Những xu hướng phát triển về công nghệ thủy sản trong thời gian tới sẽ chủ yếu tập trung vào việc nâng cao chất lượng giống thủy sản như cá tra chọn giống thế hệ thứ hai, có tốc độ sinh trưởng cao hơn các đàn cá hiện nuôi là 13%; nghiên cứu khép kín vòng đời tôm sú thành công, mở ra triển vọng chủ động nguồn tôm sú bố mẹ, giảm phụ thuộc vào tôm bố mẹ khai thác tự nhiên và nhập khẩu; ứng dụng công nghệ vi phẫu tuyến Androgenic tạo tôm càng xanh toàn đực có tốc độ sinh trưởng nhanh và kích cỡ tôm thương phẩm lớn hơn khi thu hoạch.
Đi cùng với đó là xây dựng các công nghệ nuôi thâm canh cá tra, tôm sú, tôm thẻ trong hệ thống đa ao, đa chu kỳ, hệ thống nuôi tôm ít thay nước, nuôi cá lồng bè, đặc biệt là phát triển hệ thống nuôi cá ở các vùng biển mở.
Một số nghiên cứu nâng cao chất lượng giống và công nghệ nuôi ở nước ta đã tiếp cận hoặc vượt trình độ trong khu vực. Chẳng hạn nuôi cá tra đạt năng suất 150- 400 tấn/ha, trung bình 200 tấn/ha, Việt Nam là nước duy nhất trên thế giới nuôi cá đạt năng suất như vậy trong hệ thống ao cỡ lớn; Việt Nam và Ấn Độ là hai nước đi đầu ứng dụng công nghệ tạo tôm càng xanh toàn đực ở quy mô sản xuất; Công nghệ nuôi tôm thẻ chân trắng đạt năng suất 20-25 tấn/ha/vụ tương đương với các nước Trung Quốc, Thái Lan,…
Kỹ thuật tiên tiến trong công nghệ chế biến thủy sản như đông gió, đông rời, hút chân không, luộc hấp, tái đông… sẽ tạo điều kiện sản xuất các sản phẩm thủy sản chất lượng cao, thủy sản phối chế nhiều hơn. Tỷ trọng bán thành phẩm trong hàng xuất khẩu sẽ giảm nhiều. Công nghệ sản xuất surimi phát triển để từ các loài thủy sản kém chất lượng và có giá trị kinh tế thấp chế biến thành các sản phẩm mô phỏng có giá trị cao hơn. Lượng phế liệu trong chế biến, đặc biệt là vỏ các loài giáp xác sẽ được tận thu để sản xuất nhiều sản phẩm có ứng dụng trong thực tiễn.