Trong khi các tiểu thuyết gia đương đại đang tìm kiếm những kiểu kết cấu mới lạ gạt bỏ dần vai trò của cốt truyện ra khỏi đời sống văn học, chuyển dần từ kể sang tả,
từ tả sang gợi thì Nguyễn Xuân Khánh lại tìm về với kết cấu theo trình trình tự thời gian rất quen thuộc trong tiểu thuyết truyền thống. Ở đó, nhà văn thường sắp xếp sự kiện, biến cố theo dòng chảy thời gian tuyến tính, mở đầu và kết thúc thường trọn vẹn, số phận nhân vật được miêu tả đầy đủ. Kết cấu theo trình tự thời gian thường gắn với cốt truyện sự kiện.
Trong tiểu thuyết Hồ Quý Ly, cốt truyện được triển khai theo trình tự thời gian gắn với các sự kiện liên quan đến những thăng trầm lịch sử của nhà Trần trong khoảng ba mươi năm cuối thế kỉ XIV. Thời gian tiểu thuyết phản ánh tương đối trùng khít với thời gian giữ ngôi và làm Thái thượng hoàng của Trần Nghệ Tông. Nguyễn Xuân Khánh cũng triển khai tác phẩm theo các mốc sự kiện liên quan đến nhân vật này: Nghệ Tông lên ngôi sau loạn phường chèo; Nghệ Tông nhường ngôi cho em trai để làm thái thượng hoàng; Nghệ Tông truyền ngôi cho cháu là vua Phế Đế; Nghệ Tông giết Phế Đế, đưa con trai Trần Ngung (Thuận Tông) lên ngôi; Thuận Tông đi tu truyền ngôi cho Thiếu Đế.
Mẫu Thượng Ngàn là câu chuyện về cuộc tiếp xúc giữa hai nền văn hoá Đông Tây những năm cuối thế kỉ XIX đầu thế kỉ XX, trong đó đạo Mẫu nổi lên như một sức sống lan toả, bất diệt của cộng đồng dân tộc trong giai đoạn thử lửa khốc liệt. Trình tự thời gian của tác phẩm nương theo diễn biến của thời gian lịch sử từ năm 1872 đến 1884 gắn với các sự kiện: Phong trào Cần Vương, Pháp đánh thành Hà Nội lần thứ hai, Pháp đánh nhau với quân Cờ Đen, Pháp cho xây dựng nhà thờ lớn. Trong khung nền này toàn bộ đời sống văn hoá, tinh thần của người dân Bắc Bộ và công cuộc khai thác thuộc địa gắn với việc xây dựng những đồn điền đầu tiên của thực dân Pháp.
Đội gạo lên chùa được nhà văn triển khai lần lượt theo các mốc sự kiện lịch sử lớn của dân tộc từ năm 1946 đến sau năm 1975, tương ứng: Phần I. Trôi sông viết về thời đoạn kháng chiến chống Pháp; Phần II. Bão nổi can qua viết về thời đoạn hoà bình lặp lại ở miền Bắc; Phần 3. Về cõi nhân gian viết về thời đoạn chống Mỹ và ngay sau khi đất nước được thống nhất. Nhìn vào bố cục, có thể hình dung mạch kể của câu chuyện về cuộc sống, số phận của người dân Bắc Bộ dưới chân Tam Đảo và những bước thăng trầm của Phật giáo trong thời hiện đại.
Sự tuyến tính trong kết cấu còn thể hiện trong cách miêu tả cuộc đời số phận của nhân vật. Hầu hết các nhân vật chính trong tiểu thuyết Nguyễn Xuân Khánh có bộ
hồ sơ đầy đủ từ tên tuổi, lai lịch và hành trình số phận tương đối trọn vẹn từ tuổi ấu thơ đến trưởng thành hoặc về già rồi mất đi như Hồ Quý Ly, Trần Nghệ Tông, Hồ Nguyên Trừng trong Hồ Quý Ly, Trịnh Huyền, bà Tổ cô, bà ba Váy, Philippe Mesmer trong Mẫu Thượng Ngàn, An, Nguyệt, sư Vô Uý, sư Khoan Độ, sự Vô Trần trong Đội gạo lên chùa. Mỗi nhân vật mỗi cuộc đời nhưng những con người ấy hiện lên tròn đầy về số phận, tính cách chứ không bỏ lửng hoặc tạt ngang buộc người đọc tò mò suy đoán.
Cổ điển những vẫn đậm chất hiện đại. Nhà văn đã cố gắng phá vỡ mạch thời gian tuyến tính thông thường bằng cách đảo lộn, đan cài quá khứ, hiện tại bằng thủ pháp liên tưởng, hồi tưởng. Ở Hồ Quý Ly, đang kể về quan kiểm pháp Nguyên Trừng đi thanh sát thành đô trấn về, tác giả quay lại kể về diễn biến hội thề Đồng Cổ, rồi lại quay về lai lịch dòng họ Phạm, kể chuyện đoán mộng của Sử Văn Hoa. Đang mặn chuyện, Nguyễn Xuân Khánh bỗng quay về hiện tại “Nguyên Trừng gặng hỏi cái kết cục nhưng ông Sử không muốn trả lời. Giọng nói của ông ngoại kéo Trừng về hiện tại” [34, 36]. Người đọc cũng hay bắt gặp những đoạn hồi tưởng quay ngược về quá khứ để kể về tiểu sử, cuộc đời nhân vật trong tiểu thuyết Mẫu Thượng Ngàn và Đội gạo lên chùa. Đặc biệt, qua dòng ý thức, thời gian đồng hiện trong hoài niệm của nhân vật xưng tôi. Chẳng hạn, thời hiện tại của nhân vật An trong Đội gạo lên chùa là “nằm dưới gốc thông nhìn những đồi sim” miên man nghĩ đến hoàn cảnh đáng thương của mình khi chưa quen với không khí nhà chùa, rồi bất ngờ quay ngược hồi ức về quá khứ nơi có “không khí đầm ấm trong căn nhà bé nhỏ của cha mẹ tôi” cùng “kỉ niệm đau đớn không muốn nhắc lại” và bất ngờ trở về hiện tại khi “Tiếng chuông kéo tôi về thực tại” [33, 32]. Như vậy, với cách mở rộng biên độ liên tưởng và hồi tưởng, mạch thời gian tuyến tính lần lượt bị phá vỡ, cuộc sống được phản ánh đa chiều hơn và thế giới nội tâm của nhân vật được khắc hoạ sâu sắc hơn.