiểm dịch lại. Việc giám sát cần chặt chẽ, không để kinh doanh tôm giống trước lịch thời vụ, cần được triển khai quyết liệt.. Đồng thời các cấp chính quyền phải có tầm nhìn về quy hoạch về nghề sản xuất tôm giống không chỉ đảm bảo nhu cầu nuôi tại địa bàn mà còn cung cấp cho các vùng nuôi khác trên cả nước.