Theo cơ chế giải quyết khiếu nại hành chính hiện hành thì:
(i) Việc giải quyết khiếu nại lần đầu cơ quan ban hành quyết định hành chính hoặc có cán bộ công chức có hành vi vi hành chính bị khiếu nại giải quyết; nếu không đồng ý với quyết định giải quyết lần đầu thì người khiếu nại có thể khiếu nại lên cơ quan hành chính cấp trên của cơ quan giải quyết khiếu nại lần đầu hoặc khởi kiện vụ án hành chính qua Tòa án nhân dân.
(ii) Nếu người khiếu nại chọn hướng khiếu nại lên cơ quan hành chính cấp trên để giải quyết khiếu nại lần hai mà người khiếu nại không đồng ý quyết định giải quyết đó (quyết định giải quyết lần hai) thì theo quy định của Luật Khiếu nại có thể khởi kiện quyết định giải quyết lần hai qua Tòa án nhân dân. Tuy nhiên, theo quy định của Luật Đất đai năm 2003 thì trường hợp này không được khởi kiện qua Tòa án. Và trên thực tế, mặc dù pháp luật khiếu nại, tố cáo có quy định cụ thể nhưng Tòa án vẫn không tiếp nhận, thụ lý đối với những trường hợp đã có quyết định giải quyết lần đầu của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện và quyết định giải quyết lần hai của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh mà người khiếu nại không đồng ý.
Để giải quyết mâu thuẫn này, giảm bớt sự phức tạp trong cơ chế giải quyết khiếu nại hiện nay, Luật Tố tụng hành chính năm 2010 và Luật Khiếu nại năm 2011 đã có quy định cụ thể quyền khởi kiện không chỉ đối với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện và quyết định giải quyết lần hai của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh mà người khiếu nại không đồng ý mà còn quy định người khiếu nại có quyền khởi kiện vụ việc qua Tòa án khi có căn cứ cho rằng quyết định hành chính hoặc hành vi hành chính xâm hại đến quyền và lợi ích hợp pháp của mình. Như vậy, sẽ giảm được rất nhiều vụ việc mà Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phải giải quyết; đồng thời tăng việc, tăng vai trò của Tòa án nhân dân cấp huyện; đảm bảo nguyên tắc mọi khiếu nại của công dân đều được giải quyết bởi cơ quan tài phán độc lập và giải quyết được sự mâu thuẫn hiện nay giữa Luật Khiếu
nại với Luật đất đai và pháp luật về giải quyết các vụ án hành chính của Tòa án nhân dân. Tuy nhiên, để tránh trường hợp đùn đẩy trách nhiệm cho nhau giữa các cơ quan hành chính và cơ quan Tòa án nhân dân trong việc thụ lý giải quyết khiếu nại của nhân dân, pháp luật cần quy định rõ việc đùn đẩy trách nhiệm cho nhau cần phải được quy kết và chịu một hình thức nhất định.