Theo kế hoạch phát triển giáo dục của tỉnh Nghệ An, trường cấp 3 Quỳ Châu được thành lập từ năm 1965 đóng tại xã Châu Hạnh, huyện Quỳ Châu. Phạm vi chiêu sinh trong 3 huyện: Quỳ Châu, Quỳ Hợp, Quế Phong. Đó là thời điểm giặc Mỹ leo thang bắn phá Miền Bắc ác liệt, huyện Quỳ Châu cũng nằm trong tuyến lửa. Lúc đầu mới thành lập trường cấp 3 Quỳ Châu chỉ có 2 lớp, 75 học sinh, 7 giáo viên và một nhân viên văn thư. Từ năm 1965 đến năm 1993, trường đã 9 lần di dời khẩn trương nhưng vẫn duy trì được chất lượng. Trong suốt gần 30 năm, Chi bộ, Ban giám hiệu nhà trường đã chỉ đạo tinh thần đoàn kết nhất trí, vượt khó, vượt khổ. Thầy trò đã đổ không biết bao công sức để làm lớp học, đào hào, đắp luỹ tránh bom đạn, học tập và lao động bằng tinh thần quật cường của những con người Việt Nam thời chống Mỹ.
Năm 1993, trường chuyển về địa điểm hiện nay và đổi tên thành trường THPT - DTNT Quỳ Châu. Trường được giao nhiệm vụ là vừa đào tạo học sinh bậc
THPT cho toàn huyện, vừa tổ chức nuôi dạy các em diện dân tộc nội trú để sau này làm nguồn cán bộ cho huyện, xã và các thôn bản. Từ đó đến nay thầy và trò nhà trường luôn hoàn thành nhiệm vụ được giao. Được sự quan tâm của Đảng và Nhà nước, cơ sở vật chất và các điều kiện phục vụ cho dạy và học được đầu tư ngày một đáp ứng yêu cầu của dạy và học. Quy mô trường lớp và số lượng học sinh tăng nhanh. Chất lượng dạy và học có bước chuyển biến rõ rệt. Huyện chỉ có 1 trường THPT.
Trong hơn 45 năm qua, nhà trường đã đào tạo lớp lớp con em đồng bào các dân tộc huyện nhà trưởng thành đã và đang phục vụ khắp mọi miền của Tổ quốc. Nhiều người đã trở thành những nhà lãnh đạo, nhà khoa học, nhà quản lí và nhà doanh nghiệp giỏi. Hầu hết các cán bộ huyện, xã và các ngành cấp huyện hôm nay đều là học sinh cũ của trường trưởng thành. Số còn lại trở về địa phương đều phát huy được vai trò nòng cốt trong các thôn bản. Chúng tôi tự hào bởi mái trường là cái nôi của giáo dục miền núi cao vùng Tây Bắc của tỉnh. Từ chỗ cơ sở vật chất của trường là các lán tạm, số lượng lớp học và đội ngũ giáo viên chỉ đếm trên đầu ngón tay. Thậm chí, những năm sau đó số lượng HS tăng nhưng tỉ lệ học sinh bỏ học lại rất cao, chiếm từ 5% đến 7%, do đời sống của người dân còn quá khó khăn, đường sá xa xôi. Nhiều em đi học cách nhà 50 km, người bản địa chủ yếu là dân tộc Thái. Hạn chế về nhiều mặt, các em hay bỏ học giữa chừng, giáo viên phải đến từng nhà để vận động các em đi học.
Thế mà hôm nay, trường đã có tới 42 lớp với 1850 học sinh và 109 người là cán bộ, giáo viên, công nhân viên: Cơ sở vật chất trường với 3 khu nhà cao tầng khang trang sạch đẹp. Một điều đặc biệt là trường có khu nội trú kí túc xá rộng lớn cho học sinh và giáo viên ở xa, có hệ thống công trình phụ khép kín, môi trường xanh, sạch, đẹp, an toàn, có hệ thống nhà bếp nấu ăn phục vụ cho cả HS và giáo viên ở nội trú. Điều đáng vui mừng là trong năm học 2011 – 2012 vừa qua trường
đạt nhiều kết quả rất đáng trân trọng và tự hào: HS giỏi tỉnh đạt 17/18 số lượt em tham gia dự thi, chiếm tỉ lệ 94,4%; Tỉ lệ HS đậu tốt nghiệp THPT đạt 98%; HS đậu vào các trường ĐH, CĐ chiếm 30%, trong đó có 3 em cao điểm nhất là 27,5 điểm, tỉ lệ học sinh bỏ học giảm xuống < 1%.
Ghi nhận những cố gắng của thầy và trò trong hơn 45 năm qua trường đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương lao động hạng ba. Thủ tướng Chính phủ tặng bằng khen, Bộ trưởng Bộ Giáo dục tặng bằng khen. UBND