So với Hiến pháp 1945 thì Hiến pháp năm 1959 có nhiều quy định thay đổi lớn về tổ chức bộ máy. Trong đó “TAND và VKSND” được quy định thành hai hệ thống cơ quan nhà nước độc lập không trực thuộc Chính phủ mà chỉ chịu trách nhiệm và báo cáo trước cơ quan quyền lực nhà nước đó là Quốc hội.
Điều 97, Hiến pháp đã quy định chức năng của Toà án như sau: “TANDTC nước Việt Nam dân chủ cộng hoà, các TAND địa phương, các TAQS là những cơ quan xét xử của nước Việt Nam dân chủ cộng hoà”.
Theo quy định Hiến pháp năm 1959 thì hệ thống TAND bao gồm: “TANDTC, các TAND địa phương, các TAQS trong trường hợp cần xét xử những vụ án đặc biệt, Quốc hội có thể quyết định thành lập Toà án đặc biệt”.
Với những quy định của Hiến pháp nêu trên đã góp phần nâng cao vị trí, vai trò của TAND nhằm đáp ứng nhu cầu mới của Cách mạng nước ta trong giai đoạn bảo vệ và xây dựng miền Bắc XHCN.
Trên cơ sở Hiến pháp 1959, ngày 14/7/1960 Quốc hội đã thông qua Luật số 16 về tổ chức TAND trong đó quy định: “Hệ thống TAND gồm có TAND tối cao, các TAND địa phương, các TAQS. Các TAND địa phương gồm có: TAND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hoặc đơn vị hành chính tương đương, TAND huyện, thành phố thuộc tỉnh thị xã hoặc đơn vị hành chính tương đương, TAND ở các khu vực tự trị.
Ở các khu vực tự trị, tổ chức các TAND địa phương sẽ do HĐND khu vực tự trị quy định, căn cứ vào Điều 95 của Hiến pháp và những nguyên tắc tổ chức TAND định trong luật này” (Điều 2).
Các nguyên tắc tổ chức, hoạt động của TAND được quy định trong Hiến pháp năm 1946 và các văn bản khác được kế thừa và phát triển trong các Hiến pháp 1959 và Luật tổ chức TAND 1960 đó là “Toà án xét xử mọi công dân đều bình đẳng trước pháp luật, không phân biệt nam nữ, dân tộc, nòi giống, tôn giáo, tín ngưỡng, địa vị xã hội và thành phần xã hội...”. Ngoài nguyên tắc nêu trên, một nguyên tắc rất quan trọng bảo đảm cho hoạt động xét xử của Toà án được khách quan, chính xác và bình đẳng cho Toà án - cơ quan duy trì nền công lý xã hội đó là: “khi xét xử TAND có quyền độc lập chỉ tuân theo pháp luật”. Ngoài ra các nguyên tắc khác như xét xử công khai, quyền bào chữa của bị cáo được bảo đảm … cũng quy định rất đầy đủ trong luật này.
Đáng lưu ý hơn là trong luật tổ chức các TAND năm 1960 chỉ quy định có tính chất nguyên tắc về thẩm quyền của TAND các cấp, mà không quy định cụ thể về tổ chức của TAND mỗi cấp. Trong đạo luật này cũng chỉ quy định có tính chất nguyên tắc về chế độ bầu cử Thẩm phán, Hội thẩm nhân dân mà cũng không định về tiêu chuẩn của Thẩm phán, Hội thẩm nhân dân.
Đối với TAND huyện, thành phố thuộc tỉnh, thị xã hoặc đơn vị hành chính tương đương, thì theo Luật TCTAND năm 1960 ngày 23/3/1961 gồm có: Chánh án và các Thẩm phán, nếu cần thiết thì có Phó Chánh án. Toà án này có thẩm quyền về hình sự: phân xử những việc hình sự nhỏ không phải mở phiên toà; sơ thẩm những vụ án hình sự có thể phạt từ 2 năm tù trở xuống. Với thẩm quyền đó, các Toà án nhân dân cấp huyện đã xử trên 70% số việc tội phạm bị truy tố về hình sự, làm cho việc giải quyết án được sát với dân, thuận tiện cho nhân dân, có tác dụng giáo dục nhiều hơn, phục vụ kịp thời hơn nhiệm vụ của địa phương. Ngoài ra, Toà án cấp huyện còn có nhiệm vụ xây dựng tổ chức Tư pháp và hướng dẫn công tác hoà giải ở các xã, phường, thị trấn. Thẩm quyền xét xử của TAND cấp huyện đã được quy định khá hợp lý theo hướng mở rộng thẩm quyền xét xử của TAND cấp huyện. Mặc dù vậy thẩm quyền xét xử của Toà án cấp huyện trong thời gian này vẫn còn rất hẹp, các vụ việc chủ yếu được giải quyết ở TAND cấp tỉnh và TANDTC.
Theo quy định tại các Điều 3, 4 Luật tổ chức Hội đồng Chính phủ nước Việt Nam dân chủ cộng hoà năm 1960 thì Bộ Tư pháp giải thể, các chức năng trước đây của Bộ Tư pháp được chuyển giao cho các cơ quan liên quan như TANDTC quản lý các TAND địa phương; Bộ Nội vụ quản lý các hoạt động điều tra, thi hành án phạt tù, các trại giam.
Qua nghiên cứu lịch sử hình thành và phát triển của TAND cấp huyện ở nước ta giai đoạn này, chúng ta có thể rút ra một số nhận xét về thẩm quyền xét xử sau đây:
1 - Sự ra đời và tồn tại của hệ thống Toà án nói chung và TAND cấp huyện nói riêng là một nhu cầu tất yếu khách quan. Toà án đã thực sự trở thành một trong những công cụ sắc bén của Nhà nước chuyên chính vô sản kịp thời trấn áp các thế lực thù địch và bảo vệ thành công chính quyền cách mạng. TAND đã được tổ chức thành một hệ thống từ Trung ương đến huyện, thị xã phù hợp với điều kiện và đặc thù của chế độ chính trị, kinh tế, xã hội của nước ta trong giai đoạn này.
2 - Có sự phân biệt thẩm quyền xét xử giữa các TAND trên cơ sở đối tượng phạm tội, tính chất của tội phạm, hoàn cảnh không gian xảy ra tội phạm...
3 - Trong tổ chức và hoạt động của TAND nói chung và cấp huyện nói riêng bảo đảm tối đa sự tham gia của nhân dân, được thể hiện cụ thể ở chế độ bầu cử các chức vụ Chánh án, Phó Chánh án, thẩm phán các TAND các cấp và thực hiện nguyên tắc xét xử của TAND có Hội thẩm nhân dân tham gia và chiếm đa số trong thành phần HĐXX.
4 - Tổ chức TAND cấp huyện theo nguyên tắc kết hợp thẩm quyền xét xử với đơn vị hành chính lãnh thổ.
5 - Toà án nhân dân thực hiện chế độ hai cấp xét xử. Điều đó có nghĩa là Nhà nước ta chú trọng việc bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của công dân.
Việc quản lý các TAND địa phương do TANDTC đảm nhiệm nhưng thực chất có thể nói trong giai đoạn này các TAND địa phương mang tính chất song trùng trực thuộc. TANDTC chủ yếu quản lý về công tác bộ máy làm việc, số lượng biên chế, trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội phê chuẩn tổng biên chế của các TAND địa phương, quản lý về công tác xét xử. Uỷ ban nhân dân địa phương quản lý và cấp kinh phí hoạt động, HĐND cùng cấp bầu Chánh án, Phó Chánh án, Thẩm phán và Hội thẩm nhân dân.
Những quy định của Hiến pháp năm 1959, luật TCTAND 1960 và các Pháp lệnh cụ thể hoá Luật TCTAND năm 1961 đã thể hiện vị trí, vài trò của TAND các cấp nói chung và TAND cấp huyện nói riêng. Từ các văn bản dưới luật (Sắc lệnh, Nghị định) nay những quy định về Toà án đã được luật hoá là cơ sở pháp lý quan trọng để tổ chức hoàn thiện ngành TAND và làm cho TAND có điều kiện phát huy mạnh mẽ vị thế của mình cùng các cơ quan tư pháp khác đóng góp to lớn vào công cuộc bảo vệ và xây dựng đất nước.