Mặc dù đã đạt được những kết quả khả quan, tuy nhiên bên cạnh đó, trong việc phát triển hoạt động cho vay ngân hàng vẫn còn gặp một số hạn chế sau:
Nợ xấu qua các năm có giảm và tỷ lệ nợ xấu nhìn chung thấp dưới 3%, nhưng nếu xét theo cơ cấu ngành kinh tế và thành phần kinh tế thì thấy được một số vấn đề nổi cộm như sau: Nợ xấu trong cho vay cá nhân và hộ gia đình chiếm tỷ trọng khá lớn trong tổng nợ xấu của chi nhánh. Nợ xấu trong ngành thương mại,
dịch vụ và nông nghiệp (chủ yếu nợ xấu trong trồng mía và chăn nuôi trâu, bò) tăng qua các năm.
Theo như khảo sát thì lượng khách hàng có độ tuổi từ 18 - 25 chỉ chiếm khoảng 11,3%, vì đối tượng này thu nhập chưa ổn định, có nhiều rủi ro nên ngân hàng e ngại trong việc cấp tín dụng, nhưng đây lại là đối tượng có nhiều nhu cầu vay như vay tiêu dùng cá nhân hay khởi tạo sự nghiệp cần đến sự trợ giúp của ngân hàng hoặc mới kết hôn muốn vay ngân hàng để làm ăn, xây dựng nhà cửa ổn định cuộc sống…
Theo khách hàng đánh giá là thời gian xử lý hồ sơ còn hơi chậm so với nhu cầu của khách hàng, nguyên nhân bởi lẽ bản chất của hành vi cho vay là ứng trước nên độ rủi ro cao khiến CBTD tốn nhiều thời gian thẩm định kỹ khách hàng nhằm hạn chế rủi ro đến mức thấp nhất. Tuy nhiên ngân hàng cũng nên nghiên cứu để giảm bớt những khâu không thật sự cần thiết nhằm đáp ứng tối đa sự thỏa mãn của khách hàng nhưng vẫn đảm bảo hiệu quả kinh tế cho ngân hàng.
Phương tiện để khách hàng biết đến sản phẩm của Agribank Ninh Hòa qua 2 hình thức băng rôn, khẩu hiệu, tờ rơi chiếm 2,8% và mạng xã hội, internet chiếm 1,4%, 2 hình thức quảng bá sản phẩm này vẫn chưa được nhiều người biết đến, chưa đạt được hiệu quả như ngân hàng mong muốn (xem mục 2.2.3.2)
Vẫn còn 9,9% khách hàng khi được hỏi có tiếp tục sử dụng sản phẩm cho vay của ngân hàng trong thời gian tới hay không thì trả lời là không biết. Đây tuy không phải là tỷ lệ cao nhưng là căn cứ để ngân hàng xây dựng các chính sách giữ chân khách hàng hiện tại và thu hút thêm khách hàng mới.