Kiểu kết cấu truyện trong truyện xuất hiện trong truyện ngắn thế giới vào những năm cuối thế kỷ XIX. Ở Việt Nam, từ đầu thế kỷ XX, truyện ngắn của Nguyễn Ái Quốc thành công với kiểu kết cấu đó. Sử dụng kiểu kết cấu truyện trong truyện, nhà văn có thể tạo được giọng điệu đa thanh trong tác phẩm. Nhà văn có thể đóng vai trò người kể chuyện, tạo nên tính chất khách quan. Kiểu kết cấu truyện trong truyện làm tăng khả năng bao quát những thăng trầm của số phận theo chiều dài thời gian, mở rộng không gian phản ánh, đan xen nhiều tuyến nhân vật. Tương ứng với kiểu kết cấu này, có hai hình thức tương ứng. Hình thức mở đầu, tác giả sáng tạo một câu chuyện sau đó, mở rộng sang câu chuyện tác giả muốn gửi thông điệp đến độc giả. Hình thức thứ hai là sử dụng hình thức tư duy song tuyến để lồng ghép các caau chuyện vào một chủ đề.
Trong tư duy nghệ thuật truyện ngắn Nguyễn Huy Thiệp, chúng tôi nhận thấy, nhà văn sử dụng cả hai hình thức này. Lối kết cấu truyện ngắn truyền thống trên một chủ đề này dường như đang bị phá vỡ khi xuất hiện những truyện ngắn lồng ghép nhiều chủ đề, nhiều ý tưởng. Trong số đó chúng ta phải kể đến những truyện ngắn như: Vàng lửa, Kiếm sắc, Giọt máu, Truyện tình kể trong đêm mưa…. Truyện ngắn hôm nay cũng không dừng lại với hình thức “một hoặc vài ba nhân vật” mà đôi khi nó còn là câu chuyện của
nhiều người, cả gia đình, cả dòng họ, cả làng, cả một thời. Trong Giọt máu,
Nguyễn Huy Thiệp đã xây dựng câu chuyện của cả một họ tộc, từ đời đại phú Phạm Ngọc Liên “sống đến tám mươi tuổi. Với hơn bốn mươi trang truyện dồn nén biết bao sự kiện của một họ tộc kéo dài ba bốn đời, với hàng chục số phận thăng trầm, đau khổ, gồm đủ mọi thành phần xã hội khác nhau. Chính vì thế, truyện ngắn của Nguyễn Huy Thiệp mang một sức chứa lớn. Trong truyện ngắn viết về đề tài lịch sử, Nguyễn Huy Thiệp lí giải về lịch sử nhưng thực chất là triết lí về con người, về văn chương, về quyền lực, về sắc đẹp. Trong Những ngọn gió Hua tát, Nguyễn Huy Thiệp gợi lại một vẻ đẹp huyền ảo, hoang sơ, kì bí về mảnh đất và con người ở chốn núi rừng Tây Bắc. Nguyễn Huy Thiệp còn đem đến cho người đọc thấy được sự tù động, mê muội của con người ở xứ sở này.
Kiểu kết cấu truyện trong truyện được Nguyễn Huy Thiệp sử dụng với nhiều hình thức. Trong một số truyện ngắn, Nguyễn Huy Thiệp mở đầu tác phẩm theo hướng đối thoại. Nguyễn Huy Thiệp sử dụng truyện ngắn của mình như một câu chuyên để đối thoại với độc giả. Trong truyện Vàng lửa, Nguyễn Huy Thiệp mở đầu là câu chuyện “Ông Quách Ngọc Minh, ngụ ở Tu Lý, huyện Đà Bắc viết thư cho tôi”. Từ đó, Nguyễn Huy Thiệp đóng vai trò người kể chuyện về, Nguyễn Phúc Ánh - Gia Long và một người Pháp tên là Phrăngxoa Pơriê. Trong Phẩm tiết, mở đầu là câu chuyện “tìm ra ngôi mộ cổ ở vùng lòng hồ trong khu vực thủy điện sông Đà” để rồi, Nguyễn Huy Thiệp kể về câu chuyện của Ngô Thị Vinh Hoa với Nguyễn Huệ và Nguyễn Ánh. Với cách mở đầu lồng ghép truyện trong truyện làm cho những truyện ngắn của Nguyễn Huy Thiệp vừa tạo được không khí lịch sử vừa giả sử. Trong
Thương cả cho đời bạc, phần mở đầu, Nguyễn Huy Thiệp giới thiệu về Đặng Tử Mẫn nhưng truyện ngắn của ông lại tập trung vào nhân vật Tú Xương. Câu chuyên về Tú Xương: Phần 1: Tiểu sử Tú xương; Phần 2: Giai thoại đi hát
mất ô; Phần 3: Giai thoại vợ bắt, con trói; Đoạn kết: Giai thoại cô đào Thu… Với hình thức mở đầu này, Nguyễn Huy Thiệp đã tạo nên một cầu nối để người đọc có thể đối thoại về những câu chuyện được kể sau đó. Nguyễn Huy Thiệp đã khai thác hiệu quả về hình thức này khi viết về những vấn đề hết sức nhạy cảm của lịch sử, của văn học.
Ngoài ra, Nguyễn Huy Thiệp còn sử dụng hình thức tư duy tiểu thuyết hóa. Đó là hình thức đan xen, dồn nén các cốt truyện để tạo nên nhiều tuyến cốt truyện. Khi đọc truyện ngắn Nguyễn Huy Thiệp tùy vào thời điểm, hoàn cảnh, góc nhìn, người đọc có thế khám phá ra những giá trị, những chủ đề riêng của văn bản. Trong Sang sông chỉ gần mười lăm trang sách nhưng Nguyễn Huy Thiệp đem đến cho người đọc nhiều câu chuyện. Câu chuyện về sự Ngộ đạo, câu chuyện về giới trẻ, về bản chất con người,… Trong nhiều truyện ngắn khác của Nguyễn Huy ta thấy nhiều khi cốt truyện rất đơn giản, thậm chí chỉ là một tình huống bi kịch, như: Không có vua, Con gái thủy thần, Những người thợ xẻ,… Nhưng mỗi truyện ngắn đều chứa đựng nhiều câu chuyện, lòng ghép nhiều chi tiết, nhiều chủ đề. Nguyễn Huy Thiệp không phải là người đem đến cho văn học Việt Nam sau 1975 kiểu kết cấu truyện trong truyện. Nhưng, Nguyễn Huy Thiệp đã sử dụng hết sức sáng tạo, linh hoạt kiểu tư duy này để mang lại hiệu quả nghệ thuật cao.