Kết cấu lưỡng phân là nét nổi bật của văn học truyền thống khi xây dựng hệ thống nhân vật ở hai tuyến đối lập theo kiểu tốt - xấu, thiện - ác, ta - địch. Kết cấu này khá phổ biến trong tiểu thuyết 1945 - 1975 do yêu cầu của thời đại cách mạng. Thuộc thế hệ nhà văn sau thời kì đổi mới, nhưng bằng lối viết mang màu sắc cổ điển, nguyễn Xuân Khánh vẫn tiếp nối mạch truyền thống khi xây dựng hệ thống nhân vật ở hai bên chiến tuyến như cách tân - thủ cựu, triều đình - ngoại bang trong tiểu thuyết Hồ Quý Ly, ta - địch, thiện - ác trong Mẫu Thượng Ngàn và Đội Gạo Lên Chùa. Điều này hoàn toàn phù hợp với việc lựa chọn đề tài về lịch sử dân tộc của Nguyễn Xuân Khánh trong bộ ba tiểu thuyết.
Hồ Quý Ly là cuốn tiểu thuyết về một vương triều ở thời mạt vận, ở đó những âm mưu tranh đoạt trở nên căng thẳng, gay gắt và ráo riết hơn bao giờ hết. Tác phẩm chủ yếu khai thác xung đột giữa hai phe đối nghịch: phe cách tân do Hồ Quý Ly khởi xướng và phe thủ cựu đứng đầu là thượng tướng Trần Khát Chân, thái bảo Trần Nguyên Hàng. Xung đột này hết sức quyết liệt với những âm mưu, thủ đoạn, chém, giết… Mâu
thuẫn căng thẳng lên đến đỉnh điểm khi thái sư kiên quyết dời đô về Tây Đô bất chấp sự chống đối của phe phù Trần và được giải quyết đẫm máu trong hội thề Đốn Sơn. Cuộc chiến thứ hai cũng khốc liệt không kém là cuộc chiến giữa triều đình và giặc cỏ Phạm Sư Ôn, triều đình và giặc ngoại xâm Chế Bồng Nga. Kết cục phe triều đình thắng thế, đội quân nhân danh nhà Phật bị tiêu diệt, quân Chiêm Thành tháo chạy, thủ lĩnh Phạm Sư Ôn và vua Chiêm bị chặt đầu trong sự hoan hỉ của kinh thành Thăng Long.
Trong Mẫu Thượng Ngàn, xung đột dân tộc giữ vị trí trung tâm nên các tuyến nhân vật được xây dựng trong quan hệ gay gắt giữa ta và địch. Phe địch với người đại diện tiêu biểu là anh em nhà Messmer với những thuộc hạ thân tín như Quản Boong, hương Ất và tư tưởng Thiên Chúa giáo được xem là lá bùa hộ mệnh trong âm mưu đồng hoá. Phe ta được hiện hữu ở thế hệ những nhà nho yêu nước nhưng thất thế như cụ phó bảng Vũ Huy Tân, cụ đồ Tiết, ông cử Khiêm, thế hệ Trịnh Huyền, thế hệ Vũ Xuân Huy.Vì lần đầu tiên có sự đối đầu giữa hai nền văn hoá Đông - Tây có nhiều khác biệt nên xung đột gắn với tâm lí bài trừ, bài xích không thể tránh khỏi. Hơn nữa, nho học thất thế nhưng dư âm của nó còn đọng lại trong lớp nho sĩ yêu nước và tư tưởng cách mạng như làn gió mới tiếp thêm sinh khí cho tinh thần dân tộc vốn đang âm ỉ cháy. Vì thế, cuộc đối đầu giũa hai chiến tuyến cũng rất cam go, quyết liệt.
Đội gạo lên chùa lấy cảm hứng từ sự thăng trầm của Phật giáo trong đời sống dân tộc Việt Nam ở thế kỉ XX nên xung đột thiện - ác nổi lên như một bình diện chính và lồng ghép trong đó xung đột ta - địch cũng gay gắt không kém. Tuyến thiện bao gồm: sư Vô Uý, sư Vô Trần, tiểu An, cô Nguyệt, thầy giáo Hải, bà Nấm, Huệ… Tuyến ác chủ yếu thực dân phương Tây và bọn tay sai như Thalan, Gustave, Bernard, quản Mật… Mọi biến động, xung đột đều liên quan đến ngôi chùa Sọ - ngôi chùa mà những người phía ta chủ yếu ra đi từ đó và phía địch ít nhiều dính dáng như mẹ Thalan là người sùng đạo, mẹ Bernard nhờ lộc nhà chùa mà làm ăn phát đạt, cha quản Mật là học trò sư tổ Vô Chấp. Sức hấp dẫn của kiểu kết cấu lưỡng phân chính ở chỗ nó tạo cho mạch kể trong tác phẩm rõ ràng, dễ hiểu, chủ đề, tư tưởng của tác phẩm từ đó sáng rõ hơn.
Tuy nhiên, trong từng tiểu thuyết nhà văn có ý thức phá vỡ tính lưỡng phân bằng cách tạo sự phân hoá trong từng tuyến nhân vật để những xung đột trở nên phức tạp, khó lường. Nói cách khác, nhà văn cố gắng làm giảm tính “không đội trời chung” của hai tuyến dựa trên tinh thần dân chủ để “thấu hiểu hiện thực và con người thay cho
sự kết án” (A.Camus). Ở Tiểu thuyết Hồ Quý Ly, thái sư hiện lên như một con người cứng rắn trong chính sách cải cách, thủ đoạn trong từng nước cờ chính trị, lạnh lùng, tàn bạo trong đàn áp phe cánh đối nghịch. Nhưng với đối thủ Khát Chân, “cha tôi vẫn đối xử trọng đãi với thượng tướng” [34, 294], tiến cử đô tướng với Nghệ Hoàng trong cuộc chống Chế Bồng Nga. Ngược lại, thượng tướng cũng có chút cảm tình với Quý Ly bởi “Thái sư là người tài cao học rộng, mưu lược, quyết đoán, muốn đổi thay đất nước” [34, 292]. Còn Nghệ Tông, ông vua đầu triều, ghánh trên vai trách nhiệm nối dài cơ nghiệp tổ tiên nhưng lại ngả theo chính sách cải cách của Quý Ly vì hiểu sự cần thiết của nó trong thời “thiên tuý”. Ngoài ra, nhà văn cũng có ý thức “xếp chồng” nhiều mối quan hệ ràng buộc lên trên những xung đột có tính nền tảng của tiểu thuyết để phá vỡ mạch tuyến tính của các nhân vật. Hồ Nguyên Trừng là con của Quý Ly nhưng lấy con gái thái bảo Trần Nguyên Hàng để trở thành con mồi của những mưu toan chính trị, rồi lại bạn tri kỉ với Khát Chân và yêu con gái nuôi kẻ đối nghịch với cha mình. Phạm Sinh là con trai nhà sư nổi loạn Phạm Sư Ôn lại có thiện cảm đặc biệt với tôn thất nhà Trần như Khát Chân và bà Huy Ninh - vợ Quý Ly. Hồ Nguyên Trừng, Phạm Sinh, Sử Văn Hoa, quận chúa Quỳnh Hoa, bà công chúa Huy Ninh… là các nhân vật trung hoà, nghĩa là không hẳn ngả về bên này cũng không hẳn ngả về bên kia. Sự “ngập ngừng mang tính tiểu thuyết” này “tương ứng với tình thế lịch sử được tái hiện trong hư cấu: sự dùng dằng giữa khát vọng đổi mới và những vương vấn với hào quang quá khứ, giữa khát vọng, mục đích và phương tiện, giữa một khuynh hướng “đổi mới bằng mọi giá”, mục đích biện minh cho phương tiện và một thứ bạc nhược đóng kín trong vỏ đạo đức và dung túng cho cái ác cùng sự mục ruỗng.” [22, 151].
Nổ lực giải thể tính lưỡng phân càng được thể hiện rõ nét trong Mẫu Thượng Ngàn và Đội gạo lên chùa. Những kẻ xâm lược không được trình diện như những “ác quỷ đến từ bên ngoài” mà được “tiểu thuyết hoá” theo một tinh thần riêng. Ba anh em nhà Messmer là đại diện tiêu biểu cho sự xâm lược của thực dân phương Tây và những quan điểm cai trị đối với An Nam. Ngoài Julien ác cảm lẫn thù địch tàn bạo với người bản xứ, còn Philippe và Pierre vẫn ít nhiều nhận được cảm tình từ phía người đọc. Bởi Philippe “không phải là người ác. Ông ghê tởm những trò giả man” [32, 338]. Ông mang theo tinh theo cao thượng sang đất An Nam để “biến nơi đây thành một chỗ giống như ngôi làng mình ở bên kia đại dương”, “ở đây phải sáng lên tinh thần tự do,
công bằng, bác ái của cách mạng Pháp” [32, 338]. Còn Pierre “không mang tâm thức của một nhà thuộc địa… Anh đi tìm cái đẹp ở thế giới nguyên thuỷ hoang sơ” [33, 184], và bị hấp dẫn bởi sự bí hiểm, xinh đẹp của xứ sở nhiệt đới xa lạ này. Cũng như nhân vật Philippe trong Mẫu Thượng Ngàn, Đại uý Thalan trong Đội gạo lên chùa là một người Pháp có cái tâm cao thượng. Ông muốn làm chiến tranh một cách văn minh, đem lại danh dự và vinh quang cho đại Pháp. Còn Gustave là người lính mang tinh thần phản chiến. Anh cô đơn trong chính hàng ngũ của mình, cảm thấy xấu hổ và buồn khổ khi phải thực thi mệnh lệnh đối với người dân vô tội. Trong hàng ngũ những kẻ hợp tác với thực dân Pháp cũng có sự phân hoá rõ rệt. Có những kẻ vô liêm sĩ như Quản Boong, độc ác như Quản Mật nhưng cũng có những người tình nghĩa như Trưởng Cam trong Mẫu Thượng Ngàn. Tây lai Bernard trong Đội gạo lên chùa thâm độc, tàn bạo đấy nhưng thân phận hắn cũng ít nhiều gợi sự cảm thương bởi xét đến cùng hắn là kẻ mắc kẹt giữa hai dòng máu, hai nền văn hoá đối lập. Một số nhân vật lẫn tuyến, tức luôn bị hút về bên này hoặc bên kia như ông Lềnh, ông phủ Lễ, hoạ sĩ Đinh Công Tuấn (Mẫu Thượng Ngàn), Chánh Long, bà Thêu, Đội Khoát (Đội gạo lên chùa ) góp phần không nhỏ việc “hạ nhiệt” tính chất gay gắt giữa các tuyến đối lập.
Như vậy, vẫn bắt vào mạch truyền thống khi xây dựng kết cấu lưỡng phân nhưng tiểu thuyết Nguyễn Xuân Khánh lần lượt phá vỡ cấu trúc đó bằng việc soi rọi nhân vật từ nhiều chiều, thâm nhập, khám phá thế giới bên trong để tìm ra “con người không trùng khít với chính nó”.Chính vì vậy, càng va đập, đối chọi, trải nghiệm thì con người trong tác phẩm càng trưởng thành hơn trong nghĩa tiểu thuyết của nó.