Đối với tôm nước lợ: Dịch bệnh trên tôm ở Long An chủ yếu là bệnh đốm trắng, bệnh đầu vàng, bệnh còi và bệnh gan tụy (chưa tìm ra nguyên nhân gây bệnh) là những bệnh chưa có thuốc điều trị, ngoài ra còn những bệnh thối đuôi, đen mang, mòn đuôi, phát sáng và đặc biệt là bệnh phân trắng là những bệnh có thể điều trị. Riêng đối với bệnh phân trắng nếu phát hiện sớm có thể điều trị được, nếu phát hiện trễ thì điều trị rất khó phải dùng kháng sinh liều cao và kéo dài ảnh hưởng đến tốc độ phát triển của tôm về sau. Giai đoạn 2004-2010 dịch bệnh gây thiệt hại nhiều nhất trên tôm là bệnh đốm trắng, phân trắng, đầu vàng với mức thiệt hại gây chết hàng loạt hoặc phải thu non; từ cuối năm 2010 đến nay tình hình dịch bệnh trên tôm càng khó kiểm soát với việc xuất hiện thêm bệnh teo gan tụy gây chết tôm hàng loạt cụ thể là năm 2011 toàn tỉnh Long An đã thiệt hại 2.603 ha trên tổng số 6.803 ha diện tích thả nuôi. Nguyên nhân chính là do thả tôm không đúng mùa vụ, chất lượng con giống kém, môi trường không ổn định (mưa nhiều nên độ mặn không ổn định, chênh lệch nhiệt độ giữa ngày và đêm cao dẫn đến tôm bị sốc sức đề kháng giảm...), vùng nuôi chưa có hệ thống cấp thoát nước riêng biệt nên rất khó kiểm soát khi dịch bệnh xảy ra, ngoài ra còn các nguyên nhân như virus gây bệnh còn tồn đọng trong môi trường (do khâu xử lý và cải tạo ao không tốt, virus gây bệnh có sẵn trong môi trường nước),...
Bảng 2. 3: Tình hình dịch bệnh trên tôm nước lợ
Danh mục ĐVT 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011
Thiệt hại ha 3.845 2.310 2.669 2.525 1.115 906,51 1.565 2.603 Diện tích thả nuôi ha 9.288 10.897 10.166 9.937 7.022 6.608 6.195 6.803
(Nguồn: Chi cục Thủy sản tỉnh Long An)
Đối với các mô hình nuôi cá ao, vườn, mô hình nuôi cá ruộng lúa, cá mùa lũ... theo hình thức QC, QCCT hoặc luân canh, xen canh tình hình dịch bệnh chưa đáng lo ngại. Riêng đối với mô hình nuôi cá TC-BTC trong ao đất, trong lồng vèo thì tình hình dịch bệnh xuất hiện khá nhiều chủ yếu là các bệnh: ký sinh trùng, xuất huyết, gan thận, đốm đỏ... Tuy nhiên có thể điều trị và không bùng phát như dịch bệnh trên tôm. Nguyên nhân bệnh là do chất lượng con giống kém (sức đề kháng kém, bản thân con giống mang
mầm bệnh…), môi trường không ổn định (mưa nắng thất thường kéo theo sức đề kháng giảm, mầm bệnh trong ao tăng…), công tác cải tạo, xử lý mầm bệnh chưa triệt để... Mặc dù vấn đề dịch bệnh trên cá nước ngọt chưa phải là trở ngại lớn nhưng cũng là nỗi lo của người dân nuôi cá.
Đối với các loại thủy đặc sản: xuất hiện chủ yếu các bệnh ký sinh trùng (nấm thủy mi, ký sinh đơn bào...), nhiễm khuẩn,…các bệnh này xuất hiện khá phổ biến, tuy nhiên do các hộ nuôi với quy mô nhỏ và riêng lẻ nên không phát triển thành dịch.